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- PDB-5ofk: Crystal structure of CbXyn10C variant E140Q/E248Q complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ofk
タイトルCrystal structure of CbXyn10C variant E140Q/E248Q complexed with xyloheptaose
要素Glycoside hydrolase family 48
キーワードHYDROLASE / xylanase / GH10 family / cellulase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase activity / cellulose catabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Endoglucanase F, domain 2 / Endoglucanase F, domain 3 / Glycoside hydrolase, 48F / Glycosyl hydrolase family 48 / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site ...Endoglucanase F, domain 2 / Endoglucanase F, domain 3 / Glycoside hydrolase, 48F / Glycosyl hydrolase family 48 / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoside hydrolase family 48
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Hakulinen, N. / Penttinen, L. / Rouvinen, J. / Tu, T.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland256937 フィンランド
Academy of Finland292705 フィンランド
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Insights into the roles of non-catalytic residues in the active site of a GH10 xylanase with activity on cellulose.
著者: Chu, Y. / Tu, T. / Penttinen, L. / Xue, X. / Wang, X. / Yi, Z. / Gong, L. / Rouvinen, J. / Luo, H. / Hakulinen, N. / Yao, B. / Su, X.
履歴
登録2017年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2379
ポリマ－39,3711
非ポリマー1,8668
水10,251569
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area13860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.611, 183.611, 56.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-645-

HOH

21A-802-

HOH

31A-931-

HOH

41A-977-

HOH

51A-1005-

HOH

61A-1032-

HOH

71A-1048-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 48


分子量: 39371.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor bescii (strain ATCC BAA-1888 / DSM 6725 / Z-1320) (バクテリア)
遺伝子: Athe_1857 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9MKT7
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose- ...beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 942.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,7,6/[a212h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 576分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PIN / PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) / PIPES / 1,4-PIPERAZINEDIETHANESULFONIC ACID / PIPES


分子量: 302.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O6S2 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG8000, 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M pipes at pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→53.77 Å / Num. obs: 162835 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.969 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.16→1.18 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 7361 / CC1/2: 0.545 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.16→53.77 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1862 7892 4.87 %
Rwork0.1719 --
obs0.1725 162125 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→53.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2780 0 118 569 3467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083239
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0774441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.031200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008562
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1597-1.17290.33742390.33684512X-RAY DIFFRACTION87
1.1729-1.18670.34922520.32074814X-RAY DIFFRACTION95
1.1867-1.20120.28562660.30585058X-RAY DIFFRACTION98
1.2012-1.21640.3362520.30265143X-RAY DIFFRACTION100
1.2164-1.23240.33562880.30065085X-RAY DIFFRACTION99
1.2324-1.24930.29922640.31335157X-RAY DIFFRACTION99
1.2493-1.26710.31112760.30945103X-RAY DIFFRACTION99
1.2671-1.28610.32342810.29975111X-RAY DIFFRACTION99
1.2861-1.30620.29672640.30735122X-RAY DIFFRACTION99
1.3062-1.32760.33472500.31315130X-RAY DIFFRACTION99
1.3276-1.35050.30992490.2925149X-RAY DIFFRACTION99
1.3505-1.3750.25522750.26335137X-RAY DIFFRACTION100
1.375-1.40150.26353010.27415139X-RAY DIFFRACTION99
1.4015-1.43010.29472400.26515150X-RAY DIFFRACTION100
1.4301-1.46120.27142440.25235181X-RAY DIFFRACTION100
1.4612-1.49520.26292720.23725155X-RAY DIFFRACTION100
1.4952-1.53260.24522590.22545151X-RAY DIFFRACTION99
1.5326-1.5740.22292600.21295194X-RAY DIFFRACTION100
1.574-1.62030.21532650.18125184X-RAY DIFFRACTION100
1.6203-1.67260.2082740.18775140X-RAY DIFFRACTION100
1.6726-1.73240.19452530.17625212X-RAY DIFFRACTION100
1.7324-1.80180.18672190.16565247X-RAY DIFFRACTION100
1.8018-1.88380.16592580.155228X-RAY DIFFRACTION100
1.8838-1.98310.14912560.13615222X-RAY DIFFRACTION100
1.9831-2.10740.14252990.12275197X-RAY DIFFRACTION100
2.1074-2.27010.12852700.11765231X-RAY DIFFRACTION100
2.2701-2.49850.13952680.11345265X-RAY DIFFRACTION100
2.4985-2.86010.13622710.12015223X-RAY DIFFRACTION99
2.8601-3.60330.13152740.12185307X-RAY DIFFRACTION99
3.6033-53.82740.1342530.12695286X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.9468 Å / Origin y: 136.5464 Å / Origin z: 60.634 Å
111213212223313233
T0.0753 Å2-0.0007 Å20.0026 Å2-0.0849 Å20.0033 Å2--0.0824 Å2
L0.3564 °2-0.0554 °2-0.0627 °2-0.3922 °20.055 °2--0.4328 °2
S0.0222 Å °0.0094 Å °0.0105 Å °0.0099 Å °-0.0182 Å °-0.0078 Å °0.0012 Å °0.0133 Å °-0.0017 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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