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- PDB-5ods: Structure of a phosphoprotein-protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ods
タイトルStructure of a phosphoprotein-protein complex
要素
  • Clathrin heavy chain 1
  • LYS-GLU-SER-ALA-LEU-ARG-LYS-GLN-SEP-LEU-TYR-LEU-LYS-PHE-ASP-PRO-LEU-LEU
キーワードCELL CYCLE / Scaffolding protein / spindle association
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOV GTPase cycle / Formation of annular gap junctions / RHOU GTPase cycle / Gap junction degradation / presynaptic endocytic zone membrane / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / LDL clearance / Myb complex / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 ...RHOV GTPase cycle / Formation of annular gap junctions / RHOU GTPase cycle / Gap junction degradation / presynaptic endocytic zone membrane / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / LDL clearance / Myb complex / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / postsynaptic endocytic zone / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / Retrograde neurotrophin signalling / Lysosome Vesicle Biogenesis / clathrin light chain binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / clathrin complex / VLDLR internalisation and degradation / Recycling pathway of L1 / clathrin coat of coated pit / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / clathrin coat disassembly / photoreceptor ribbon synapse / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / Clathrin-mediated endocytosis / membrane coat / MHC class II antigen presentation / nuclear migration / mitotic spindle assembly / clathrin-coated pit / regulation of mitotic spindle organization / mitotic spindle organization / intracellular protein transport / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulation of NOTCH4 signaling / cerebral cortex development / autophagy / centriolar satellite / microtubule cytoskeleton organization / spindle / spindle pole / mitotic spindle / melanosome / myelin sheath / double-stranded RNA binding / ciliary basal body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / glutamatergic synapse / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein-containing complex / mitochondrion / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transforming acidic coiled-coil-containing protein, C-terminal / TACC family / Transforming acidic coiled-coil-containing protein (TACC), C-terminal / Clathrin heavy-chain terminal domain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS ...Transforming acidic coiled-coil-containing protein, C-terminal / TACC family / Transforming acidic coiled-coil-containing protein (TACC), C-terminal / Clathrin heavy-chain terminal domain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Clathrin heavy chain 1 / Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Mukherjee, M. / Bayliss, R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L023113/1 英国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2018
タイトル: Structure of a phosphoprotein-protein complex
著者: Mukherjee, M. / Bayliss, R.
履歴
登録2017年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clathrin heavy chain 1
B: Clathrin heavy chain 1
C: Clathrin heavy chain 1
D: Clathrin heavy chain 1
E: LYS-GLU-SER-ALA-LEU-ARG-LYS-GLN-SEP-LEU-TYR-LEU-LYS-PHE-ASP-PRO-LEU-LEU
F: LYS-GLU-SER-ALA-LEU-ARG-LYS-GLN-SEP-LEU-TYR-LEU-LYS-PHE-ASP-PRO-LEU-LEU
G: LYS-GLU-SER-ALA-LEU-ARG-LYS-GLN-SEP-LEU-TYR-LEU-LYS-PHE-ASP-PRO-LEU-LEU
H: LYS-GLU-SER-ALA-LEU-ARG-LYS-GLN-SEP-LEU-TYR-LEU-LYS-PHE-ASP-PRO-LEU-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,3578
ポリマ－266,3578
非ポリマー00
水00
1
A: Clathrin heavy chain 1
E: LYS-GLU-SER-ALA-LEU-ARG-LYS-GLN-SEP-LEU-TYR-LEU-LYS-PHE-ASP-PRO-LEU-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5892
ポリマ－66,5892
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Clathrin heavy chain 1
