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- PDB-5oj3: YCF48 from Cyanidioschyzon merolae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oj3
タイトルYCF48 from Cyanidioschyzon merolae
要素Photosystem II stability/assembly factor HCF136
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PHOTOSYSTEM II
機能・相同性Photosynthesis system II assembly factor Ycf48/Hcf136-like domain / Photosynthesis system II assembly factor YCF48 / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Photosystem II stability/assembly factor HCF136, chloroplastic
機能・相同性情報
生物種Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.982 Å
データ登録者Michoux, F. / Murray, J.W. / Nixon, P.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L003260/1 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Ycf48 involved in the biogenesis of the oxygen-evolving photosystem II complex is a seven-bladed beta-propeller protein.
著者: Yu, J. / Knoppova, J. / Michoux, F. / Bialek, W. / Cota, E. / Shukla, M.K. / Straskova, A. / Pascual Aznar, G. / Sobotka, R. / Komenda, J. / Murray, J.W. / Nixon, P.J.
履歴
登録2017年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II stability/assembly factor HCF136
B: Photosystem II stability/assembly factor HCF136


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1252
ポリマ－95,1252
非ポリマー00
水00
1
A: Photosystem II stability/assembly factor HCF136


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5621
ポリマ－47,5621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Photosystem II stability/assembly factor HCF136


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5621
ポリマ－47,5621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.810, 97.120, 110.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Photosystem II stability/assembly factor HCF136


分子量: 47562.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
遺伝子: CYME_CMO314C / プラスミド: pRSET-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: M1VJU3

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10 % w/v PEG 1000/ 10 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.12713 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→37.69 Å / Num. obs: 13864 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.98→3.03 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.951 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 688 / CC1/2: 0.537 / Rpim(I) all: 0.542 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XBG

2xbg


解像度: 2.982→37.69 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.62
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2801 640 4.63 %Random
Rwork0.223 ---
obs0.2255 13818 99.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.982→37.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4939 0 0 0 4939
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045067
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9426891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7582914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054747
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005892
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9818-3.21190.39561190.30882594X-RAY DIFFRACTION100
3.2119-3.53490.33961340.27112581X-RAY DIFFRACTION99
3.5349-4.04590.26121340.23362576X-RAY DIFFRACTION98
4.0459-5.09540.28681230.18432664X-RAY DIFFRACTION100
5.0954-37.70990.2351300.20552763X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0341-0.71050.11914.0111-2.53273.59360.08270.6765-0.1347-0.6692-0.468-0.48520.46310.70840.28210.58590.14140.16020.79210.05870.4665.1069-9.9404-14.8621
24.42661.4078-3.02471.3973-0.35032.8219-0.18451.7943-1.1468-0.7017-0.1476-0.46561.1658-0.1880.63720.7360.33320.1360.8254-0.18170.7591-0.304-22.9882-8.8544
32.72271.40011.05182.8135-0.09872.15850.22390.131-0.07710.6188-0.4182-0.32990.74910.09710.01220.62540.06160.01390.3411-0.08830.381-4.6063-17.9293-1.1107
44.4362-0.30130.69737.2146-2.27154.929-0.20580.2093-0.1051-0.30270.06470.4489-0.2041-0.52640.08610.40410.06060.02620.4267-0.07790.2601-18.2312-5.2735-2.0656
53.99080.5608-0.3723.9908-1.66884.8776-0.01250.32390.8180.02720.0570.0453-0.592-0.3098-0.13920.45440.1013-0.02840.38710.09430.4229-11.25539.6385-6.8804
65.0575-1.026-2.32358.40122.79763.7285-0.10020.57330.4188-0.2621-0.2827-0.5822-0.19790.91450.45090.47510.03390.11970.66870.26930.48540.04925.9978-17.2116
72.7545-0.64470.59936.28851.15042.8339-0.2408-0.36560.20110.56080.06650.0475-0.0444-0.15970.24990.46880.0576-0.00530.5153-0.12050.3262-4.2439-3.480427.1244
85.55682.3338-3.01354.0242-0.40517.2614-0.5356-0.074-1.5072-0.181-0.1775-0.45390.82481.23370.27280.6509-0.0025-0.11020.56810.20460.68281.6703-16.504825.1193
95.84842.29520.9614.90481.72022.46-0.24790.3702-0.34650.24030.14850.1640.63770.6185-0.03060.45390.06710.05040.4363-0.01670.32025.9838-14.359316.015
107.3631-0.59141.10767.0718-0.28912.845-0.1514-0.00480.3183-0.2468-0.1211-0.9565-0.03530.42450.16490.3229-0.01760.0260.4680.02610.469317.496-1.330512.4
115.3443-0.7030.28724.03260.21313.8858-0.07540.0541.0385-0.2952-0.1292-0.2636-0.90330.20960.20860.5288-0.1254-0.09990.38930.07140.762910.441413.96811.1189
122.7087-0.6474-2.26715.0024-3.00044.4427-0.2593-0.59670.35360.6478-0.0453-0.4072-0.7091-0.23850.35530.63310.0559-0.20270.4292-0.19630.6048-1.067413.424721.9472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 107:192
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 193:211
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 212:241
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 242:337
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 338:395
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resid 396:435
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resid 107:192
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resid 193:211
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and resid 212:241
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resid 242:337
11X-RAY DIFFRACTION11chain B and resid 338:395
12X-RAY DIFFRACTION12chain B and resid 396:435

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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