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- PDB-5ody: Galectin-3C in complex with dithiogalactoside derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ody
タイトルGalectin-3C in complex with dithiogalactoside derivative
要素Galectin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / CARBOHYDRATE-BINDING PROTEIN / GALACTOSE-SPECIFIC LECTIN 3 / GALACTOSIDE-BINDING PROTEIN / GALBP / IGE-6 BINDING PROTEIN / L-31 / LAMININ-BINDING PROTEIN / LECTIN L-29 / MAC-2
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / signaling receptor inhibitor activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / positive chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ficolin-1-rich granule membrane / immunological synapse / laminin binding / neutrophil chemotaxis / epithelial cell differentiation / RNA splicing / secretory granule membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / spliceosomal complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / : / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / mitochondrial inner membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9SK / Galectin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.149 Å
データ登録者Kumar, R. / Peterson, K. / Nilsson, U.J. / Logan, D.T.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW 2013.0022 スウェーデン
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Systematic Tuning of Fluoro-galectin-3 Interactions Provides Thiodigalactoside Derivatives with Single-Digit nM Affinity and High Selectivity.
著者: Peterson, K. / Kumar, R. / Stenstrom, O. / Verma, P. / Verma, P.R. / Hakansson, M. / Kahl-Knutsson, B. / Zetterberg, F. / Leffler, H. / Akke, M. / Logan, D.T. / Nilsson, U.J.
履歴
登録2017年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4352
ポリマ－15,7011
非ポリマー7341
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.246, 57.443, 60.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物 ChemComp-9SK / 5,6-bis(fluoranyl)-3-[[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)-4-[4-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]oxan-2-yl]sulfanyl-3,5-bis(oxidanyl)oxan-4-yl]oxymethyl]chromen-2-one


分子量: 733.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H28F5N3O11S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M Tris/HCl pH 7.5, 0.1 M MgCl2, 0.4 M NaSCN, 7.9 mM beta-mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.149→29.81 Å / Num. obs: 42774 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07061 / Rpim(I) all: 0.02917 / Net I/σ(I): 13.16
反射 シェル解像度: 1.149→1.19 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.934 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique obs: 3911 / CC1/2: 0.583 / Rpim(I) all: 0.4229 / % possible all: 91.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2747: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3ZSL

3zsl


解像度: 1.149→29.81 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 15.13
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1614 2260 5.28 %RANDOM
Rwork0.1342 ---
obs0.1357 42774 98.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.149→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1106 0 50 161 1317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2561690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.735475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.259190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1487-1.17370.27371290.22892190X-RAY DIFFRACTION87
1.1737-1.2010.2511750.21332412X-RAY DIFFRACTION98
1.201-1.2310.26461500.20782450X-RAY DIFFRACTION98
1.231-1.26430.23721330.18082557X-RAY DIFFRACTION99
1.2643-1.30150.20041240.16222501X-RAY DIFFRACTION99
1.3015-1.34350.20091350.15772534X-RAY DIFFRACTION99
1.3435-1.39150.1681320.14492530X-RAY DIFFRACTION100
1.3915-1.44730.19931600.12712524X-RAY DIFFRACTION100
1.4473-1.51310.15021480.11332549X-RAY DIFFRACTION100
1.5131-1.59290.1651360.09872560X-RAY DIFFRACTION100
1.5929-1.69270.13761370.10042560X-RAY DIFFRACTION100
1.6927-1.82340.15791210.1012592X-RAY DIFFRACTION100
1.8234-2.00680.15351260.09922604X-RAY DIFFRACTION100
2.0068-2.29710.13261350.11012602X-RAY DIFFRACTION100
2.2971-2.89380.16031470.13432630X-RAY DIFFRACTION100
2.8938-30.30750.14021720.14872719X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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