F: LYS-GLU-SER-ALA-LEU-ARG-LYS-GLN-SEP-LEU-TYR-LEU-LYS-PHE-ASP-PRO-LEU-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5892
ポリマ－66,5892
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Clathrin heavy chain 1
G: LYS-GLU-SER-ALA-LEU-ARG-LYS-GLN-SEP-LEU-TYR-LEU-LYS-PHE-ASP-PRO-LEU-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5892
ポリマ－66,5892
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Clathrin heavy chain 1
H: LYS-GLU-SER-ALA-LEU-ARG-LYS-GLN-SEP-LEU-TYR-LEU-LYS-PHE-ASP-PRO-LEU-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5892
ポリマ－66,5892
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.520, 120.040, 123.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
Clathrin heavy chain 1


分子量: 64355.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cltc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68FD5
#2: タンパク質・ペプチド
LYS-GLU-SER-ALA-LEU-ARG-LYS-GLN-SEP-LEU-TYR-LEU-LYS-PHE-ASP-PRO-LEU-LEU


分子量: 2233.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6A5*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 8 / 詳細: PEG 6000, sodium chloride, Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→61.26 Å / Num. obs: 60689 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.09→3.14 Å / 冗長度: 3.4 % / Num. unique obs: 3053 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
xia20.4.0.291-ga780859-dials-1.1データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BPO

1bpo


解像度: 3.09→61.258 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 2888 4.76 %
Rwork0.2208 --
obs0.2231 60649 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.09→61.258 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18224 0 0 0 18224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00618585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20425225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6736870
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.09-3.14070.42531510.37362765X-RAY DIFFRACTION100
3.1407-3.19480.44021430.36072736X-RAY DIFFRACTION99
3.1948-3.25290.34631420.32662759X-RAY DIFFRACTION99
3.2529-3.31550.32531310.30322762X-RAY DIFFRACTION100
3.3155-3.38310.32021170.28512781X-RAY DIFFRACTION100
3.3831-3.45670.33941420.2742748X-RAY DIFFRACTION99
3.4567-3.53710.31261400.26572771X-RAY DIFFRACTION100
3.5371-3.62550.29231250.26332802X-RAY DIFFRACTION100
3.6255-3.72360.32871410.25632738X-RAY DIFFRACTION99
3.7236-3.83310.31581350.24292773X-RAY DIFFRACTION100
3.8331-3.95680.28131550.2392720X-RAY DIFFRACTION99
3.9568-4.09820.29471530.21952763X-RAY DIFFRACTION99
4.0982-4.26220.24231360.20482774X-RAY DIFFRACTION99
4.2622-4.45620.26461330.19142739X-RAY DIFFRACTION99
4.4562-4.6910.2381280.18692733X-RAY DIFFRACTION98
4.691-4.98480.19911350.18572759X-RAY DIFFRACTION99
4.9848-5.36950.23111230.18712785X-RAY DIFFRACTION98
5.3695-5.90940.23071190.20732744X-RAY DIFFRACTION98
5.9094-6.76360.28831500.22162715X-RAY DIFFRACTION98
6.7636-8.51780.24811510.22032705X-RAY DIFFRACTION96
8.5178-61.27050.2511380.19252689X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.60920.6946-0.60411.7778-0.79092.73460.09690.0632-0.0754-0.06020.0254-0.1154-0.18990.2809-0.04620.54670.0134-0.05740.5522-0.08240.5589129.455710.483162.4098
21.0832-1.6427-0.161.8993-0.08121.92450.16070.1665-0.16470.0504-0.14170.00930.860.51120.07910.91790.1226-0.10710.86510.01510.9071134.0827-24.1023182.321
33.2095-0.90340.19540.63990.9061.5912-0.14630.4195-0.0965-0.0855-0.0570.015-0.2473-0.53740.11391.03750.11530.04810.94810.08790.6457173.275-40.5767174.0446
42.09970.7274-1.19412.5109-1.50782.77340.1141-0.222-0.02960.1821-0.01020.4806-0.1492-0.1641-0.06840.5708-0.03410.03070.547-0.11270.899497.606-16.4455188.7777
50.6318-0.37171.01590.26220.11050.7950.42410.2133-0.3871-0.5392-0.0263-0.0498-0.1157-0.0173-0.17231.32240.2236-0.36921.4958-0.14471.722884.17980.802147.1329
