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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oke | |||||||||
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タイトル | Conservatively refined structure of Gan1D-E170Q, a catalytic mutant of a putative 6-phospho-beta-galactosidase from Geobacillus stearothermophilus, in complex with cellobiose-6-phosphate | |||||||||
要素 | Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / 6-phospho-beta-galactosidase / Geobacillus stearothermophilus / Glycoside Hydrolase / GH1 family | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6-phospho-beta-galactosidase / 6-phospho-beta-galactosidase activity / carbohydrate catabolic process / beta-glucosidase activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å | |||||||||
データ登録者 | Lansky, S. / Zehavi, A. / Shoham, Y. / Shoham, G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017 タイトル: Structural basis for enzyme bifunctionality - the case of Gan1D from Geobacillus stearothermophilus. 著者: Lansky, S. / Zehavi, A. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oke.cif.gz | 817.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oke.ent.gz | 674.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oke.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5oke_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5oke_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5oke_validation.xml.gz | 87.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5oke_validation.cif.gz | 135.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/5oke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/5oke | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 56208.730 Da / 分子数: 4 / 変異: E170Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: gan1D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8QF82, 6-phospho-beta-galactosidase |
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-糖 , 2種, 4分子
#2: 多糖 | #3: 糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 2211分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16-19% PEG 8K, 3% MPD, 0.1M imidazole buffer pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.31→36.14 Å / Num. obs: 478362 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.31→1.33 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 23286 / CC1/2: 0.7 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5OK7 解像度: 1.31→34.777 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 14.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.31→34.777 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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