PDB-5ohy: A GH31 family sulfoquinovosidase in complex with aza-sugar inhibi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ohy

タイトル

A GH31 family sulfoquinovosidase in complex with aza-sugar inhibitor IFGSQ

要素

Alpha-glucosidase yihQ

キーワード

HYDROLASE / sulfoglycosidase / sulfoglycolysis / complex / general acid-base varient

機能・相同性

機能・相同性情報

: / alpha-glucosidase / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Jin, Y. / Williams, S.J. / Goddard-Borger, E. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2018
タイトル: Structural and Biochemical Insights into the Function and Evolution of Sulfoquinovosidases.
著者: Abayakoon, P. / Jin, Y. / Lingford, J.P. / Petricevic, M. / John, A. / Ryan, E. / Wai-Ying Mui, J. / Pires, D.E.V. / Ascher, D.B. / Davies, G.J. / Goddard-Borger, E.D. / Williams, S.J.

履歴

登録	2017年7月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ohy.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ohy.ent.gz	878.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ohy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ohy_validation.pdf.gz	501 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ohy_full_validation.pdf.gz	511.6 KB	表示
XML形式データ	5ohy_validation.xml.gz	104.6 KB	表示
CIF形式データ	5ohy_validation.cif.gz	156.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5ohy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5ohy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ohsC 5ohtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ohs-7 5ohs-2 5oht-2 5aee-2 5aee-1 1p2e-d 1kss-d 1ksu-2 5bwa-d 1d4c-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-glucosidase yihQ

B: Alpha-glucosidase yihQ

C: Alpha-glucosidase yihQ

D: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

303 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.290, 168.820, 101.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.070, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is the same as asym.

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Alpha-glucosidase yihQ / alpha-sulfoquinovosidase 分子量: 75232.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 遺伝子: SY94_3281 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A083ZKV2, alpha-glucosidase

-
非ポリマー , 6種, 1844分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物	ChemComp-9VH / [(3~{S},4~{R},5~{R})-4,5-bis(oxidanyl)piperidin-3-yl]methanesulfonic acid 分子量: 211.236 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₅S
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein stock at 45 mg/mL in the buffer of 50 mM NaPO4 and 500 mM NaCl is mixed with the precipitant of 0.2 M KSCN, 21% PEG3350, 0.1 M bis-Tris propane pH 6.5, at a ratio of 1.2: 1.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→77.8 Å / Num. obs: 284814 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.0817 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.77→1.82 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 21079 / CC_1/2: 0.534 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2	3.1	データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo

解像度: 1.77→77.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.102
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1954	14049	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1768	-	-	-
obs	0.1777	284768	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.55 Å² / B_iso mean: 33.9606 Å² / B_iso min: 13.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.96 Å²	0 Å²	-0.72 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→77.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20697	0	126	1818	22641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	21477
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	19110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.657	1.931	29200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.789	2.997	44068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.356	5	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.706	23.038	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.034	15	3215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.999	15	159
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	24395
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	4924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.511	1.076	10576
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.478	1.074	10570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.083	1.612	13207

