+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5odi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Heterodisulfide reductase / [NiFe]-hydrogenase complex from Methanothermococcus thermolithotrophicus cocrystallized with CoM-SH | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Heterodisulfide reductase / [NiFe]-hydrogenase / FeS cluster / ferredoxin / CCG motif / methanogenesis / flavoprotein / flavin-based electron bifurcation / [2Fe-2S] cluster / macromolecular complex / anaerobic / thioredoxin / metabolism / oxydoreductase. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydromethanophenazine:CoB-CoM heterodisulfide reductase / hydrogen dehydrogenase / hydrogen dehydrogenase activity / CoB--CoM heterodisulfide reductase activity / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / hydrogenase (acceptor) / methanogenesis / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding ...dihydromethanophenazine:CoB-CoM heterodisulfide reductase / hydrogen dehydrogenase / hydrogen dehydrogenase activity / CoB--CoM heterodisulfide reductase activity / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / hydrogenase (acceptor) / methanogenesis / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wagner, T. / Koch, J. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Methanogenic heterodisulfide reductase (HdrABC-MvhAGD) uses two noncubane [4Fe-4S] clusters for reduction. 著者: Wagner, T. / Koch, J. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5odi.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5odi.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5odi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5odi_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5odi_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5odi_validation.xml.gz | 137.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5odi_validation.cif.gz | 189.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/5odi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/5odi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-Heterodisulfide reductase, subunit ... , 3種, 6分子 AGBHCI
#1: タンパク質 | 分子量: 71591.672 Da / 分子数: 2 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 組織: / / 参照: UniProt: A0A2D0TCB9*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 32075.318 Da / 分子数: 2 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然 詳細: This subunit contains two pentacoordinated non cubane [4Fe4S] clusters 由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 組織: / 参照: UniProt: A0A2D0TCB4*PLUS, dihydromethanophenazine:CoB-CoM heterodisulfide reductase #3: タンパク質 | 分子量: 20483.650 Da / 分子数: 2 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 組織: / / 参照: UniProt: A0A2D0TC97*PLUS |
---|
-Methyl-viologen reducing hydrogenase, subunit ... , 3種, 6分子 DJEKFL
#4: タンパク質 | 分子量: 16057.495 Da / 分子数: 2 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 組織: / / 参照: UniProt: A0A2D0TC98*PLUS #5: タンパク質 | 分子量: 32511.432 Da / 分子数: 2 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 組織: / / 参照: UniProt: A0A2D0TC99*PLUS, hydrogen dehydrogenase #6: タンパク質 | 分子量: 53129.602 Da / 分子数: 2 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然 詳細: The C-terminus has been post-translationally cleaved 由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 組織: / / 参照: UniProt: A0A2D0TCA6*PLUS, hydrogen dehydrogenase |
---|
-非ポリマー , 12種, 600分子
#7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-SF4 / #10: 化合物 | ChemComp-GOL / #11: 化合物 | ChemComp-9S8 / #12: 化合物 | #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-TRS / | #15: 化合物 | #16: 化合物 | #17: 化合物 | ChemComp-PE3 / | #18: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 % 解説: Black thick plate, square shape of about 0.2-0.4 mm length |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Crystallization was performed in an anaerobic chamber (95% N2/5% H2) with anoxic solution using the sitting drop method (96-well 2-drop MRC Crystallization Plates in polystyrene, Molecular ...詳細: Crystallization was performed in an anaerobic chamber (95% N2/5% H2) with anoxic solution using the sitting drop method (96-well 2-drop MRC Crystallization Plates in polystyrene, Molecular Dimensions, Suffolk, UK). The crystallization reservoir contained 100 mM Tris/HCl, pH 8.5, 1% (w/v) polyethylene glycol 3350, 30% (w/v) polyethylene glycol 4000, and 200 mM Na acetate trihydrate. Crystallization drop contained 1 ul HdrABC-MvhAGD at 25 mg/ml premixed with 2 mM FAD, 10 mM CoM-SH and 1 ul of precipitant. The crystals appear after 1-2 weeks and are cryoprotected in the crystallization solution supplemented with 30% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97916 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→48.54 Å / Num. obs: 176807 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 30.54 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 25737 / CC1/2: 0.332 / Rpim(I) all: 0.188 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ODC 解像度: 2.4→48.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9146 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8865 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.363 / SU Rfree Blow DPI: 0.237
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.65 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.371 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→48.54 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|