PDB-5oh6: Legionella pneumophila RidL N-terminal domain lacking beta hairpin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oh6

タイトル

Legionella pneumophila RidL N-terminal domain lacking beta hairpin

要素

Interaptin

キーワード

TOXIN / novel alpha helical fold

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Baerlocher, K. / Hutter, C.A.J. / Swart, A.L. / Steiner, B. / Welin, A. / Hohl, M. / Letourneur, F. / Seeger, M.A. / Hilbi, H.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural insights into Legionella RidL-Vps29 retromer subunit interaction reveal displacement of the regulator TBC1D5.
著者: Barlocher, K. / Hutter, C.A.J. / Swart, A.L. / Steiner, B. / Welin, A. / Hohl, M. / Letourneur, F. / Seeger, M.A. / Hilbi, H.

履歴

登録	2017年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oh6.cif.gz	197.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oh6.ent.gz	158.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oh6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oh6_validation.pdf.gz	429 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oh6_full_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示
XML形式データ	5oh6_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	5oh6_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5oh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5oh6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oh5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4j09-d 4tkp-d 1j2z-d 6jb5-d 6kl5-2 3omc-1 2jmu-d 5m9r-d 2qrw-5 2qrw-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Interaptin

B: Interaptin

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Interaptin

ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Interaptin

ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.100, 58.050, 94.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.280, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Interaptin 分子量: 26594.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア) 遺伝子: lp12_2303 / プラスミド: pBXNH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: G8UZ99
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→49.309 Å / Num. obs: 26742 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.868 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_rim(I) all: 0.063 / Χ²: 1.053 / Net I/σ(I): 15.68

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.1	6.857	0.785	2.32	1989	0.888	0.848	98.6
2.1-2.16	6.883	0.712	2.61	1885	0.875	0.769	98.3
2.16-2.22	6.899	0.522	3.4	1914	0.939	0.564	99.4
2.22-2.29	6.86	0.407	4.21	1796	0.964	0.44	98.8
2.29-2.37	6.732	0.356	4.86	1781	0.969	0.386	98.7
2.37-2.45	6.587	0.281	6.06	1676	0.981	0.305	98.6
2.45-2.54	6.432	0.232	7.27	1573	0.983	0.252	94.3
2.54-2.65	7.288	0.191	9.39	1587	0.99	0.206	99.7
2.65-2.76	7.214	0.157	11.21	1524	0.994	0.169	99.2
2.76-2.9	7.156	0.116	14.29	1485	0.995	0.125	99.7
2.9-3.06	7.073	0.097	17	1407	0.996	0.104	99.6
3.06-3.24	6.958	0.071	21.26	1293	0.997	0.077	99.1
3.24-3.47	6.744	0.058	25.68	1236	0.998	0.063	99
3.47-3.74	6.423	0.045	31.41	1092	0.998	0.049	93
3.74-4.1	7.076	0.041	38.1	1074	0.999	0.044	99.8
4.1-4.58	6.954	0.038	41.33	966	0.999	0.042	99.7
4.58-5.29	6.853	0.035	42.5	859	0.999	0.038	99.7
5.29-6.48	6.577	0.035	41.02	736	0.999	0.038	99.2
6.48-9.17	6.751	0.032	51.45	535	0.999	0.034	93.7
9.17-49.309	6.722	0.025	59.4	334	0.999	0.028	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OH6

解像度: 2.05→49.309 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2422	1331	4.99 %
R_work	0.2017	-	-
obs	0.2037	26681	98.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.92 Å² / B_iso mean: 59.1757 Å² / B_iso min: 26.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→49.309 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3696	0	0	125	3821
B_iso mean	-	-	-	52.67	-
残基数	-	-	-	-	468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3753
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.572	5044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	548
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	676
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.287	2326

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.05-2.1233	0.343	133	0.3212	2534	2667	98
2.1233-2.2083	0.3171	133	0.2823	2522	2655	99
2.2083-2.3088	0.3268	132	0.2617	2502	2634	98
2.3088-2.4306	0.28	134	0.2542	2532	2666	99
2.4306-2.5828	0.2844	127	0.242	2451	2578	96
2.5828-2.7822	0.2959	135	0.2478	2566	2701	99
2.7822-3.0622	0.2973	135	0.2388	2571	2706	100
3.0622-3.5052	0.2438	132	0.2163	2544	2676	99
3.5052-4.4157	0.2178	134	0.1686	2529	2663	97
4.4157-49.3228	0.1927	136	0.161	2599	2735	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0299	-0.0918	-1.0383	1.7887	-0.1562	2.2781	0.0992	-0.1833	0.1507	-0.1005	-0.1908	0.2051	-0.0192	0.3081	-0	0.4697	0.0024	0.0072	0.4192	-0.0095	0.4281	19.1798	59.7493	-3.0091
2	1.7588	0.3532	-0.898	2.0305	1.0548	2.1663	-0.1317	-0.1615	-0.1443	-0.1088	0.0036	0.0856	-0.0411	0.1234	-0.0007	0.3024	-0.0277	-0.0045	0.4033	0.034	0.3906	4.5842	59.5228	19.4554
3	2.2153	-0.5956	-2.3753	0.9386	0.9105	2.509	-0.1998	-0.0275	0.279	0.0489	0.2443	0.1398	0.2628	0.1385	-0	0.507	0.0654	0.0334	0.4696	0.0675	0.51	9.1583	70.3211	59.5647
4	1.0966	0.0327	-0.9936	0.4814	0.2241	2.9543	-0.0943	0.0712	-0.0478	0.0601	0.0648	-0.0727	0.1878	0.181	-0.0002	0.3201	-0.0049	-0.0303	0.3187	-0.0352	0.349	23.9999	65.4961	36.2861

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 122 )	A	8 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 123 through 242 )	A	123 - 242
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 8 through 122 )	B	8 - 122
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 123 through 243 )	B	123 - 243

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