LS精密化シェル

解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	1011	-
R_work	0.314	20040	-
all	-	21051	-
obs	-	-	99.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.4503	-0.4146	-1.5329	6.844	-1.548	17.6158	0.0777	-0.3235	-0.3761	0.1761	0.3872	0.9085	0.1448	-0.8691	-0.465	0.0814	0.0202	-0.0131	0.3592	0.0412	0.3895	-7.391	-13.95	59.805
2	0.6517	0.0428	0.0929	0.8401	-0.1212	1.2707	-0.0203	-0.1981	0.0121	0.1693	0.0548	0.1577	-0.0311	-0.1753	-0.0345	0.2041	0.0339	-0.0814	0.1666	0.0202	0.2144	11.63	-6.425	52.408
3	0.4941	-0.0212	-0.0986	0.7175	-0.0288	0.7011	-0.0219	0.0292	-0.0196	-0.0898	0.0323	0.1021	0.0081	-0.0657	-0.0103	0.1801	0.0014	-0.1268	0.1302	0.013	0.1877	12.265	3.243	25.827
4	18.9964	-3.0056	-10.3676	36.3064	34.8046	36.3708	0.8506	1.1833	0.7435	0.0025	-0.4379	-0.0943	-0.3354	-0.8753	-0.4127	0.364	-0.0225	-0.2343	0.5121	0.392	0.4841	1.841	-10.221	4.964
5	14.5757	1.5425	-2.5412	4.2916	-0.9755	12.2703	-0.0242	1.4543	0.243	-0.2327	0.018	0.2142	-0.1758	0.1611	0.0061	0.4539	0.0017	-0.1376	0.4099	0.0735	0.1064	17.734	80.706	4.062
6	0.8207	0.1153	-0.1411	0.5482	-0.059	0.7856	0.0093	0.1472	0.0215	-0.1726	0.0167	-0.0249	-0.061	0.1006	-0.0261	0.2542	-0.0256	-0.1001	0.1214	-0.0075	0.1541	18.969	70.81	23.383
7	0.5041	0.0535	-0.1245	0.6663	-0.1014	0.6695	-0.0104	0.0146	0.0107	-0.0762	0.046	0.0922	0.0981	-0.0903	-0.0355	0.2082	-0.0396	-0.1258	0.1207	0.0092	0.1799	-2.014	55.731	34.469
8	1.8012	0.5945	0.3918	3.2458	0.0265	2.9554	-0.0461	0.134	0.0956	-0.2784	0.0466	0.4406	-0.2206	-0.4084	-0.0006	0.1741	0.0533	-0.1044	0.2092	0.0311	0.3184	-21.081	78.216	31.136
9	23.9538	0.2338	9.6063	15.9754	-3.7553	5.1071	0.0892	0.6738	1.2536	-0.0706	-0.1954	0.3004	-0.3628	0.1771	0.1063	0.96	-0.0395	0.151	0.2251	0.31	0.5638	42.32	69.122	-11.669
10	1.2402	-0.2826	-0.0553	0.5784	-0.4668	1.3573	0.0399	0.0714	0.1321	0.1924	-0.2643	-0.186	-0.6231	0.5567	0.2244	0.4459	-0.2496	-0.1988	0.2436	0.1124	0.1341	43.053	48.087	-9.124
11	0.401	0.0759	-0.0773	0.5311	-0.1205	1.3132	-0.0243	0.034	-0.0265	-0.0205	-0.0256	-0.0078	-0.1667	0.0228	0.0499	0.2291	-0.0012	-0.1292	0.1536	0.0098	0.1417	20.968	32.945	-17.097
12	1.572	0.5342	0.1127	4.1713	-0.5491	4.1382	0.0106	-0.1102	0.2696	0.2305	0.0154	0.5998	-0.6037	-0.7379	-0.0261	0.2638	0.1521	-0.0743	0.1942	-0.0374	0.1726	2.095	48.266	-0.785
13	5.3015	-2.9471	-1.367	4.573	3.0942	2.3937	-0.1033	0.2253	0.4317	-0.4772	0.5718	-0.9651	-0.4299	0.4019	-0.4686	0.2094	-0.3206	0.0012	0.8771	0.1611	0.6937	-18.811	38.651	-4.655
14	0.601	-0.4666	-0.1441	1.6925	-0.5949	1.5234	-0.1933	0.2774	0.2441	0.0814	-0.0652	-0.2883	-0.3377	0.5746	0.2584	0.2996	-0.3526	-0.2302	0.62	0.2554	0.2156	-35.914	37.551	6.113
15	0.9441	0.0333	0.2422	0.602	-0.2392	0.9961	-0.1008	0.239	0.0334	0.099	0.0203	-0.0728	-0.0776	0.2661	0.0806	0.2032	-0.0572	-0.1593	0.2304	0.0183	0.1341	-39.11	21.135	27.871
16	14.581	1.3161	-2.3099	3.419	2.8184	8.7649	-0.1529	-0.2209	-0.5642	0.3906	-0.0509	-0.1924	0.7432	0.1882	0.2037	0.1996	0.0868	-0.1136	0.3001	-0.0483	0.1911	-24.625	-1.771	23.868

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 210
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	211 - 658
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	659 - 663
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 17
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	18 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	214 - 615
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	616 - 661
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 17
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	18 - 213
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	214 - 617
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	618 - 662
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	9 - 25
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	26 - 209
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	210 - 646
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	647 - 664

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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