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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5of7 | ||||||||||||
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タイトル | Cu nitrite reductase serial data at varying temperatures 190K 0.48MGy | ||||||||||||
![]() | Copper-containing nitrite reductase | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Electron transfer / nitrite reductase | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Horrell, S. / Kekilli, D. / Strange, R.W. / Hough, M.A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Enzyme catalysis captured using multiple structures from one crystal at varying temperatures. 著者: Horrell, S. / Kekilli, D. / Sen, K. / Owen, R.L. / Dworkowski, F.S.N. / Antonyuk, S.V. / Keal, T.W. / Yong, C.W. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S. / Strange, R.W. / Hough, M.A. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5of5C ![]() 5of6C ![]() 5of8C ![]() 5ofcC ![]() 5ofdC ![]() 5ofeC ![]() 5offC ![]() 5ofgC ![]() 5ofhC ![]() 5og2C ![]() 5og3C ![]() 5og4C ![]() 5og5C ![]() 5og6C ![]() 5ogfC ![]() 5oggC ![]() 5i6kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36621.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: nirK / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 347分子 ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NO2.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/NO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NO2.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/NO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-NO2 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MLI / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100 mM sodium citrate at pH 5.0 and ~1.7 M ammonium sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 190 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.27→42.46 Å / Num. obs: 75137 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 8.6 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.27→1.29 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.36 / Rpim(I) all: 0.697 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5I6K 解像度: 1.27→42.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.043 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.707 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.27→42.46 Å
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拘束条件 |
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