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- PDB-5oc7: Crystal structure of the pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oc7
タイトルCrystal structure of the pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl in complex with monobody Mb(Bcr-PH_4).
要素
  • Breakpoint cluster region protein,pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl
  • monobody Mb(Bcr-PH_4)
キーワードSIGNALING PROTEIN / pleckstrin-homology / monobody / Bcr-Abl / phosphoinositide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of respiratory burst / : / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of macrophage migration / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of neutrophil degranulation / macrophage migration / neutrophil degranulation / intracellular protein transmembrane transport / renal system process ...negative regulation of respiratory burst / : / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of macrophage migration / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of neutrophil degranulation / macrophage migration / neutrophil degranulation / intracellular protein transmembrane transport / renal system process / regulation of vascular permeability / regulation of Rho protein signal transduction / focal adhesion assembly / definitive hemopoiesis / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / inner ear morphogenesis / RHOB GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / neuromuscular process controlling balance / homeostasis of number of cells / RHOA GTPase cycle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / Signaling by FGFR1 in disease / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / brain development / negative regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / cellular response to lipopolysaccharide / protein tyrosine kinase activity / dendritic spine / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / axon / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PH domain / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain superfamily / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain / Abr/Bcr / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. ...PH domain / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain superfamily / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain / Abr/Bcr / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE / Breakpoint cluster region protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.652 Å
データ登録者Reckel, S. / Reynaud, A. / Pojer, F. / Hantschel, O.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_140913 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural and functional dissection of the DH and PH domains of oncogenic Bcr-Abl tyrosine kinase.
著者: Sina Reckel / Charlotte Gehin / Delphine Tardivon / Sandrine Georgeon / Tim Kükenshöner / Frank Löhr / Akiko Koide / Lena Buchner / Alejandro Panjkovich / Aline Reynaud / Sara Pinho / ...著者: Sina Reckel / Charlotte Gehin / Delphine Tardivon / Sandrine Georgeon / Tim Kükenshöner / Frank Löhr / Akiko Koide / Lena Buchner / Alejandro Panjkovich / Aline Reynaud / Sara Pinho / Barbara Gerig / Dmitri Svergun / Florence Pojer / Peter Güntert / Volker Dötsch / Shohei Koide / Anne-Claude Gavin / Oliver Hantschel /
要旨: The two isoforms of the Bcr-Abl tyrosine kinase, p210 and p190, are associated with different leukemias and have a dramatically different signaling network, despite similar kinase activity. To ...The two isoforms of the Bcr-Abl tyrosine kinase, p210 and p190, are associated with different leukemias and have a dramatically different signaling network, despite similar kinase activity. To provide a molecular rationale for these observations, we study the Dbl-homology (DH) and Pleckstrin-homology (PH) domains of Bcr-Abl p210, which constitute the only structural differences to p190. Here we report high-resolution structures of the DH and PH domains and characterize conformations of the DH-PH unit in solution. Our structural and functional analyses show no evidence that the DH domain acts as a guanine nucleotide exchange factor, whereas the PH domain binds to various phosphatidylinositol-phosphates. PH-domain mutants alter subcellular localization and result in decreased interactions with p210-selective interaction partners. Hence, the PH domain, but not the DH domain, plays an important role in the formation of the differential p210 and p190 Bcr-Abl signaling networks.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Breakpoint cluster region protein,pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl
A: Breakpoint cluster region protein,pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl
C: monobody Mb(Bcr-PH_4)
B: monobody Mb(Bcr-PH_4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,53612
ポリマ－50,5524
非ポリマー9858
水4,558253
1
A: Breakpoint cluster region protein,pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl
C: monobody Mb(Bcr-PH_4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6446
ポリマ－25,2762
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: Breakpoint cluster region protein,pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0753
ポリマ－15,6431
非ポリマー4322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
4
B: monobody Mb(Bcr-PH_4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8173
ポリマ－9,6331
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.683, 62.606, 67.378
Angle α, β, γ (deg.)62.74, 84.77, 89.29
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Breakpoint cluster region protein,pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl / Renal carcinoma antigen NY-REN-26


分子量: 15643.062 Da / 分子数: 2 / 変異: delta 770-829,delta 770-829 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCR, BCR1, D22S11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P11274, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 monobody Mb(Bcr-PH_4)


分子量: 9632.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IP2 / D-MYO-INOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE / D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% (w/v) PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.652→33.68 Å / Num. obs: 49951 / % possible obs: 97.13 % / 冗長度: 4.899 % / Rmerge(I) obs: 0.03096 / Rpim(I) all: 0.01554 / Rrim(I) all: 0.03473 / Net I/σ(I): 23.01
反射 シェル解像度: 1.652→1.711 Å / Rmerge(I) obs: 0.6334 / Num. unique obs: 4899 / Rpim(I) all: 0.3281 / Rrim(I) all: 0.7159 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DFK

2dfk


解像度: 1.652→33.68 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 2001 4 %
Rwork0.1742 --
obs0.1754 49948 95.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.652→33.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3212 0 62 253 3527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0764646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9472036
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6516-1.67170.28241420.27243218X-RAY DIFFRACTION94
1.6717-1.69290.29191430.27913388X-RAY DIFFRACTION95
1.6929-1.71520.3191360.26953295X-RAY DIFFRACTION94
1.7152-1.73870.26981240.2553467X-RAY DIFFRACTION94
1.7387-1.76350.25581470.24723234X-RAY DIFFRACTION95
1.7635-1.78980.28151390.23993375X-RAY DIFFRACTION96
1.7898-1.81780.24381400.22413333X-RAY DIFFRACTION95
1.8178-1.84760.29121340.22613380X-RAY DIFFRACTION94
1.8476-1.87950.25821360.22723360X-RAY DIFFRACTION95
1.8795-1.91360.25181410.22023285X-RAY DIFFRACTION95
1.9136-1.95040.2391310.21083443X-RAY DIFFRACTION95
1.9504-1.99020.20271400.20663347X-RAY DIFFRACTION95
1.9902-2.03350.2481470.19263353X-RAY DIFFRACTION96
2.0335-2.08080.24151340.19893380X-RAY DIFFRACTION95
2.0808-2.13280.23651440.1873372X-RAY DIFFRACTION95
2.1328-2.19050.23121360.1933386X-RAY DIFFRACTION96
2.1905-2.25490.2191530.18493388X-RAY DIFFRACTION95
2.2549-2.32770.19221300.17683399X-RAY DIFFRACTION96
2.3277-2.41090.21091440.17713380X-RAY DIFFRACTION96
2.4109-2.50740.22221480.17913374X-RAY DIFFRACTION96
2.5074-2.62140.25381340.17233389X-RAY DIFFRACTION96
2.6214-2.75960.20591470.17373384X-RAY DIFFRACTION95
2.7596-2.93240.19741440.17163425X-RAY DIFFRACTION97
2.9324-3.15860.21131310.16313371X-RAY DIFFRACTION97
3.1586-3.47620.21251490.1623390X-RAY DIFFRACTION96
3.4762-3.97860.18271470.14953405X-RAY DIFFRACTION97
3.9786-5.00990.13821440.13013417X-RAY DIFFRACTION97
5.0099-33.69080.20761460.18813498X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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