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- PDB-5ok8: Crystal structure of protein Lpp20 (HP1456) from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ok8
タイトルCrystal structure of protein Lpp20 (HP1456) from Helicobacter pylori
要素LPP20 lipoprotein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Virulence factor / Helicobacter pylori / Lipoprotein
機能・相同性Lipoprotein LPP20 / Lipoprotein LPP20-like / LPP20 lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / LPP20 lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.874 Å
データ登録者Zanotti, G. / Mishra, N. / Valesse, F.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Helicobacter pylori antigenic Lpp20 is a structural homologue of Tip alpha and promotes epithelial-mesenchymal transition.
著者: Vallese, F. / Mishra, N.M. / Pagliari, M. / Berto, P. / Codolo, G. / de Bernard, M. / Zanotti, G.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPP20 lipoprotein
B: LPP20 lipoprotein
C: LPP20 lipoprotein
D: LPP20 lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8396
ポリマ－76,5614
非ポリマー2782
水6,612367
1
A: LPP20 lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1401
ポリマ－19,1401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LPP20 lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4193
ポリマ－19,1401
非ポリマー2782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: LPP20 lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1401
ポリマ－19,1401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: LPP20 lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1401
ポリマ－19,1401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.303, 90.424, 114.522
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
LPP20 lipoprotein


分子量: 19140.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain J99 / ATCC 700824) (ピロリ菌)
遺伝子: lpp20, jhp_1349
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0A0V1
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 20% PEG 6000 (solution number 44 of PEGS-II Suit screen, Quiagen, Germany)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→48.38 Å / Num. obs: 87448 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.86→1.97 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.992 / Rpim(I) all: 0.471 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.874→48.377 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 31.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2677 4374 5 %
Rwork0.2289 --
obs0.2308 87448 95.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.874→48.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3563 0 16 367 3946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083606
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0254850
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0022227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8741-1.89540.017390.0186807X-RAY DIFFRACTION37
1.8954-1.91770.5921050.52211935X-RAY DIFFRACTION97
1.9177-1.9410.58291520.48072904X-RAY DIFFRACTION100
1.941-1.96560.68131460.55722849X-RAY DIFFRACTION98
1.9656-1.99150.35841540.32362891X-RAY DIFFRACTION100
1.9915-2.01880.31491520.30392823X-RAY DIFFRACTION100
2.0188-2.04760.30211540.28972890X-RAY DIFFRACTION100
2.0476-2.07820.28021530.2662887X-RAY DIFFRACTION100
2.0782-2.11060.2881500.26742853X-RAY DIFFRACTION100
2.1106-2.14520.30431500.26892890X-RAY DIFFRACTION100
2.1452-2.18220.30171550.26572844X-RAY DIFFRACTION100
2.1822-2.22190.27891520.30272863X-RAY DIFFRACTION99
2.2219-2.26470.40481520.34242889X-RAY DIFFRACTION99
2.2647-2.31090.28421450.3042829X-RAY DIFFRACTION98
2.3109-2.36110.29661490.26432859X-RAY DIFFRACTION100
2.3611-2.41610.29771520.24922896X-RAY DIFFRACTION100
2.4161-2.47650.30861510.24082859X-RAY DIFFRACTION100
2.4765-2.54340.35561500.25772896X-RAY DIFFRACTION99
2.5434-2.61830.32841480.23972857X-RAY DIFFRACTION100
2.6183-2.70280.25941510.24672894X-RAY DIFFRACTION100
2.7028-2.79940.25481520.23542886X-RAY DIFFRACTION100
2.7994-2.91140.25481540.24322886X-RAY DIFFRACTION100
2.9114-3.04390.28141500.25092848X-RAY DIFFRACTION100
3.0439-3.20440.2941540.23722880X-RAY DIFFRACTION100
3.2044-3.40510.2891480.22112885X-RAY DIFFRACTION100
3.4051-3.66790.24431560.19892865X-RAY DIFFRACTION99
3.6679-4.03680.20431510.18392824X-RAY DIFFRACTION99
4.0368-4.62060.19981460.17192862X-RAY DIFFRACTION99
4.6206-5.81990.21891530.19132837X-RAY DIFFRACTION99
5.8199-48.39310.24031500.19192886X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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