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- PDB-5oar: Crystal structure of native beta-N-acetylhexosaminidase isolated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oar
タイトルCrystal structure of native beta-N-acetylhexosaminidase isolated from Aspergillus oryzae
要素(Beta-hexosaminidase) x 2
キーワードHYDROLASE / Glycosylation / Propeptide / Carbohydrate Biotechnology
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / : / polysaccharide catabolic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, eukaryotic type, N-terminal / beta-acetyl hexosaminidase like / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Chem-NGT / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Skerlova, J. / Rezacova, P. / Brynda, J. / Pachl, P. / Otwinowski, Z. / Vanek, O.
資金援助 チェコ, 9件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republicprogram NPU I, project LO1304 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republicprojects LG14009 and LM2015043 CIISB for CMS BIOCEV チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLTC17065 チェコ
Czech Academy of SciencesRVO 68378050 チェコ
Czech Academy of SciencesRVO 61388963 チェコ
BIOCEVERDF CZ.1.05/1.1.00/02.0109 and CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776 チェコ
Charles University in PragueUNCE 204025/2012 チェコ
Charles University in PragueSVV 260079/2014 チェコ
Grant Agency of the Czech RepublicGA15-05677S チェコ
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of native beta-N-acetylhexosaminidase isolated from Aspergillus oryzae sheds light onto its substrate specificity, high stability, and regulation by propeptide.
著者: Skerlova, J. / Blaha, J. / Pachl, P. / Hofbauerova, K. / Kukacka, Z. / Man, P. / Pompach, P. / Novak, P. / Otwinowski, Z. / Brynda, J. / Vanek, O. / Rezacova, P.
履歴
登録2017年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase
B: Beta-hexosaminidase
C: Beta-hexosaminidase
D: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,21229
ポリマ－130,2184
非ポリマー5,99425
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Homologs adopt similar dimer assembly, cross-linking, Chemical crosslinking combined with mass spectrometry was used to corroborate the crystal structure, gel filtration, Size- ...根拠: homology, Homologs adopt similar dimer assembly, cross-linking, Chemical crosslinking combined with mass spectrometry was used to corroborate the crystal structure, gel filtration, Size-exclusion chromatography confirmed the dimeric assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27990 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area39340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.752, 105.752, 285.807
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase


分子量: 8149.980 Da / 分子数: 2 / 断片: Propeptide UNP residues 19-96 / 由来タイプ: 天然
詳細: glycosylated, proteolytically activated enzyme isolated from natural source; consists of a dimer of two catalytic cores and two associated propeptides. Chain A is a propeptide released during ...詳細: glycosylated, proteolytically activated enzyme isolated from natural source; consists of a dimer of two catalytic cores and two associated propeptides. Chain A is a propeptide released during proteolytic activation and remains associated with chain B. Chains A and B form a monomer.
由来: (天然) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: Q8J2T0, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: タンパク質 Beta-hexosaminidase


分子量: 56958.953 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 102-600 / 由来タイプ: 天然
詳細: glycosylated, proteolytically activated enzyme isolated from natural source; consists of a dimer of two catalytic cores and two associated propeptides. Chain A is a propeptide released during ...詳細: glycosylated, proteolytically activated enzyme isolated from natural source; consists of a dimer of two catalytic cores and two associated propeptides. Chain A is a propeptide released during proteolytic activation and remains associated with chain B. Chains A and B form a monomer.
由来: (天然) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: Q8J2T0, beta-N-acetylhexosaminidase

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糖 , 4種, 11分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 191分子

#7: 化合物 ChemComp-NGT / 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL / NAG-チアゾリン


分子量: 219.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H13NO4S
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM


分子量: 2044.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br12Ta6
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1 M ammonium sulfate, 20% PEG 3350 and 100 mM HEPES pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.25 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→23.37 Å / Num. obs: 59259 / % possible obs: 81.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.011 % / Biso Wilson estimate: 57.452 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 19.6 / Num. measured all: 356227
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.442.6410.5651.9356710.7850.66149.4
2.44-2.613.5640.3613.8874270.9410.40968.5
2.61-2.815.0070.2067.7284090.9830.22783.1
2.81-3.087.2770.12115.4988980.9950.1394.9
3.08-3.437.5590.07523.8181310.9970.0895.1
3.43-3.956.5010.06529.0370820.9950.07193.5
3.95-4.817.4520.04337.1760730.9980.04693.2
4.81-6.687.4430.04238.3347310.9980.04591.7
6.68-23.377.0360.0439.828370.9980.04386

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→23.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 14.541 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.429 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2412 2732 5.1 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
obs0.1913 50708 72.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.24 Å2 / Biso mean: 55.372 Å2 / Biso min: 10.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→23.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9115 0 258 179 9552
Biso mean--77.83 38.58 -
残基数----1140
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0199676
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.028586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.96213401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7973.00119687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45351136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.46424.7483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.109151398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.71546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022278
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.461 101 -
Rwork0.347 1639 -
all-1740 -
obs--32.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43180.2015-0.52110.3062-0.27430.6902-0.09940.3203-0.03650.182-0.0150.18430.1207-0.33890.11440.2954-0.24660.28360.388-0.14150.3683-7.30229.256150.64
20.30240.1241-0.39550.4355-0.06041.00110.15540.07320.1370.1914-0.12490.0708-0.0810.0293-0.03050.1886-0.0180.06630.17430.08950.173620.39552.273157.44
30.41770.2895-0.53211.3176-0.1630.7279-0.26570.0087-0.13740.42040.03750.02250.4786-0.01460.22820.6001-0.0530.24480.0568-0.04770.17869.48713.921167.116
41.0311-0.2024-0.58330.3411-0.29790.90980.18760.30150.0292-0.0493-0.1418-0.0156-0.0751-0.0967-0.04580.08470.06310.00070.30560.13260.15221.90149.536129.818
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D105 - 599
2X-RAY DIFFRACTION2B103 - 599
3X-RAY DIFFRACTION3C19 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4A19 - 88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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