62.2345-0.18610.39661.34380.3180.7425-0.3249-0.1885-0.05580.70030.3678-0.36490.46260.275-0.05591.15740.1616-0.11861.1937-0.06411.201645.1781-7.4249140.7436
7-0.0014-0.4775-0.5592-0.0485-0.9151.5749-0.1946-0.0538-0.1667-1.2601-0.598-0.61331.67010.03810.08261.8680.16320.32691.63790.03381.242878.3589-73.6264140.2779
82.5706-0.9257-0.02623.3384-0.97372.5781-0.1137-0.1880.1832-0.02780.1198-0.3455-0.21020.0542-0.01610.8124-0.0836-0.0451.0834-0.0830.687165.3416-57.5881146.8732
90.8441-1.08540.12231.8175-1.31031.4629-0.1167-0.19670.0949-0.2388-0.1502-0.07050.8793-0.02030.15871.4142-0.05720.08761.62340.0670.892372.6926-55.5953128.6419
100.60720.55440.04930.39020.41390.0151-0.2473-0.32930.8159-0.4770.48910.1205-0.5728-0.15-0.011.5456-0.18660.11952.1008-0.15672.062788.9723-19.731125.8972
111.66680.5368-0.09980.7711-0.03710.5959-0.1990.29190.09030.0724-0.1910.94430.7178-0.8681-0.02971.5323-0.28660.20181.3348-0.27111.5033126.9743-14.4841134.0834
121.04280.4433-0.44252.1265-0.76452.45980.05640.15290.3735-0.08210.21420.709-0.2752-0.349-0.09870.6580.13050.0120.95670.17111.1053157.9484-37.6859115.3222
132.0855-0.236-0.47791.14710.25430.5555-0.3004-0.3316-0.15210.11940.3621-0.13290.29380.5347-0.05211.51120.00070.37171.5208-0.20211.5361132.943-50.0072161.6425
143.11970.2046-1.23881.3291.07591.3611-0.0503-0.12530.2531-0.39310.1476-0.4527-0.0993-0.03680.14771.1179-0.17360.13540.834-0.03740.889199.1287-43.9597164.9414
151.769-2.59490.11894.0521-0.68691.0219-0.06040.62960.5335-0.85780.03060.57070.49480.02930.0321.59310.1934-0.33391.5998-0.08351.0885164.5091-31.0439164.3498
160.9857-0.09052.4225-0.0084-0.16155.9011-0.0860.1095-0.1823-0.38910.0040.05420.0750.04910.0062.69380.4778-0.58562.2117-0.04862.266363.5716-15.7419155.5092
174.07380.63621.59264.7293-2.48372.21380.08170.3588-0.1285-0.0081-0.1605-0.31470.39420.29810.05661.98490.3457-0.5822.1493-0.12742.170962.9866-16.5707143.0186
180.7231.6152-0.54693.429-1.19850.4164-0.47190.02980.54840.2025-0.16110.21160.02220.2661-0.00982.0753-0.08110.25592.2374-0.16232.238105.7438-24.1476144.698
194.01821.4486-1.16080.5167-0.33234.62050.04460.11580.0059-0.12770.17280.04950.0069-0.04590.00651.8911-0.3825-0.30152.8094-0.80793.7733106.1725-11.8008142.3777
200.98471.0551-1.71130.9663-1.72722.9157-0.29120.64260.5259-0.983-0.1597-0.3032-0.77860.2840.03912.171-0.21650.22011.42060.25821.9805121.5386-33.8619158.0571
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 329 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 330 through 424 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 425 through 574 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 354 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 355 through 471 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 472 through 572 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 3 through 86 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 87 through 296 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 297 through 354 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 355 through 481 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 482 through 572 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 3 through 397 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 398 through 493 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 494 through 573 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 550 through 567 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 550 through 560 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 561 through 567 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 550 through 560 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 561 through 567 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 550 through 567 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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