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- PDB-5okg: Non-conservatively refined structure of Gan1D-E170Q, a catalytic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5okg
タイトルNon-conservatively refined structure of Gan1D-E170Q, a catalytic mutant of a putative 6-phospho-beta-galactosidase from Geobacillus stearothermophilus, in complex with cellobiose-6-phosphate
要素Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
キーワードHYDROLASE / 6-phospho-beta-galactosidase / cellobiose-6-phosphate / glycoside hydrolase / GH1
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phospho-beta-galactosidase / 6-phospho-beta-galactosidase activity / carbohydrate catabolic process / beta-glucosidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellobiose-6-phosphate / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / IMIDAZOLE / Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Lansky, S. / Zehavi, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for enzyme bifunctionality - the case of Gan1D from Geobacillus stearothermophilus.
著者: Lansky, S. / Zehavi, A. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
B: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
C: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
D: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,51223
ポリマ－224,8354
非ポリマー2,67719
水39,3992187
1
A: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
ヘテロ分子

D: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,79112
ポリマ－112,4172
非ポリマー1,37310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y+1/2,-z-11
Buried area5680 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area31710 Å2
手法PISA
2
C: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
ヘテロ分子

B: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,72211
ポリマ－112,4172
非ポリマー1,3049
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y+1/2,-z-11
Buried area5230 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area31580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.599, 97.480, 105.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase


分子量: 56208.730 Da / 分子数: 4 / 変異: E170Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: gan1D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8QF82, 6-phospho-beta-galactosidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose-6-phosphate


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 422.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose-6-phosphate
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_6*OPO/3O/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+0)][P]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 2202分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16-19% PEG 8K, 3% MPD, 0.1M imidazole buffer, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→36.14 Å / Num. obs: 538379 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.313 / Num. unique obs: 19928 / CC1/2: 0.425 / % possible all: 72.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OK7

5ok7


解像度: 1.25→36.138 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 15.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1583 5417 1.01 %
Rwork0.1389 --
obs0.1391 538256 96.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→36.138 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15180 0 173 2187 17540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00516462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93322509
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7616144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0812257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062943
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.26420.33231240.280712921X-RAY DIFFRACTION70
1.2642-1.27910.25761320.262814325X-RAY DIFFRACTION77
1.2791-1.29470.27711320.241515871X-RAY DIFFRACTION86
1.2947-1.31110.24021800.22317468X-RAY DIFFRACTION95
1.3111-1.32830.23891690.202717851X-RAY DIFFRACTION97
1.3283-1.34650.21961880.193317720X-RAY DIFFRACTION97
1.3465-1.36580.20941740.183917907X-RAY DIFFRACTION97
1.3658-1.38610.18211850.177717830X-RAY DIFFRACTION97
1.3861-1.40780.22461740.168217952X-RAY DIFFRACTION97
1.4078-1.43090.20022000.161917883X-RAY DIFFRACTION97
1.4309-1.45560.17921800.160417971X-RAY DIFFRACTION97
1.4556-1.4820.21022010.154317988X-RAY DIFFRACTION98
1.482-1.51050.16432030.134117953X-RAY DIFFRACTION98
1.5105-1.54140.14871950.121418013X-RAY DIFFRACTION98
1.5414-1.57490.13041510.115318085X-RAY DIFFRACTION98
1.5749-1.61150.1471720.111718165X-RAY DIFFRACTION98
1.6115-1.65180.12961720.109518097X-RAY DIFFRACTION98
1.6518-1.69650.12091920.114118196X-RAY DIFFRACTION99
1.6965-1.74640.16411910.116418162X-RAY DIFFRACTION99
1.7464-1.80280.13331700.118718228X-RAY DIFFRACTION99
1.8028-1.86720.14171900.122618249X-RAY DIFFRACTION99
1.8672-1.94190.15691930.122318307X-RAY DIFFRACTION99
1.9419-2.03030.13261510.121618383X-RAY DIFFRACTION99
2.0303-2.13740.13991850.121418336X-RAY DIFFRACTION99
2.1374-2.27120.14022200.125718381X-RAY DIFFRACTION100
2.2712-2.44660.1481720.133818453X-RAY DIFFRACTION100
2.4466-2.69270.15312210.139518468X-RAY DIFFRACTION100
2.6927-3.08220.14142030.141318518X-RAY DIFFRACTION100
3.0822-3.88250.15282150.132818601X-RAY DIFFRACTION100
3.8825-36.15270.15661820.138418557X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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