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万見
- PDB-5oby: Mycoplasma genitalium DnaK-NBD in complex with AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oby
タイトルMycoplasma genitalium DnaK-NBD in complex with AMP-PNP
要素Chaperone protein DnaK
キーワードCHAPERONE / Complex / co-factor / ATP hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperone cofactor-dependent protein refolding / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chaperone DnaK / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chaperone protein DnaK
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Adell, M. / Calisto, B. / Fita, I. / Martinelli, L.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
MINECOBFU2009-09268 スペイン
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: The nucleotide-bound/substrate-bound conformation of the Mycoplasma genitalium DnaK chaperone.
著者: Adell, M. / Calisto, B.M. / Fita, I. / Martinelli, L.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / カテゴリ: database_PDB_remark / reflns / reflns_shell
Item: _database_PDB_remark.text / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8299
ポリマ－40,7341
非ポリマー1,0958
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.065, 157.065, 56.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70


分子量: 40733.703 Da / 分子数: 1 / 変異: Polypeptide lacks last 213 residues. / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Contains a C-terminal hexa-histidine tag.
由来: (組換発現) Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)
遺伝子: dnaK, hsp70, MG305 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47547

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非ポリマー , 5種, 323分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, ammonium sulfate, potassium thiocyanate / PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9495 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月3日
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9495 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→78.73 Å / Num. obs: 127585 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Rpim(I) all: 0.3 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 18174 / Rpim(I) all: 0.36 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OBW

5obw


解像度: 1.3→78.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.596 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.035
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1614 6297 4.9 %RANDOM
Rwork0.141 ---
obs0.142 121266 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.95 Å2 / Biso mean: 24.423 Å2 / Biso min: 12.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20.24 Å2-0 Å2
2--0.48 Å2-0 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→78.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2765 0 65 315 3145
Biso mean--30.4 35.01 -
残基数----365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0192930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1322.013976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.32636660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9315382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.86225.345116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.89415546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.381519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02514
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.81135789
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.9345197
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded21.54655871
LS精密化 シェル解像度: 1.301→1.335 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 438 -
Rwork0.267 8459 -
all-8897 -
obs--93.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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