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- PDB-5ol1: Crystal structure of an inactivated Ssp SICLOPPS intein with a CA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ol1
タイトルCrystal structure of an inactivated Ssp SICLOPPS intein with a CAFHPQ extein
要素DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha
キーワードSPLICING / intein / extein / SICLOPPS / cyclic peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing / 3'-5' exonuclease activity / DNA replication / nucleic acid binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain ...Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA polymerase III subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.751 Å
データ登録者Kick, L.M. / Schneider, S.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
Center for Integrated Protein Science ドイツ
German Research FoundationSCHN 1273 ドイツ
German Research FoundationSFB749 ドイツ
Fonds der chemischen Industrie ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Mechanistic Insights into Cyclic Peptide Generation by DnaE Split-Inteins through Quantitative and Structural Investigation.
著者: Kick, L.M. / Harteis, S. / Koch, M.F. / Schneider, S.
履歴
登録2017年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9346
ポリマ－18,4521
非ポリマー4835
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area6740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.233, 43.304, 96.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit alpha,DNA polymerase III subunit alpha


分子量: 18451.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Act
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
遺伝子: dnaE-N, slr0603, dnaE-C, sll1572 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P74750, DNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 5種, 122分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100mM MES pH 6.5, 2M (NH4)2SO4, 5%(w/v) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48.1 Å / Num. obs: 17540 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.94 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 5.4 % / Num. unique obs: 1694 / CC1/2: 0.409 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
PHASER2.6.1位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GIG

4gig


解像度: 1.751→48.066 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 1632 5.01 %
Rwork0.1978 --
obs0.1994 32548 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.751→48.066 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1100 0 28 117 1245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8131601
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.524955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005207
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7514-1.8030.29941370.3022543X-RAY DIFFRACTION98
1.803-1.86120.34571340.27742551X-RAY DIFFRACTION100
1.8612-1.92770.30181350.26952582X-RAY DIFFRACTION100
1.9277-2.00490.26631380.24372605X-RAY DIFFRACTION100
2.0049-2.09610.27291330.22612551X-RAY DIFFRACTION100
2.0961-2.20660.22731380.20792593X-RAY DIFFRACTION100
2.2066-2.34490.21821370.19982606X-RAY DIFFRACTION100
2.3449-2.52590.25321380.19322570X-RAY DIFFRACTION100
2.5259-2.78010.24231360.19712566X-RAY DIFFRACTION100
2.7801-3.18230.22181330.17892569X-RAY DIFFRACTION100
3.1823-4.0090.1961360.17282611X-RAY DIFFRACTION100
4.009-48.08360.20671370.17312569X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.08090.3038-0.96854.9188-1.06237.4745-0.05380.19180.3927-0.03180.14950.4113-0.7043-0.0916-0.15520.23480.01-0.04240.1057-0.03170.2302-3.59650.98818.2342
27.459-0.0445-2.58413.05350.0914.85040.0994-0.0691-0.13330.0459-0.1149-0.00040.1356-0.07220.03530.121-0.0306-0.03890.1556-0.00730.0998-4.6613-13.73347.783
37.51351.5891-1.17577.4777-0.50263.83730.31090.34980.08020.01410.011-0.2785-0.06390.1296-0.27790.08680.03460.00290.2657-0.01110.1402-2.3607-10.56380.7054
44.94890.0983-4.58121.33050.63344.77670.2401-0.4279-0.1655-0.1405-0.29830.35270.3860.57620.10950.2245-0.0412-0.07710.26680.01240.21380.7351-18.10843.0355
52.59020.82180.70722.57491.51793.2678-0.02260.04730.0260.10350.0210.0020.0066-0.25940.00250.13890.0002-0.01440.14260.0170.1596-5.1077-8.278317.6878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 67 through 91 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 122 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 123 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1 through 9 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 10 through 66 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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