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- PDB-5oeu: The structure of a glutathione synthetase like-effector (GSS22) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oeu
タイトルThe structure of a glutathione synthetase like-effector (GSS22) from Globodera pallida in ADP-bound closed conformation.
要素Glutathione synthetase-like effector 22 (Gpa-GSS22-closed)
キーワードADP binding protein / Plant-parasitic nematode / Effector / Glutathione synthetase-like
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione synthase activity / glutathione binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione synthase, N-terminal, eukaryotic / Glutathione synthase, C-terminal, eukaryotic / Glutathione synthase / Eukaryotic glutathione synthase, ATP binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Glutathione synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Globodera pallida (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Lilley, C.J. / Maqbool, A. / Wu, D. / Yusup, H.B. / Jones, L.M. / Birch, P.R.J. / Banfield, M.J. / Urwin, P.E. / Eves-van den Akker, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M014207/1 英国
引用ジャーナル: PLoS Genet. / 年: 2018
タイトル: Effector gene birth in plant parasitic nematodes: Neofunctionalization of a housekeeping glutathione synthetase gene.
著者: Lilley, C.J. / Maqbool, A. / Wu, D. / Yusup, H.B. / Jones, L.M. / Birch, P.R.J. / Banfield, M.J. / Urwin, P.E. / Eves-van den Akker, S.
履歴
登録2017年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione synthetase-like effector 22 (Gpa-GSS22-closed)
C: Glutathione synthetase-like effector 22 (Gpa-GSS22-closed)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8369
ポリマ－114,8612
非ポリマー9767
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Obligate homo-dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area35320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.270, 121.079, 128.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 29 - 510 / Label seq-ID: 29 - 510

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2CB

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要素

#1: タンパク質 Glutathione synthetase-like effector 22 (Gpa-GSS22-closed)


分子量: 57430.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Globodera pallida (無脊椎動物) / Cell: Dorsal Gland Cell / 遺伝子: GSS22 / プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: A0A183CD52*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.01 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.2 M tri-methylamine N-oxide, 0.1 M Tris pH 9 and 20 % w/v PEG 2000 MME with the addition of ADP (2.5 mM), MgCl2 (5 mM) and GSH (2.5 mM)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 39223 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / Rmerge(I) obs: 1.348 / Rrim(I) all: 1.14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2data processing
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OEV

5oev


解像度: 2.57→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 22.498 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.473 / ESU R Free: 0.278
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 2068 5.1 %RANDOM
Rwork0.2153 ---
obs0.217 38293 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.45 Å2 / Biso mean: 53.378 Å2 / Biso min: 29.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6936 0 59 55 7050
Biso mean--80.82 44.65 -
残基数----872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0197129
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.9719631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.917315461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0675866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.14224.399341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.619151286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2481547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021423
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 26540 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2C
LS精密化 シェル解像度: 2.574→2.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 131 -
Rwork0.39 2819 -
all-2950 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71250.05970.20211.62470.35920.96030.0147-0.08870.10330.0036-0.0685-0.2389-0.0490.05730.05380.0155-0.0002-0.01840.0432-0.0270.1154-19.0936.405-33.305
20.8230.4927-0.31121.3664-0.67321.64130.0128-0.0039-0.16120.0123-0.0385-0.27660.24430.20640.02560.05980.0371-0.04280.0286-0.01170.0979-21.8441-10.8275-28.4029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 523
2X-RAY DIFFRACTION2C27 - 523

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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