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- PDB-5okb: High resolution structure of native Gan1D, a putative 6-phospho-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5okb
タイトルHigh resolution structure of native Gan1D, a putative 6-phospho-beta-galactosidase from Geobacillus stearothermophilus
要素Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
キーワードHYDROLASE / 6-beta-phospho-galactosidase / glycoside hydrolase / GH1 / Gan1D
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phospho-beta-galactosidase / 6-phospho-beta-galactosidase activity / carbohydrate catabolic process / beta-glucosidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / PHOSPHATE ION / Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.331 Å
データ登録者Lansky, S. / Zehavi, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for enzyme bifunctionality - the case of Gan1D from Geobacillus stearothermophilus.
著者: Lansky, S. / Zehavi, A. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年10月18日ID: 4ZEH
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
B: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
C: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
D: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,95618
ポリマ－224,8394
非ポリマー1,11714
水42,8942381
1
A: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
C: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,04710
ポリマ－112,4192
非ポリマー6278
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area33020 Å2
手法PISA
2
B: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
D: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9098
ポリマ－112,4192
非ポリマー4896
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area31930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.967, 78.099, 92.089
Angle α, β, γ (deg.)102.36, 93.54, 91.74
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase


分子量: 56209.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: gan1D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8QF82, 6-phospho-beta-galactosidase
#2: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 16-19% PEG 8K, 3% MPD, 0.1M imidazole buffer pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→40 Å / Num. obs: 429175 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.33→1.35 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZEH

4zeh
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.331→30.829 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 15.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1454 1996 0.53 %
Rwork0.1221 --
obs0.1222 377053 88.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.331→30.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15380 0 72 2381 17833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00616539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91722615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3016148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0842261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062983
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3306-1.36390.2029510.158810948X-RAY DIFFRACTION36
1.3639-1.40070.1806960.155718563X-RAY DIFFRACTION61
1.4007-1.4420.21551460.152525161X-RAY DIFFRACTION82
1.442-1.48850.17871420.142128107X-RAY DIFFRACTION92
1.4885-1.54170.16281540.124928671X-RAY DIFFRACTION94
1.5417-1.60340.15881490.113428972X-RAY DIFFRACTION95
1.6034-1.67640.14491470.105528987X-RAY DIFFRACTION95
1.6764-1.76480.14081620.106329203X-RAY DIFFRACTION96
1.7648-1.87530.12381570.112429296X-RAY DIFFRACTION96
1.8753-2.02010.13471660.114229493X-RAY DIFFRACTION97
2.0201-2.22330.13331520.117829681X-RAY DIFFRACTION97
2.2233-2.54490.16121540.129829795X-RAY DIFFRACTION98
2.5449-3.20580.15831610.132230027X-RAY DIFFRACTION98
3.2058-30.83680.13081590.118130124X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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