PDB-5oit: InhA (T2A mutant) complexed with 5-((5-Amino-3-methyl-1H-pyrazol-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oit

タイトル

InhA (T2A mutant) complexed with 5-((5-Amino-3-methyl-1H-pyrazol-1-yl)methyl)-N-(1-(2-chloro-6-fluorobenzyl)-1H-pyrazol-3-yl)-1,3,4-thiadiazol-2-amine

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Inhibitor / complex / fragment based drug discovery / tuberculosis

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Convery, M.A.

引用

ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018
タイトル: Screening of a Novel Fragment Library with Functional Complexity against Mycobacterium tuberculosis InhA.
著者: Prati, F. / Zuccotto, F. / Fletcher, D. / Convery, M.A. / Fernandez-Menendez, R. / Bates, R. / Encinas, L. / Zeng, J. / Chung, C.W. / De Dios Anton, P. / Mendoza-Losana, A. / Mackenzie, C. / ...

履歴

登録	2017年7月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oit.cif.gz	429 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oit.ent.gz	357.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oit.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oit_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oit_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	5oit_validation.xml.gz	42.8 KB	表示
CIF形式データ	5oit_validation.cif.gz	60.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/5oit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/5oit	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oicC 5oifC 5oilC 5oimC 5oinC 5oioC 5oipC 5oiqC 5oirC 5oisC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1bvr-3 2ntj-1 5oin-d 4r9r-d 6sql-1 1p45-1 1enz-2 4u0j-1 5ugs-1 5ugs-2 5oio-1 2b36-1 4r9s-d 5oic-1 1zid-1 1bvr-1 2x23-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

H: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.830, 103.060, 180.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase 分子量: 28524.754 Da / 分子数: 4 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-9WH / 5-[(5-azanyl-3-methyl-pyrazol-1-yl)methyl]-~{N}-[1-[(2-chloranyl-6-fluoranyl-phenyl)methyl]pyrazol-3-yl]-1,3,4-thiadiazol-2-amine 分子量: 418.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₆ClFN₈S
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 30% PEG4K. Cryo - well + 30% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→68.5 Å / Num. obs: 62385 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 75.08 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.58→2.65 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 2.019 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4549 / CC_1/2: 0.515 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.7	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
BUSTER		位相決定

精密化

解像度: 2.58→68.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.252 / SU R_free Blow DPI: 0.192 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.192

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	3054	4.91 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.17	62259	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.0011 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.8524 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.8513 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.58→68.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7976	0	288	450	8714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	8444	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.16	11508	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2860	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		180	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1320	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8444	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.15
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.28
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1120	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		9925	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.58→2.65 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	223	4.94 %
R_work	0.247	4288	-
all	0.249	4511	-
obs	-	-	99.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7686	0.1862	-0.1245	0.007	-0.2915	2.0095	-0.0653	-0.0702	0.0988	-0.0162	0.0672	0.0245	-0.0175	0.1354	-0.002	-0.2049	-0.0574	0.0249	0.0516	0.0344	-0.0283	4.8483	72.9547	-67.3819
2	0.8288	0.1358	-0.2013	0.9162	0.2217	1.9175	0.1556	-0.0828	0.2897	0.1664	0.0102	0.0504	-0.4964	0.2538	-0.1658	-0.0553	-0.1057	0.068	-0.0581	-0.0569	-0.0889	7.615	93.3526	-58.5214
3	1.2879	0.0234	-0.4055	1.24	-0.2011	1.4076	-0.1086	-0.0531	-0.2888	0.0593	0.0954	0.0116	0.5112	0.0072	0.0133	0.0004	-0.0184	0.0222	-0.0946	0.0411	-0.1208	2.0191	50.692	-66.4462
4	1.32	0.1653	-0.1516	1.1053	-0.0773	1.6074	-0.0125	0.1908	0.1092	0.0541	0.1413	0.2921	-0.0233	-0.4716	-0.1288	-0.2264	-0.0143	0.0183	0.101	0.0896	-0.0949	-16.7988	76.2244	-72.0408
5	1.2347	0.1447	-0.4792	0.8688	-0.001	1.8579	-0.0592	-0.0516	0.0166	0.0338	0.0725	-0.2106	0.0334	0.6446	-0.0133	-0.2693	-0.0007	-0.0027	0.2002	-0.0004	-0.1604	26.5503	71.4858	-72.7035
6	0.9867	0.441	-0.217	0.1256	-0.0099	0.9129	0.0085	0.1012	0.1174	0.0043	0.0376	0.0339	-0.0318	0.0805	-0.0461	-0.1653	-0.0123	0.0176	0.1673	-0.0008	-0.1057	4.836	72.9482	-67.4559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ N\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ D\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ F\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ H\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ L\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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