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- PDB-5oeb: Structure of large terminase from the thermophilic bacteriophage ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oeb
タイトルStructure of large terminase from the thermophilic bacteriophage D6E in complex with ADP (Crystal form 3)
要素Large subunit terminase
キーワードVIRAL PROTEIN / large terminase
機能・相同性Bacteriophage terminase, large subunit / Terminase large subunit, T4likevirus-type, N-terminal / nucleotide binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Large subunit terminase
機能・相同性情報
生物種Deep-sea thermophilic phage D6E (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Xu, R.G. / Jenkins, H.T. / Greive, S.J. / Antson, A.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust098230 英国
Wellcome Trust101528 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structure of the large terminase from a hyperthermophilic virus reveals a unique mechanism for oligomerization and ATP hydrolysis.
著者: Xu, R.G. / Jenkins, H.T. / Antson, A.A. / Greive, S.J.
履歴
登録2017年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Large subunit terminase
B: Large subunit terminase
C: Large subunit terminase
D: Large subunit terminase
E: Large subunit terminase
F: Large subunit terminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,5848
ポリマ－294,1336
非ポリマー4522
水1,820101
1
A: Large subunit terminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0221
ポリマ－49,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Large subunit terminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4743
ポリマ－49,0221
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Large subunit terminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0221
ポリマ－49,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Large subunit terminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0221
ポリマ－49,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Large subunit terminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0221
ポリマ－49,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Large subunit terminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0221
ポリマ－49,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.878, 102.859, 103.029
Angle α, β, γ (deg.)91.130, 117.160, 119.170
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA13 - 41716 - 420
21PROPROBB13 - 41716 - 420
12PHEPHEAA14 - 41717 - 420
22PHEPHECC14 - 41717 - 420
13PROPROAA13 - 41716 - 420
23PROPRODD13 - 41716 - 420
14PROPROAA13 - 41716 - 420
24PROPROEE13 - 41716 - 420
15PROPROAA13 - 41716 - 420
25PROPROFF13 - 41716 - 420
16PHEPHEBB14 - 41717 - 420
26PHEPHECC14 - 41717 - 420
17PROPROBB13 - 41716 - 420
27PROPRODD13 - 41716 - 420
18PROPROBB13 - 41716 - 420
28PROPROEE13 - 41716 - 420
19PROPROBB13 - 41716 - 420
29PROPROFF13 - 41716 - 420
110PHEPHECC14 - 41717 - 420
210PHEPHEDD14 - 41717 - 420
111PHEPHECC14 - 41717 - 420
211PHEPHEEE14 - 41717 - 420
112PHEPHECC14 - 41717 - 420
212PHEPHEFF14 - 41717 - 420
113PROPRODD13 - 41716 - 420
213PROPROEE13 - 41716 - 420
114PROPRODD13 - 41716 - 420
214PROPROFF13 - 41716 - 420
115PROPROEE13 - 41716 - 420
215PROPROFF13 - 41716 - 420

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Large subunit terminase


分子量: 49022.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deep-sea thermophilic phage D6E (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5DV50
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 8.0 / PH範囲: 6.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→45.8 Å / Num. obs: 53693 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.972 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.164 / Rrim(I) all: 0.232 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 95733 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.1-3.191.70.832743942930.3360.8321.177194
13.14-45.81.80.0311716460.9960.030.0431588.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→45.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 34.679 / SU ML: 0.547 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.549 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2779 2705 5 %RANDOM
Rwork0.2373 ---
obs0.2393 50925 96.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 145.42 Å2 / Biso mean: 73.136 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.58 Å2-1.44 Å20.73 Å2
2---4.02 Å20.6 Å2
3---4.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19404 0 28 101 19533
Biso mean--95.63 39.87 -
残基数----2424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01919947
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0217892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1741.93926993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8862.99941374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.36352416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.33924.133946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.204153328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3481585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.22849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0222287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024373
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A273540.05
12B273540.05
21A264880.06
22C264880.06
31A270320.05
32D270320.05
41A264100.06
42E264100.06
51A262180.07
52F262180.07
61B266720.04
62C266720.04
71B271540.05
72D271540.05
81B267000.05
82E267000.05
91B264460.06
92F264460.06
101C264140.05
102D264140.05
111C259920.05
112E259920.05
121C263720.05
122F263720.05
131D265820.04
132E265820.04
141D261780.06
142F261780.06
151E259400.06
152F259400.06
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 149 -
Rwork0.372 3800 -
all-3949 -
obs--97.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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