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- PDB-5ofb: Crystal structure of human MORC2 (residues 1-603) with spinal mus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ofb
タイトルCrystal structure of human MORC2 (residues 1-603) with spinal muscular atrophy mutation S87L
要素MORC family CW-type zinc finger protein 2
キーワードNUCLEAR PROTEIN / GHKL ATPase / chromatin remodeler / epigenetic silencing / transcriptional repressor / coiled-coil / CW domain / DNA binding protein / Charcot-Marie-Tooth disease / spinal muscular atrophy
機能・相同性
機能・相同性情報


constitutive heterochromatin formation / transposable element silencing by heterochromatin formation / Fatty acyl-CoA biosynthesis / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / heterochromatin / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / fatty acid metabolic process / nuclear matrix / chromatin remodeling / DNA damage response ...constitutive heterochromatin formation / transposable element silencing by heterochromatin formation / Fatty acyl-CoA biosynthesis / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / heterochromatin / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / fatty acid metabolic process / nuclear matrix / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ATPase MORC2, chromo domain-like / Morc, S5 domain 2-like / Morc6 ribosomal protein S5 domain 2-like / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATPase MORC2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Douse, C.H. / Liu, Y. / Modis, Y.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust101908/Z/13/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N011791/1 英国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Neuropathic MORC2 mutations perturb GHKL ATPase dimerization dynamics and epigenetic silencing by multiple structural mechanisms.
著者: Douse, C.H. / Bloor, S. / Liu, Y. / Shamin, M. / Tchasovnikarova, I.A. / Timms, R.T. / Lehner, P.J. / Modis, Y.
#1: ジャーナル: Nat. Genet. / 年: 2017
タイトル: Hyperactivation of HUSH complex function by Charcot-Marie-Tooth disease mutation in MORC2.
著者: Tchasovnikarova, I.A. / Timms, R.T. / Douse, C.H. / Roberts, R.C. / Dougan, G. / Kingston, R.E. / Modis, Y. / Lehner, P.J.
履歴
登録2017年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / pdbx_related_exp_data_set
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: MORC family CW-type zinc finger protein 2
A: MORC family CW-type zinc finger protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,3089
ポリマ－140,0902
非ポリマー1,2187
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area50150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.850, 124.680, 80.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MORC family CW-type zinc finger protein 2 / Zinc finger CW-type coiled-coil domain protein 1


分子量: 70045.078 Da / 分子数: 2 / 変異: S87L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MORC2, KIAA0852, ZCWCC1
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q9Y6X9
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: Plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M bicine/Trizma pH 8.5 10.2% PEG 4k 20.4% glycerol 0.02 M each of the following: 1,6-hexanediol; 1-butanol; RS-1,2 propanediol; 2-propanol; 1,4-butanediol; 1,3-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.975999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.018→79.629 Å / Num. obs: 82175 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible allMean I/σ(I) obs
2.018-2.0533.70.64843310.80.52996.7
5.478-79.6293.80.03145070.9980.02598.928.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Wild-type human MORC2

解像度: 2.02→79.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 8.481 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22764 4183 5.1 %RANDOM
Rwork0.19789 ---
obs0.1994 77992 91.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.952 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.48 Å20 Å21.07 Å2
2---1.7 Å20 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.02→79.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8713 0 67 304 9084
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0198953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9391.97212069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.135319359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.36851068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53923.176444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.445151639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3191591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021916
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7994.4374293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.84.4364292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2766.6315354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2756.6325355
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4284.9424660
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4284.9424661
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4917.226716
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.127132753
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.127132688
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.018→2.071 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 310 -
Rwork0.289 6088 -
obs--97.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12350.0081-0.01370.2002-0.01580.3673-0.01310.01150.0555-0.00550.0307-0.0319-0.0013-0.0166-0.01760.0032-0.0036-0.00310.0697-0.00940.0338-12.2804-13.0656-26.0624
20.2232-0.05370.04840.14450.03910.102-0.0071-0.0791-0.02780.0164-0.006-0.0350.0777-0.00960.01310.07740.0180.03170.06610.02350.0334-18.6904-41.4063-8.7669
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 591
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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