PDB-5oi0: Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oi0

タイトル

Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerate hydrolase (MhGgH) in complex with serine and glycerol

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / Mycobacterium

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosylglycerate hydrolase / glucosylglycerate hydrolase activity / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium hassiacum

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

資金援助

ポルトガル, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: The structural characterization of a glucosylglycerate hydrolase provides insights into the molecular mechanism of mycobacterial recovery from nitrogen starvation.
著者: Cereija, T.B. / Alarico, S. / Lourenco, E.C. / Manso, J.A. / Ventura, M.R. / Empadinhas, N. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

履歴

登録	2017年7月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oi0.cif.gz	405.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oi0.ent.gz	334.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oi0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oi0_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oi0_full_validation.pdf.gz	469.1 KB	表示
XML形式データ	5oi0_validation.xml.gz	42.5 KB	表示
CIF形式データ	5oi0_validation.cif.gz	64.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/5oi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/5oi0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ohcC 5ohzSC 5oi1C 5oieC 5oivC 5oiwC 5oj4C 5ojuC 5ojvC 5ontC 5onzC 5oo2C 6q5tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oie-1 5oiv-1 5oi1-1 5ohz-d 5onz-1 5ont-1 5ojv-1 5oiw-1 5oju-1 5oj4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/467 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.981, 158.802, 87.827
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 50957.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (バクテリア) 遺伝子: C731_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K5BDL0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ 詳細: Two serine molecules (chain E and chain F) with two alternative conformations (altid A and altid B) are present in the active sites (one per active site). Serine is one of the components of ...詳細: Two serine molecules (chain E and chain F) with two alternative conformations (altid A and altid B) are present in the active sites (one per active site). Serine is one of the components of the crystallization condition.
#3: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 838 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-Bicine pH 8.5, amino acids, PEG 4000, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97265 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97265 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→48.591 Å / Num. obs: 135623 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC_1/2: 0.637 / R_pim(I) all: 0.444 / R_rim(I) all: 0.972 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OHZ

5ohz

解像度: 1.68→48.591 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1723	6808	5.02 %
R_work	0.1458	-	-
obs	0.1471	135565	98.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→48.591 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7166	0	92	838	8096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8014
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	10959
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.864	4736
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1106
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1459

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.6991	0.3109	202	0.2686	4173	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6991-1.7191	0.3019	226	0.258	4246	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7191-1.74	0.2332	211	0.2368	4252	X-RAY DIFFRACTION	99
1.74-1.7621	0.2634	197	0.2203	4328	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7621-1.7853	0.2351	200	0.2117	4244	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7853-1.8097	0.2404	221	0.211	4266	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8097-1.8356	0.2119	223	0.2016	4263	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8356-1.863	0.2316	239	0.1956	4209	X-RAY DIFFRACTION	98
1.863-1.8921	0.2015	213	0.1824	4222	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8921-1.9231	0.2052	250	0.1692	4254	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9231-1.9563	0.1942	226	0.1667	4232	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9563-1.9918	0.2156	241	0.1652	4156	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9918-2.0302	0.1793	227	0.1516	4271	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0302-2.0716	0.1897	233	0.1492	4281	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0716-2.1166	0.1785	211	0.1451	4320	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1166-2.1659	0.1659	210	0.146	4290	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1659-2.22	0.1806	265	0.1385	4263	X-RAY DIFFRACTION	99
2.22-2.2801	0.1878	209	0.1418	4337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2801-2.3472	0.1942	234	0.1372	4276	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3472-2.4229	0.1651	222	0.1469	4320	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4229-2.5095	0.1795	230	0.1447	4279	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5095-2.61	0.179	231	0.1451	4261	X-RAY DIFFRACTION	98
2.61-2.7288	0.1603	235	0.1408	4310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7288-2.8726	0.1838	252	0.1418	4339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8726-3.0526	0.1542	220	0.1354	4369	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0526-3.2882	0.1461	246	0.1308	4363	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2882-3.619	0.1473	241	0.1272	4332	X-RAY DIFFRACTION	99
3.619-4.1424	0.135	216	0.1151	4336	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1424-5.2181	0.149	255	0.1215	4440	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2181-48.6118	0.1897	222	0.1707	4525	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9917	0.5849	0.4234	3.8594	-1.5674	2.8565	0.015	0.0467	-0.0906	-0.1803	0.0284	0.1772	0.0288	-0.0854	-0.0369	0.1525	0.0189	-0.0001	0.1165	-0.0252	0.1785	41.9328	9.2994	37.7027
2	2.6808	-0.7948	1.4034	1.8251	-0.8435	3.4852	0.1374	0.3115	-0.0147	-0.4512	-0.0965	0.0209	0.0251	0.0587	-0.0676	0.2445	0.0152	0.0228	0.1447	-0.011	0.1562	46.5929	21.3294	28.2862
3	1.306	-0.1092	0.0395	1.1357	-0.1279	1.1023	0.0313	0.1493	0.1976	-0.1944	-0.0097	0.065	-0.2118	-0.0075	-0.0079	0.2324	0.0124	0.008	0.1425	0.0273	0.1961	43.6933	30.4446	34.4189
4	3.6999	0.362	1.7074	2.4287	-3.2022	7.2183	-0.0624	-0.0765	0.488	0.1308	0.0441	0.2239	-0.8302	-0.3418	0.0157	0.398	0.135	0.0492	0.1925	-0.0179	0.4121	33.4198	41.5664	45.8835
5	1.1827	0.2523	0.2994	1.346	0.0178	1.1094	0.0251	-0.0995	0.0846	0.0906	0.0004	0.2711	-0.1014	-0.1761	-0.0192	0.1474	0.0217	0.0294	0.1505	0.0061	0.2081	33.959	21.2611	50.8065
6	1.5886	1.3678	1.3455	3.1048	0.8915	3.6236	0.1993	-0.2461	-0.162	0.2808	-0.1498	-0.0577	0.1486	0.0871	-0.0479	0.1907	-0.0774	0.0105	0.2571	0.0345	0.1795	49.2423	7.0083	80.2081
7	1.7935	-0.0408	0.6318	1.2102	0.0866	2.829	0.1713	-0.5626	0.0421	0.3743	-0.1936	0.0581	-0.1136	-0.1061	0.0056	0.3086	-0.127	0.0514	0.374	-0.0426	0.1923	49.9573	21.9679	87.5972
8	4.413	-1.643	2.0191	2.652	-1.7404	2.9523	0.0753	-0.3743	0.1032	0.398	-0.1529	-0.4166	-0.2947	0.257	0.0437	0.2675	-0.1457	-0.0433	0.3895	0.0115	0.2227	69.1656	25.1742	82.3339
9	1.2232	0.6469	0.7433	3.6201	1.6999	3.2804	0.2212	-0.5269	-0.0986	0.5681	-0.1986	-0.3972	-0.0138	0.3724	-0.061	0.3751	-0.1875	-0.1467	0.6148	0.0997	0.3547	71.621	16.8137	92.8124
10	0.8314	0.2142	-0.0154	1.2783	-0.1373	1.2163	0.0906	-0.089	-0.0141	0.0427	-0.1081	-0.1829	-0.1016	0.1704	0.0091	0.1557	-0.0472	-0.0065	0.2078	-0.0004	0.1772	61.4608	19.2109	69.259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 134 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 135 through 297 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 298 through 320 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 321 through 446 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 69 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 70 through 162 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 163 through 193 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 194 through 249 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 250 through 446 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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