PDB-5oju: Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oju

タイトル

Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerate hydrolase (MhGgH) E419A variant in complex with glucosylglycerate

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / Mycobacterium

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosylglycerate hydrolase / glucosylglycerate hydrolase activity / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium hassiacum

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

資金援助

ポルトガル, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: The structural characterization of a glucosylglycerate hydrolase provides insights into the molecular mechanism of mycobacterial recovery from nitrogen starvation.
著者: Cereija, T.B. / Alarico, S. / Lourenco, E.C. / Manso, J.A. / Ventura, M.R. / Empadinhas, N. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

履歴

登録	2017年7月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oju.cif.gz	383.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oju.ent.gz	315.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oju.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oju_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oju_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5oju_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	5oju_validation.cif.gz	53.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5oju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5oju	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ohcC 5ohzSC 5oi0C 5oi1C 5oieC 5oivC 5oiwC 5oj4C 5ojvC 5ontC 5onzC 5oo2C 6q5tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oiw-1 5ohc-1 5ojv-1 5oi1-1 5oo2-1 5oie-1 5ohz-d 5oj4-1 5ont-1 5onz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/474 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.097, 159.073, 88.406
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 50899.461 Da / 分子数: 2 / 変異: E419A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (バクテリア) 遺伝子: C731_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K5BDL0
#2: 糖	ChemComp-9WN / (2R)-2-(alpha-D-glucopyranosyloxy)-3-hydroxypropanoic acid / (2~{R})-2-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-propanoic acid / (2R)-2-(alpha-D-glucosyloxy)-3-hydroxypropanoic acid / (2R)-2-(D-glucosyloxy)-3-hydroxypropanoic acid / (2R)-2-(glucosyloxy)-3-hydroxypropanoic acid / グルコシルグリセリン酸タイプ: D-saccharide / 分子量: 268.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-Bicine pH 8.5, amino acids, PEG 4000, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96599 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96599 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→48.741 Å / Num. obs: 64817 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.17→2.25 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC_1/2: 0.642 / R_pim(I) all: 0.417 / R_rim(I) all: 0.897 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OHZ

5ohz

解像度: 2.17→45.472 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1985	3281	5.07 %
R_work	0.1559	-	-
obs	0.158	64760	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→45.472 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7158	0	97	419	7674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7620
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.005	10387
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.133	4478
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1358

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.17-2.2024	0.2911	160	0.2505	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2024-2.2368	0.2983	144	0.2411	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2368-2.2735	0.2853	133	0.2318	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2735-2.3127	0.2844	163	0.2212	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3127-2.3548	0.2664	140	0.2122	2599	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3548-2.4001	0.28	135	0.2059	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4001-2.449	0.2579	162	0.1993	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.449-2.5023	0.2498	137	0.1904	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5023-2.5605	0.2129	154	0.1843	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5605-2.6245	0.2516	137	0.1799	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6245-2.6955	0.2323	138	0.1739	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6955-2.7748	0.2561	148	0.1764	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7748-2.8643	0.255	128	0.1761	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8643-2.9667	0.2054	147	0.1605	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9667-3.0854	0.2163	144	0.162	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0854-3.2258	0.1971	136	0.1614	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2258-3.3958	0.1783	144	0.152	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3958-3.6085	0.1886	137	0.1391	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6085-3.887	0.1754	141	0.126	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.887-4.2779	0.1626	142	0.1144	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2779-4.8963	0.139	146	0.1144	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8963-6.1664	0.1847	124	0.1473	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1664-45.4823	0.149	141	0.1533	2880	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5596	1.0303	0.0926	5.1984	-2.2373	4.1533	0.0111	0.0233	-0.0544	-0.246	0.0882	0.2541	0.0748	-0.2341	-0.091	0.1691	0.0155	0.0029	0.1617	-0.0189	0.2499	42.2168	8.9209	37.7336
2	4.4298	-1.9366	2.7363	3.2989	-1.9784	5.4702	0.1683	0.4259	-0.149	-0.5455	-0.1096	-0.0052	-0.0836	0.1	-0.0556	0.3059	-0.0082	0.054	0.1874	-0.0406	0.2445	46.0797	21.2827	28.8793
3	6.4411	-4.2606	-0.5332	5.969	0.5227	1.0348	0.03	0.1778	0.2727	-0.2828	-0.0233	-0.1075	-0.318	0.0892	-0.0095	0.3246	-0.0193	0.0105	0.2302	0.0125	0.1594	47.1537	29.3131	35.7195
4	1.2464	0.1239	-0.5607	5.9863	-2.7767	5.0685	0.1437	0.3524	0.1385	-0.7106	-0.0399	0.5355	-0.0205	-0.3686	-0.1026	0.4075	0.1095	-0.1181	0.3675	0.0321	0.4438	29.8955	30.4301	25.1624
5	6.6819	-3.0764	-0.8581	4.2515	0.8311	1.6533	-0.0719	-0.1152	0.4912	0.1694	0.0603	-0.0011	-0.3528	0.016	0.0147	0.3241	-0.0317	0.0194	0.1646	0.0101	0.2506	47.6535	35.2462	44.6065
6	1.8866	0.3143	0.2837	1.8769	0.1256	1.5336	0.0398	-0.1747	0.154	0.0394	-0.0485	0.4093	-0.1622	-0.2436	0.0116	0.2153	0.0303	0.0382	0.2109	0.0178	0.3345	34.1986	21.2102	51.4017
7	1.3873	2.5012	2.4574	6.9462	2.7103	5.5904	0.2761	-0.2274	-0.1684	0.5861	-0.1011	-0.2657	0.3181	0.1915	-0.1545	0.2735	-0.0795	0.0228	0.3191	0.0366	0.266	49.1642	6.7976	80.9174
8	4.3646	0.2121	2.9077	0.9298	0.2834	6.1113	0.3721	-0.764	-0.193	0.4936	-0.2226	0.019	-0.043	0.1024	-0.1408	0.49	-0.196	0.0232	0.4226	0.034	0.2788	53.2283	18.9751	89.7607
9	2.2704	0.7717	-0.2399	1.5072	-0.0965	1.7215	0.2554	-0.5367	0.044	0.4601	-0.2745	-0.2755	-0.1789	0.2955	0.0443	0.4601	-0.1604	-0.0617	0.4199	-0.0158	0.2987	62.36	25.2899	82.6595
10	1.8797	0.2477	-0.2494	3.2868	-1.0548	1.8783	0.0853	-0.0605	-0.1986	0.0066	-0.1527	-0.3156	0.0857	0.2456	0.0752	0.2166	-0.0376	-0.0196	0.2587	-0.0034	0.2702	62.7628	12.0354	67.2028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 134 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 135 through 193 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 194 through 249 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 250 through 320 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 321 through 446 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 69 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 70 through 134 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 135 through 320 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 321 through 446 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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