[日本語] English
万見
- PDB-5ojj: Crystal structure of the Zn-bound ubiquitin-conjugating enzyme Ube2T -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ojj
タイトルCrystal structure of the Zn-bound ubiquitin-conjugating enzyme Ube2T
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
キーワードLIGASE / Ubiquitin conjugating enzyme / zinc / domain swap / oligomer
機能・相同性
機能・相同性情報


protein K27-linked ubiquitination / protein K29-linked ubiquitination / protein K6-linked ubiquitination / protein K11-linked ubiquitination / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination ...protein K27-linked ubiquitination / protein K29-linked ubiquitination / protein K6-linked ubiquitination / protein K11-linked ubiquitination / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Fanconi Anemia Pathway / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Morreale, F.E. / Testa, A. / Chaugule, V.K. / Bortoluzzi, A. / Ciulli, A. / Walden, H.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Mind the Metal: A Fragment Library-Derived Zinc Impurity Binds the E2 Ubiquitin-Conjugating Enzyme Ube2T and Induces Structural Rearrangements.
著者: Morreale, F.E. / Testa, A. / Chaugule, V.K. / Bortoluzzi, A. / Ciulli, A. / Walden, H.
履歴
登録2017年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
E: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
F: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,24122
ポリマ－106,1196
非ポリマー1,12216
水17,619978
1
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,74212
ポリマ－53,0593
非ポリマー6839
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9640 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area21780 Å2
手法PISA
2
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
E: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
F: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,49810
ポリマ－53,0593
非ポリマー4397
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9610 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.020, 96.383, 89.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T / Cell proliferation-inducing gene 50 protein / E2 ubiquitin-conjugating enzyme T / Ubiquitin carrier ...Cell proliferation-inducing gene 50 protein / E2 ubiquitin-conjugating enzyme T / Ubiquitin carrier protein T / Ubiquitin-protein ligase T


分子量: 17686.469 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2T, HSPC150, PIG50 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NPD8, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG3350, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→48.75 Å / Num. obs: 81137 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 4465 / CC1/2: 0.849 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YH2

1yh2


解像度: 1.85→48.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.758 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19885 4035 5 %RANDOM
Rwork0.17809 ---
obs0.17915 77077 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0.24 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→48.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7215 0 48 978 8241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197484
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.027218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.98610185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.965316712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3725910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49623.982329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.828151272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0641554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7222.6683630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7182.6673628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6823.9844520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6833.9854521
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1712.9683854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1712.9683855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5134.3275660
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.94122.6748796
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.90822.5868721
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 262 -
Rwork0.236 5706 -
obs--99.55 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る