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- PDB-5ohn: Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ohn
タイトルCrystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (low resolution)
要素
  • Polyubiquitin-B
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
キーワードHYDROLASE / Deubiquitinase / DUB / Ubiquitin / USP
機能・相同性
機能・相同性情報


protein K6-linked deubiquitination / protein K11-linked deubiquitination / deubiquitinase activity / autophagy of mitochondrion / pexophagy / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / mitochondrial fusion / positive regulation of protein monoubiquitination / peroxisomal membrane ...protein K6-linked deubiquitination / protein K11-linked deubiquitination / deubiquitinase activity / autophagy of mitochondrion / pexophagy / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / mitochondrial fusion / positive regulation of protein monoubiquitination / peroxisomal membrane / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / seminiferous tubule development / negative regulation of mitophagy / female gonad development / male meiosis I / protein deubiquitination / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / neuron projection morphogenesis / energy homeostasis / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / NF-kB is activated and signals survival / regulation of neuron apoptotic process / Regulation of pyruvate metabolism / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NRIF signals cell death from the nucleus / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Regulation of PTEN localization / VLDLR internalisation and degradation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / positive regulation of protein ubiquitination / Translesion synthesis by REV1 / Regulation of BACH1 activity / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / regulation of mitochondrial membrane potential / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TCF dependent signaling in response to WNT / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / Regulation of NF-kappa B signaling / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of signaling by CBL / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Fanconi Anemia Pathway / Peroxisomal protein import / Negative regulation of FGFR3 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily / : ...: / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-B / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Gersch, M. / Komander, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)U105192732 英国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Mechanism and regulation of the Lys6-selective deubiquitinase USP30.
著者: Gersch, M. / Gladkova, C. / Schubert, A.F. / Michel, M.A. / Maslen, S. / Komander, D.
履歴
登録2017年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
B: Polyubiquitin-B
C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
D: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4136
ポリマ－102,2824
非ポリマー1312
水00
1
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
B: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2063
ポリマ－51,1412
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
D: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2063
ポリマ－51,1412
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)181.834, 181.834, 94.957
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30 / Deubiquitinating enzyme 30 / Ubiquitin thioesterase 30 / Ubiquitin-specific-processing protease 30 ...Deubiquitinating enzyme 30 / Ubiquitin thioesterase 30 / Ubiquitin-specific-processing protease 30 / Ub-specific protease 30


分子量: 42582.031 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 64-360,UNP residues 432-502
変異: construct 8 (F348D, M350D, I353E, L358S, L359N, G360A),construct 8 (F348D, M350D, I353E, L358S, L359N, G360A)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP30 / プラスミド: MG-26-21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 pLacI / 参照: UniProt: Q70CQ3, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8558.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 pLacI / 参照: UniProt: P0CG47
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% (w/v) PAA 5100 Na, 100 mM Hepes pH 8.0, 2.5% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.521
11K, H, -L20.479
反射解像度: 3.6→157.47 Å / Num. obs: 20776 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.6→3.94 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4948 / CC1/2: 0.593 / Rpim(I) all: 0.523 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12rc2_2821: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OHK

5ohk


解像度: 3.6→157.473 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 201.05 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 974 4.69 %RANDOM
Rwork0.2106 ---
obs0.2174 20770 99.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→157.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5787 0 2 0 5789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.025912
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6198022
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.442074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111023
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6022-3.79210.27861520.29772811X-RAY DIFFRACTION94
3.7921-4.02960.31441240.27542787X-RAY DIFFRACTION95
4.0296-4.34060.27791420.25762828X-RAY DIFFRACTION95
4.3406-4.77730.23611390.22052821X-RAY DIFFRACTION95
4.7773-5.46820.19491450.19482790X-RAY DIFFRACTION94
5.4682-6.88770.23231290.20242842X-RAY DIFFRACTION95
6.8877-59.52720.26651410.1922875X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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