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万見
- PDB-5oca: PCSK9:Fab Complex with Dextran Sulfate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oca
タイトルPCSK9:Fab Complex with Dextran Sulfate
要素
  • (Fab from LDLR competitive antibody: ...) x 2
  • (Proprotein convertase subtilisin/kexin type ...) x 2
キーワードHYDROLASE / PROTEIN FAB COMPLEX / AUTOCATALYTIC CLEAVAGE / CHOLESTEROL METABOLISM / DISEASE MUTATION / DISULFIDE BOND / GLYCOPROTEIN / LIPID METABOLISM / PHOSPHOPROTEIN / PROTEASE / SECRETED / SERINE PROTEASE / STEROID METABOLISM / ZYMOGEN / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / : / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / PCSK9-AnxA2 complex / : / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / very-low-density lipoprotein particle binding ...low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / : / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / PCSK9-AnxA2 complex / : / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / very-low-density lipoprotein particle binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / low-density lipoprotein particle binding / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / LDL clearance / lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor internalization / : / regulation of signaling receptor activity / endolysosome membrane / sodium channel inhibitor activity / signaling receptor inhibitor activity / lysosomal transport / triglyceride metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / protein autoprocessing / positive regulation of receptor internalization / apolipoprotein binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / regulation of neuron apoptotic process / phospholipid metabolic process / neurogenesis / cholesterol metabolic process / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol homeostasis / liver development / cellular response to starvation / kidney development / Post-translational protein phosphorylation / cellular response to insulin stimulus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / early endosome / lysosome / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / RNA binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 ...Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Alpha-Beta Plaits / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heparan sulfate disaccharide / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thirup, S.S. / Vilstrup, J.P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Heparan sulfate proteoglycans present PCSK9 to the LDL receptor.
著者: Gustafsen, C. / Olsen, D. / Vilstrup, J. / Lund, S. / Reinhardt, A. / Wellner, N. / Larsen, T. / Andersen, C.B.F. / Weyer, K. / Li, J.P. / Seeberger, P.H. / Thirup, S. / Madsen, P. / Glerup, S.
履歴
登録2017年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
B: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
H: Fab from LDLR competitive antibody: Heavy chain
L: Fab from LDLR competitive antibody: Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,3417
ポリマ－119,5534
非ポリマー7893
水14,196788
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8410 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area42140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)264.721, 137.352, 69.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-332-

HOH

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要素

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Proprotein convertase subtilisin/kexin type ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin- ...Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9


分子量: 14107.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin- ...Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9


分子量: 57328.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 Fab from LDLR competitive antibody: Heavy chain


分子量: 25489.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Fab from LDLR competitive antibody: Light chain


分子量: 22626.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 , 1種, 1分子

#5: 多糖 2,3,4-tri-O-sulfo-beta-D-altropyranose-(1-6)-2,3-di-O-sulfo-alpha-L-glucopyranose / Heparan sulfate disaccharide


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: タンパク質結合 / 分子量: 742.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: Heparan sulfate disaccharide
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a1211h-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O][a1222h-1b_1-5_2*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_4*OSO/3=O/3=O]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Glcp2SO33SO3]{[(6+1)][b-D-Altp2SO33SO34SO3]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 790分子

#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 788 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M Sodium acetate, 10-15% PEG 4000, 3-6% Dextran sodium salt (Mr 5000), pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 107766 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2614: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→38.287 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1951 5374 4.99 %
Rwork0.1672 --
obs0.1686 107735 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.287 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7612 0 45 788 8445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99610769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7316301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2999-2.32610.29111800.25213412X-RAY DIFFRACTION99
2.3261-2.35340.28961720.24573324X-RAY DIFFRACTION100
2.3534-2.38210.2931870.23913400X-RAY DIFFRACTION100
2.3821-2.41230.22851920.22453461X-RAY DIFFRACTION100
2.4123-2.4440.26011590.21283391X-RAY DIFFRACTION100
2.444-2.47750.22991890.20813396X-RAY DIFFRACTION100
2.4775-2.51290.2371660.19913411X-RAY DIFFRACTION100
2.5129-2.55040.24671800.20193387X-RAY DIFFRACTION100
2.5504-2.59020.21571630.19243440X-RAY DIFFRACTION100
2.5902-2.63270.22981890.19643339X-RAY DIFFRACTION100
2.6327-2.67810.2261800.18673454X-RAY DIFFRACTION100
2.6781-2.72670.2311860.18633396X-RAY DIFFRACTION100
2.7267-2.77920.22721530.1893417X-RAY DIFFRACTION100
2.7792-2.83590.23371680.18893427X-RAY DIFFRACTION100
2.8359-2.89750.19731790.18633431X-RAY DIFFRACTION100
2.8975-2.96490.20461580.1833412X-RAY DIFFRACTION100
2.9649-3.0390.20751830.17833433X-RAY DIFFRACTION100
3.039-3.12120.2161810.17363365X-RAY DIFFRACTION100
3.1212-3.21290.20031860.17143440X-RAY DIFFRACTION100
3.2129-3.31660.20362080.17093383X-RAY DIFFRACTION100
3.3166-3.43510.18881930.16693370X-RAY DIFFRACTION100
3.4351-3.57250.17751920.15883401X-RAY DIFFRACTION100
3.5725-3.7350.2161830.15873408X-RAY DIFFRACTION100
3.735-3.93170.17651830.15433436X-RAY DIFFRACTION100
3.9317-4.17770.16521710.14013419X-RAY DIFFRACTION100
4.1777-4.49990.16271760.12773403X-RAY DIFFRACTION100
4.4999-4.95180.14652000.12093440X-RAY DIFFRACTION100
4.9518-5.66640.15661680.14283420X-RAY DIFFRACTION99
5.6664-7.13150.1911790.17063438X-RAY DIFFRACTION100
7.1315-38.2920.18141700.17283507X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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