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万見
- PDB-5obz: low resolution structure of the p34ct/p44ct minimal complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5obz
タイトルlow resolution structure of the p34ct/p44ct minimal complex
要素(Putative transcription factor) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / nucleotide-excision repair / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / von Willebrand factor, type A domain / C1-like domain superfamily ...TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / von Willebrand factor, type A domain / C1-like domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 / General transcription and DNA repair factor IIH
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Schoenwetter, E. / Koelmel, W. / Schmitt, D.R. / Kuper, J. / Kisker, C.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Excellence Initiative to the Graduate School of Life SCiences, University of Wuerzburg ドイツ
German Research FoundationKI-562/7-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The intricate network between the p34 and p44 subunits is central to the activity of the transcription/DNA repair factor TFIIH.
著者: Radu, L. / Schoenwetter, E. / Braun, C. / Marcoux, J. / Koelmel, W. / Schmitt, D.R. / Kuper, J. / Cianferani, S. / Egly, J.M. / Poterszman, A. / Kisker, C.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcription factor
B: Putative transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9544
ポリマ－49,8232
非ポリマー1312
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.212, 138.212, 95.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Putative transcription factor


分子量: 31972.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0004460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G0RXV8
#2: タンパク質 Putative transcription factor


分子量: 17850.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0002690 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G0RZE6
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.38 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 20,000 100 mM MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→45.2 Å / Num. obs: 6120 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 9.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NUS

5nus


解像度: 3.7→45.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 39.081 / SU ML: 0.506 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.553 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24623 278 4.6 %RANDOM
Rwork0.19616 ---
obs0.19843 5828 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 152.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5 Å21.25 Å20 Å2
2--2.5 Å2-0 Å2
3----8.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.7→45.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2079 0 2 1 2082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192133
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9552901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1073.0034619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6125269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13323.25383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.33915331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.081513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.35215.3591091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.33815.3581090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it16.15722.9941355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other16.15622.9971356
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.75515.9321042
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.75115.9351043
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.26823.6771547
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined20.9264767
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other20.9254768
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 16 -
Rwork0.367 421 -
obs--99.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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