+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ok8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of protein Lpp20 (HP1456) from Helicobacter pylori | ||||||
要素 | LPP20 lipoprotein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Virulence factor / Helicobacter pylori / Lipoprotein | ||||||
機能・相同性 | Lipoprotein LPP20 / Lipoprotein LPP20-like / LPP20 lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / LPP20 lipoprotein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.874 Å | ||||||
データ登録者 | Zanotti, G. / Mishra, N. / Valesse, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017 タイトル: Helicobacter pylori antigenic Lpp20 is a structural homologue of Tip alpha and promotes epithelial-mesenchymal transition. 著者: Vallese, F. / Mishra, N.M. / Pagliari, M. / Berto, P. / Codolo, G. / de Bernard, M. / Zanotti, G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ok8.cif.gz | 111.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5ok8.ent.gz | 85.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ok8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ok8_validation.pdf.gz | 467.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5ok8_full_validation.pdf.gz | 472.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ok8_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ok8_validation.cif.gz | 33.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/5ok8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/5ok8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19140.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain J99 / ATCC 700824) (ピロリ菌) 遺伝子: lpp20, jhp_1349 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P0A0V1 #2: 化合物 | ChemComp-EPE / | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 20% PEG 6000 (solution number 44 of PEGS-II Suit screen, Quiagen, Germany) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00002 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00002 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→48.38 Å / Num. obs: 87448 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.97 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.992 / Rpim(I) all: 0.471 / % possible all: 89.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.874→48.377 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 31.57 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.874→48.377 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|