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- PDB-5oep: Mycobacterium tuberculosis DprE1 in complex with inhibitor TCA481 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oep
タイトルMycobacterium tuberculosis DprE1 in complex with inhibitor TCA481
要素Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD-containing oxidoreductase Decaprenylphosphoarabinose synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan biosynthetic process / cell wall polysaccharide biosynthetic process / decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / periplasmic space / oxidoreductase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
D-arabinono-1,4-lactone oxidase, C-terminal domain / D-arabinono-1,4-lactone oxidase / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9T2 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IMIDAZOLE / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Futterer, K. / Batt, S.M. / Besra, G.S.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Determinants of the Inhibition of DprE1 and CYP2C9 by Antitubercular Thiophenes.
著者: Liu, R. / Lyu, X. / Batt, S.M. / Hsu, M.H. / Harbut, M.B. / Vilcheze, C. / Cheng, B. / Ajayi, K. / Yang, B. / Yang, Y. / Guo, H. / Lin, C. / Gan, F. / Wang, C. / Franzblau, S.G. / Jacobs, W.R. ...著者: Liu, R. / Lyu, X. / Batt, S.M. / Hsu, M.H. / Harbut, M.B. / Vilcheze, C. / Cheng, B. / Ajayi, K. / Yang, B. / Yang, Y. / Guo, H. / Lin, C. / Gan, F. / Wang, C. / Franzblau, S.G. / Jacobs, W.R. / Besra, G.S. / Johnson, E.F. / Petrassi, M. / Chatterjee, A.K. / Futterer, K. / Wang, F.
履歴
登録2017年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
B: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5077
ポリマ－104,0802
非ポリマー2,4275
水1,08160
1
A: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2884
ポリマ－52,0401
非ポリマー1,2483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2193
ポリマ－52,0401
非ポリマー1,1792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.300, 84.540, 80.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 265
2111B1 - 265
1211A303 - 312
2211B303 - 312
1311A332 - 461
2311B332 - 461
1411A900
2411B900

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.980161, 0.189404, -0.058402), (0.189934, 0.813347, -0.549902), (-0.056652, -0.550085, -0.833185)-5.37403, 8.77965, 26.60102

-
要素

#1: タンパク質 Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase / Decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2'- ...Decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2'-epimerase subunit DprE1 / Decaprenyl-phosphoribose 2'-epimerase subunit 1 / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2'-oxidase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose 2-epimerase flavoprotein subunit / FAD-dependent decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2-oxidase


分子量: 52039.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: dprE1, Rv3790 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WJF1, decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-9T2 / ethyl ~{N}-[2-(1,3-benzothiazol-2-ylcarbonylamino)-5-fluoranyl-thiophen-3-yl]carbonylcarbamate


分子量: 393.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12FN3O4S2
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M imidazole, 30 - 35% (v/v) polypropyleneglycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→57.6 Å / Num. obs: 42105 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.814 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KW5

4kw5


解像度: 2.35→57.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 18.099 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.227 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23323 2132 5.1 %RANDOM
Rwork0.19649 ---
obs0.1983 39956 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.046 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.12 Å20 Å2-2.18 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.35→57.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6330 0 163 60 6553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196650
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7671.989066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3715836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.62622.669266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.37715976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8561551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5193.6923362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5155.5294192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1263.9153288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.10931.9579859
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS数: 3018 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 2.93 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 158 -
Rwork0.302 2921 -
obs--97.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3486-0.18791.61851.86190.32043.1610.0907-0.2016-0.08380.20280.04540.10560.1912-0.1147-0.13610.0835-0.0206-0.0190.10860.00560.024712.5241-9.752436.4984
23.50761.14361.16341.92350.26752.85280.0060.4986-0.251-0.0860.2038-0.00660.40360.145-0.20970.14750.0267-0.05660.181-0.00890.0548-21.317-16.37030.5549
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 900
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 900

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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