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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5odn | ||||||
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タイトル | Salinibacter ruber Single-Strand Binding protein | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / Single-Strand Binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pierechod, M. / Rothweiler, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Salinibacter ruber Single-Strand Binding protein 著者: Pierechod, M. / Rothweiler, U. #1: ![]() タイトル: Single-strand binding protein 著者: Pierechod, M. / Willassen, N.P. / Rothweiler, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 379.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 307.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1eygS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21901.439 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ssb, SRU_0523 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 1171.814 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: DNA鎖 | 分子量: 867.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 3350 27% w/v, Tris-HCl pH 8.0, MgCl2 0.25M, ammonium sulphate 1M |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.598→50 Å / Num. obs: 79148 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 12.71 |
反射 シェル | 解像度: 2.598→2.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 12799 / CC1/2: 0.706 / Rrim(I) all: 0.594 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EYG 解像度: 2.598→47.255 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 25.37
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.598→47.255 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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