PDB-5ok7: Conservatively refined structure of Gan1D-E170Q, a catalytic muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ok7

タイトル

Conservatively refined structure of Gan1D-E170Q, a catalytic mutant of a putative 6-phospho-beta-galactosidase from Geobacillus stearothermophilus

要素

Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase

キーワード

HYDROLASE / 6-phospho-beta-galactosidase / Geobacillus stearothermophilus / Glycoside Hydrolase / GH1 family

機能・相同性

機能・相同性情報

6-phospho-beta-galactosidase / 6-phospho-beta-galactosidase activity / carbohydrate catabolic process / beta-glucosidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Lansky, S. / Zehavi, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for enzyme bifunctionality - the case of Gan1D from Geobacillus stearothermophilus.
著者: Lansky, S. / Zehavi, A. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.

履歴

登録	2017年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ok7.cif.gz	869.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ok7.ent.gz	722.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ok7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ok7_validation.pdf.gz	484.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ok7_full_validation.pdf.gz	495 KB	表示
XML形式データ	5ok7_validation.xml.gz	86.8 KB	表示
CIF形式データ	5ok7_validation.cif.gz	133.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/5ok7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/5ok7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5okaC 5okbC 5okeC 5okgC 5okhC 5okjC 5okkC 5okqC 5okrC 5oksC 4zeh PDB 未公開エントリS 4ze5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ze5-4 5okg-2 5oka-2 5okj-d 4zep-d 6jjn-d 4zfm-4 5okg-1 4doy-4 3a16-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase

B: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase

C: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase

D: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase

ヘテロ分子

226 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase

ヘテロ分子

D: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase

ヘテロ分子

C: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.549, 97.430, 105.249
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.82, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase 分子量: 56208.730 Da / 分子数: 4 / 変異: E170Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: gan1D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8QF82, 6-phospho-beta-galactosidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 16-19% PEG 8K, 3% MPD, 0.1 M imidazole buffer pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 414523 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.34→1.36 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC_1/2: 0.728 / % possible all: 50.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZEH

4zeh
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.34→43.912 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1456	4096	0.99 %
R_work	0.1227	-	-
obs	0.1229	414365	91.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→43.912 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15174	0	87	2317	17578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	16389
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.876	22399
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.029	6076
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	2231
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2945

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.34-1.3558	0.2678	86	0.2114	7675	X-RAY DIFFRACTION	50
1.3558-1.3723	0.2274	93	0.2008	8421	X-RAY DIFFRACTION	55
1.3723-1.3897	0.2163	102	0.1885	9251	X-RAY DIFFRACTION	60
1.3897-1.408	0.2075	105	0.1811	10041	X-RAY DIFFRACTION	65
1.408-1.4272	0.2168	96	0.1719	10935	X-RAY DIFFRACTION	71
1.4272-1.4476	0.2222	109	0.1648	11927	X-RAY DIFFRACTION	77
1.4476-1.4693	0.2111	110	0.1571	12875	X-RAY DIFFRACTION	83
1.4693-1.4922	0.2138	101	0.1417	14028	X-RAY DIFFRACTION	90
1.4922-1.5167	0.1691	174	0.1261	15155	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5167-1.5428	0.1481	140	0.1167	15462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5428-1.5709	0.1741	140	0.1099	15499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5709-1.6011	0.1361	141	0.1079	15439	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6011-1.6338	0.1356	154	0.1036	15412	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6338-1.6693	0.144	160	0.1058	15461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6693-1.7081	0.1521	150	0.1072	15467	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7081-1.7509	0.1337	150	0.1078	15485	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7509-1.7982	0.1489	177	0.1081	15441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7982-1.8511	0.1446	187	0.1083	15441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8511-1.9109	0.1413	173	0.106	15510	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9109-1.9792	0.1226	167	0.1066	15442	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9792-2.0584	0.1353	131	0.1088	15475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0584-2.1521	0.1362	142	0.1105	15518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1521-2.2655	0.1354	163	0.1142	15520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2655-2.4075	0.1678	160	0.1217	15456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4075-2.5933	0.1508	179	0.1273	15513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5933-2.8543	0.1387	158	0.1299	15545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8543-3.2672	0.1458	165	0.1279	15600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2672-4.1158	0.122	150	0.1176	15584	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1158-43.936	0.1294	133	0.1362	15691	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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