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- PDB-5ogq: Structure of cathepsin B1 from Schistosoma mansoni in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ogq
タイトルStructure of cathepsin B1 from Schistosoma mansoni in complex with WRR391 inhibitor
要素Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
キーワードHYDROLASE / protease / parasite / inhibitor / vinyl sulfone
機能・相同性
機能・相同性情報


proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Peptidase C1A, propeptide / Peptidase family C1 propeptide / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease ...Peptidase C1A, propeptide / Peptidase family C1 propeptide / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9U8 / ACETATE ION / Cathepsin B1 isotype 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Jilkova, A. / Rezacova, P. / Brynda, J. / Mares, M.
資金援助 チェコ, 4件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLO1304 チェコ
Czech Academy of SciencesRVO 61388963 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLH15040 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicInterBioMed LO1302 チェコ
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Druggable Hot Spots in the Schistosomiasis Cathepsin B1 Target Identified by Functional and Binding Mode Analysis of Potent Vinyl Sulfone Inhibitors.
著者: Jilkova, A. / Rubesova, P. / Fanfrlik, J. / Fajtova, P. / Rezacova, P. / Brynda, J. / Lepsik, M. / Mertlikova-Kaiserova, H. / Emal, C.D. / Renslo, A.R. / Roush, W.R. / Horn, M. / Caffrey, C.R. / Mares, M.
履歴
登録2017年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
B: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
C: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5337
ポリマ－85,5223
非ポリマー2,0114
水7,963442
1
A: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1582
ポリマ－28,5071
非ポリマー6511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2173
ポリマ－28,5071
非ポリマー7102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1582
ポリマ－28,5071
非ポリマー6511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.390, 82.390, 99.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 Cathepsin B-like peptidase (C01 family) / Cathepsin B1 isotype 1


分子量: 28507.256 Da / 分子数: 3 / 変異: T168A, T283A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: cb1.1, Smp_103610 / プラスミド: pPICZalphaA / 詳細 (発現宿主): zeocin resistance / 発現宿主: Pichia (菌類) / Variant (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: Q8MNY2
#2: 化合物 ChemComp-9U8 / ethyl 1-[[(2~{S})-3-(4-hydroxyphenyl)-1-oxidanylidene-1-[[(3~{S})-1-phenyl-5-pyridin-2-ylsulfonyl-pentan-3-yl]amino]propan-2-yl]carbamoyl]piperidine-4-carboxylate


分子量: 650.785 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H42N4O7S
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.14 M Ammonium Acetate, 0.07 M Sodium Citrate, 21% PEG 400 c (protein) = 3.4 mg/ml ratio protein : reservoir : H2O = 2:0.5:0.5ul cryocooled in mother liquor

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.063
11-K, -H, -L20.412
11-h,-k,l30.456
11K, H, -L40.068
反射解像度: 1.91→38.06 Å / Num. obs: 52771 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 2.799 % / Biso Wilson estimate: 31.098 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 9.72
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.91-1.951.4380.7990.6821490.41.12848.7
1.95-2.011.6780.7150.9930510.4670.9772.1
2.01-2.071.8360.5341.4232560.6070.70878.8
2.07-2.131.9620.4541.8232220.6350.681
2.13-2.22.0610.3542.5133720.7620.4686.2
2.2-2.282.2180.3133.1134500.8560.40192
2.28-2.362.4850.2693.9235000.9110.33996.2
2.36-2.462.8520.2294.9234630.9070.28299
2.46-2.573.3580.1946.333700.9540.231100
2.57-2.693.4450.1527.8632060.9730.18100
2.69-2.843.5560.1289.2330420.9810.15100
2.84-3.013.6070.09312.6228800.9890.109100
3.01-3.223.5990.08114.6327060.9910.09599.9
3.22-3.483.4790.0618.8625280.9950.07299.7
3.48-3.813.2270.04722.8722830.9950.05698.9
3.81-4.262.9970.04324.7220630.9960.05199.1
4.26-4.923.6480.03829.1518540.9980.04499.7
4.92-6.023.5560.04325.9115470.9980.05199
6.02-8.523.0630.03826.1511890.9970.04698.8
8.52-38.063.8140.03133.876400.9990.03596.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I07

4i07


解像度: 1.91→38.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.888 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.0366 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.028
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1863 1367 2.6 %RANDOM
Rwork0.1674 ---
obs0.1679 51402 89.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.74 Å2 / Biso mean: 29.432 Å2 / Biso min: 10.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.73 Å20 Å20 Å2
2--8.73 Å20 Å2
3----17.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→38.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5994 0 142 443 6579
Biso mean--22.79 30.98 -
残基数----762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196337
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9648559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.843313425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2165765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.86523.827277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.736151069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3411536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021487
LS精密化 シェル解像度: 1.905→1.955 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 60 -
Rwork0.282 2072 -
all-2132 -
obs--48.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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