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万見
- PDB-5ojw: S. cerevisiae UBC13 - MMs2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ojw
タイトルS. cerevisiae UBC13 - MMs2 complex
要素
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13
  • Ubiquitin-conjugating enzyme variant MMS2
キーワードSIGNALING PROTEIN / E2 / Ubiquitin / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein targeting to vacuolar membrane / : / Aggrephagy / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / ubiquitin conjugating enzyme complex / free ubiquitin chain polymerization / : / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / fungal-type vacuole membrane / DNA damage tolerance ...protein targeting to vacuolar membrane / : / Aggrephagy / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / ubiquitin conjugating enzyme complex / free ubiquitin chain polymerization / : / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / fungal-type vacuole membrane / DNA damage tolerance / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ligase activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein K63-linked ubiquitination / protein polyubiquitination / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13 / Ubiquitin-conjugating enzyme variant MMS2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sharon, I. / Rathi, R. / Levin-Kravets, O. / Attali, I. / Prag, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: S. cerevisiae UBC13 - MMs2 complex
著者: Sharon, I. / Rathi, R. / Levin-Kravets, O. / Attali, I. / Prag, G.
履歴
登録2017年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13
B: Ubiquitin-conjugating enzyme variant MMS2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9272
ポリマ－32,9272
非ポリマー00
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.425, 66.281, 126.614
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 13 / Ubiquitin carrier protein 13 / Ubiquitin-protein ligase 13


分子量: 17360.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UBC13, YDR092W, YD6652.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P52490, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme variant MMS2 / UEV MMS2


分子量: 15565.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MMS2, YGL087C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P53152
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: 1-2 mm long needles
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.1M Bis-Tris Propane / Citric Acid Buffer, pH 7.6, 20% PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.070989 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.070989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.773→45.78 Å / Num. obs: 29813 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.773→1.82 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JAT

1jat


解像度: 2→45.78 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2054 1029 4.9 %
Rwork0.1603 --
obs0.1626 20979 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2314 0 0 246 2560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0353450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3971595
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.10540.27391420.20762786X-RAY DIFFRACTION98
2.1054-2.23740.2451270.17292798X-RAY DIFFRACTION98
2.2374-2.41010.19881510.15892822X-RAY DIFFRACTION98
2.4101-2.65260.26321500.16112834X-RAY DIFFRACTION98
2.6526-3.03640.2081540.16292834X-RAY DIFFRACTION97
3.0364-3.82520.17811480.14462863X-RAY DIFFRACTION98
3.8252-45.79210.18431570.15833013X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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