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- PDB-5ock: Crystal structure of ACPA E4 in complex with CEP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ock
タイトルCrystal structure of ACPA E4 in complex with CEP1
要素
  • CEP1 peptide (from enolase)
  • Human ACPA E4 Fab fragment - Heavy chain
  • Human ACPA E4 Fab fragment - Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-citrullinated protein antibody Fab fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Manipulation of host energy metabolism / positive regulation of muscle contraction / positive regulation of plasminogen activation / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / Gluconeogenesis / nuclear outer membrane / M band ...negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Manipulation of host energy metabolism / positive regulation of muscle contraction / positive regulation of plasminogen activation / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / Gluconeogenesis / nuclear outer membrane / M band / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of ATP biosynthetic process / transcription corepressor binding / gluconeogenesis / glycolytic process / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to virus / negative regulation of cell growth / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription corepressor activity / GTPase binding / cell cortex / cadherin binding / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dobritzsch, D. / Ge, C. / Holmdahl, R.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW2010.0148 スウェーデン
Swedish Research Council2015-02662 スウェーデン
引用ジャーナル: Arthritis Rheumatol / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Cross-Reactivity of Anti-Citrullinated Protein Antibodies.
著者: Ge, C. / Xu, B. / Liang, B. / Lonnblom, E. / Lundstrom, S.L. / Zubarev, R.A. / Ayoglu, B. / Nilsson, P. / Skogh, T. / Kastbom, A. / Malmstrom, V. / Klareskog, L. / Toes, R.E.M. / Rispens, T. ...著者: Ge, C. / Xu, B. / Liang, B. / Lonnblom, E. / Lundstrom, S.L. / Zubarev, R.A. / Ayoglu, B. / Nilsson, P. / Skogh, T. / Kastbom, A. / Malmstrom, V. / Klareskog, L. / Toes, R.E.M. / Rispens, T. / Dobritzsch, D. / Holmdahl, R.
履歴
登録2017年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02020年3月11日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Polymer sequence
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / entity_poly / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Human ACPA E4 Fab fragment - Light chain
H: Human ACPA E4 Fab fragment - Heavy chain
A: CEP1 peptide (from enolase)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4823
ポリマ－49,4823
非ポリマー00
水8,215456
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.296, 101.048, 52.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Human ACPA E4 Fab fragment - Light chain


分子量: 23622.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: B cells of a rheumatoid arthritis patient / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F (TM) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Human ACPA E4 Fab fragment - Heavy chain


分子量: 23437.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: B cells of a rheumatoid arthritis patient / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Expi293F (TM) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F (TM) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド CEP1 peptide (from enolase)


分子量: 2421.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Biotin is attached to the aminohexanoic acid at the N-terminus Glu7 and Ile8 not modeled due to poor definition in electron density
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06733*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.63 Å / Num. obs: 51683 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2575 / CC1/2: 0.498 / Rpim(I) all: 0.538 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4m1q, 3lmj

4m1q

3lmj


解像度: 1.6→45.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.382 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21809 2623 5.1 %RANDOM
Rwork0.1827 ---
obs0.18456 49002 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.425 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20.39 Å2
2---0.63 Å2-0 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→45.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3427 0 0 456 3883
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023687
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.9475085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg22.9957630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.8475.173519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.31323.358134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.5215560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2631517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1041.5221881
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1011.5211880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.892.2732363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.892.2742364
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3761.6451806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3761.6441805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2192.3982692
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.63219.0054008
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.36518.1723881
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 196 -
Rwork0.3 3641 -
obs--98.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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