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- PDB-5ocd: structure of a CDPS from Fluoribacter dumoffii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ocd
タイトルstructure of a CDPS from Fluoribacter dumoffii
要素Cyclodipeptide synthase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Non ribosomal peptide synthesis / tRNA / CDPS
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Fluoribacter dumoffii NY 23 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Bourgeois, G.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for partition of the cyclodipeptide synthases into two subfamilies.
著者: Bourgeois, G. / Seguin, J. / Babin, M. / Belin, P. / Moutiez, M. / Mechulam, Y. / Gondry, M. / Schmitt, E.
履歴
登録2017年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclodipeptide synthase
B: Cyclodipeptide synthase
C: Cyclodipeptide synthase
D: Cyclodipeptide synthase
E: Cyclodipeptide synthase
F: Cyclodipeptide synthase
G: Cyclodipeptide synthase
H: Cyclodipeptide synthase
I: Cyclodipeptide synthase
J: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,52610
ポリマ－313,52610
非ポリマー00
水1,00956
1
A: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3531
ポリマ－31,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3531
ポリマ－31,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3531
ポリマ－31,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3531
ポリマ－31,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3531
ポリマ－31,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3531
ポリマ－31,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3531
ポリマ－31,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3531
ポリマ－31,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3531
ポリマ－31,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3531
ポリマ－31,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.031, 97.800, 211.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Cyclodipeptide synthase


分子量: 31352.633 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fluoribacter dumoffii NY 23 (バクテリア)
遺伝子: Ldum_1689 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0W0T5C6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 11% PEG3350, 0.1M Hepes pH7.5, L-proline 0.2M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.058→190.6 Å / Num. obs: 64644 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 92.98 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.65
反射 シェル解像度: 3.06→3.24 Å / 冗長度: 3.74 % / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique obs: 10162 / CC1/2: 0.954 / Rsym value: 0.401 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MLQ

5mlq


解像度: 3.06→48.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.397
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 3212 5.02 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 64016 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 94.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0712 Å20 Å24.9823 Å2
2---37.3795 Å20 Å2
3---43.4507 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.06→48.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18765 0 0 56 18821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0119261HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1226061HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6786SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes522HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2741HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19261HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.43
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2441SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact21815SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.06→3.14 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3709 241 5.15 %
Rwork0.2819 4439 -
all0.2864 4680 -
obs--99.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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