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- PDB-5oce: THE MOLECULAR MECHANISM OF SUBSTRATE RECOGNITION AND CATALYSIS OF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oce
タイトルTHE MOLECULAR MECHANISM OF SUBSTRATE RECOGNITION AND CATALYSIS OF THE MEMBRANE ACYLTRANSFERASE PatA -- Complex of PatA with palmitate, mannose, and palmitoyl-6-mannose
要素Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acyltransferase / glycolipid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol dimannoside acyltransferase / glycolipid biosynthetic process / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipid biosynthetic process / acyltransferase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial lipid A biosynthesis acyltransferase / Bacterial lipid A biosynthesis acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9R2 / beta-D-mannopyranose / PALMITIC ACID / Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Albesa-Jove, D. / Tersa, M. / Guerin, M.E.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: The Molecular Mechanism of Substrate Recognition and Catalysis of the Membrane Acyltransferase PatA from Mycobacteria.
著者: Tersa, M. / Raich, L. / Albesa-Jove, D. / Trastoy, B. / Prandi, J. / Gilleron, M. / Rovira, C. / Guerin, M.E.
履歴
登録2017年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
B: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
C: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
D: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,0579
ポリマ－134,3644
非ポリマー1,6925
水2,612145
1
A: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0283
ポリマ－33,5911
非ポリマー4372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0102
ポリマ－33,5911
非ポリマー4191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0102
ポリマ－33,5911
非ポリマー4191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0102
ポリマ－33,5911
非ポリマー4191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.690, 83.860, 98.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase / PIM acyltransferase


分子量: 33591.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_2934, MSMEI_2860 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
参照: UniProt: A0QWG5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-9R2 / [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{S})-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hexadecanoate


分子量: 418.565 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The crystal of PatA was obtained by mixing 0.25ul of the protein (5 mg ml-1) in 5 mM D-(+)-mannose and 20 mM Tris-HCl buffer pH 7.5 with 0.25ul of a mother liquor containing, 100 mM Tris-HCl ...詳細: The crystal of PatA was obtained by mixing 0.25ul of the protein (5 mg ml-1) in 5 mM D-(+)-mannose and 20 mM Tris-HCl buffer pH 7.5 with 0.25ul of a mother liquor containing, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 225 mM MgCl2 and 16% (w/v) PEG 8,000.
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→28.77 Å / Num. obs: 40218 / % possible obs: 97.17 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.1125 / Net I/σ(I): 12.76
反射 シェル解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4939 / Num. unique obs: 3754 / CC1/2: 0.773 / % possible all: 90.55

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2219)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F2T

5f2t


解像度: 2.41→28.77 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 22.02
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2127 2049 5.09 %Random
Rwork0.1817 ---
obs0.1887 40218 97.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→28.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7808 0 117 145 8070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56111131
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3014822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4184-2.47880.32151420.27632597X-RAY DIFFRACTION89
2.4788-2.54580.26161400.26352738X-RAY DIFFRACTION93
2.5458-2.62060.29711440.26612719X-RAY DIFFRACTION93
2.6206-2.70510.26351410.25322721X-RAY DIFFRACTION93
2.7051-2.80170.26241440.24142734X-RAY DIFFRACTION93
2.8017-2.91380.25411390.232714X-RAY DIFFRACTION94
2.9138-3.04630.24691460.22172766X-RAY DIFFRACTION93
3.0463-3.20670.21691380.21362728X-RAY DIFFRACTION93
3.2067-3.40730.23411430.21172712X-RAY DIFFRACTION92
3.4073-3.66980.22921450.19342703X-RAY DIFFRACTION92
3.6698-4.03810.19971460.16782733X-RAY DIFFRACTION93
4.0381-4.62020.20651450.14592727X-RAY DIFFRACTION93
4.6202-5.81240.16671440.13672777X-RAY DIFFRACTION93
5.8124-280.18861480.15552824X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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