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- PDB-5oao: Solution structure of the complexed RCD1-RST -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oao
タイトルSolution structure of the complexed RCD1-RST
要素RST domain from the Radical-Induced Cell Death1
キーワードPROTEIN BINDING / alpha-alpha hairpin / hub / L-glove / transcription factor binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral root morphogenesis / response to ethylene / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / response to ozone / embryo development ending in seed dormancy / response to water deprivation / programmed cell death / response to superoxide / response to osmotic stress ...lateral root morphogenesis / response to ethylene / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / response to ozone / embryo development ending in seed dormancy / response to water deprivation / programmed cell death / response to superoxide / response to osmotic stress / regulation of reactive oxygen species metabolic process / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / response to salt stress / nitric oxide biosynthetic process / nuclear matrix / defense response to bacterium / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WWE domain / Inactive poly [ADP-ribose] polymerase RCD1/SRO1-5 / RST domain / RCD1-SRO-TAF4 (RST) plant domain / RST domain profile. / WWE domain / WWE domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Inactive poly [ADP-ribose] polymerase RCD1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bugge, K. / Staby, L. / Skriver, K. / Kragelund, B.B.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Danish Research Councils4181-00344 デンマーク
Novo Nordisk Foundation デンマーク
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structure of Radical-Induced Cell Death1 Hub Domain Reveals a Common alpha alpha-Scaffold for Disorder in Transcriptional Networks.
著者: Bugge, K. / Staby, L. / Kemplen, K.R. / O'Shea, C. / Bendsen, S.K. / Jensen, M.K. / Olsen, J.G. / Skriver, K. / Kragelund, B.B.
履歴
登録2017年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RST domain from the Radical-Induced Cell Death1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4561
ポリマ－8,4561
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Kd = 120 nM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6460 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RST domain from the Radical-Induced Cell Death1 / Protein RADICAL-INDUCED CELL DEATH 1


分子量: 8455.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Complexed with the peptide DREB2A
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: RCD1, ATP8, CEO1, At1g32230, F3C3.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RY59

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
1133isotropic22D 1H-15N HSQC
1142isotropic32D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CO)CA
181isotropic13D HNCO
173isotropic23D HNHA
161isotropic13D 1H-15N TOCSY
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
193isotropic23D 1H-15N NOESY
1123isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1113isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1163isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1151isotropic13D 1H-15N NOESY
1174isotropic12D 1H-15N IPAP-HSQC
1204anisotropic12D 1H-15N IPAP-HSQC
1193isotropic42D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution1200 uM [U-13C; U-15N] RCD1-RST, 200 uM DREB2A, 0.2 mg/mL sodium azide, 0.7 mM DSS, 90% H2O/10% D2O13C15NRST_ulD2A_190% H2O/10% D2O
solution2150 uM [U-15N] RCD1-RST, 150 uM DREB2A, 0.2 mg/mL sodium azide, 0.7 mM DSS, 90% H2O/10% D2O15NRST_ulD2a_190% H2O/10% D2O
solution3200 uM [U-13C; U-15N] RCD1-RST, 200 uM [U-13C; U-15N] DREB2A, 0.2 mg/mL sodium azide, 0.7 mM DSS, 90% H2O/10% D2O2x13C15N90% H2O/10% D2O
solution4300 uM [U-15N] RCD1-RST, 900 uM DREB2A, 50 mg/mL C12E5, 0.2 mg/mL sodium azide, 0.7 mM DSS, 90% H2O/10% D2ORDC90% H2O/10% D2OAnisotropic conditions created by addition of 5% (w/v) pentaethylene monododecyl ether (C12E5)
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMRCD1-RST[U-13C; U-15N]1
200 uMDREB2Anatural abundance1
0.2 mg/mLsodium azidenatural abundance1
0.7 mMDSSnatural abundance1
150 uMRCD1-RST[U-15N]2
150 uMDREB2Anatural abundance2
0.2 mg/mLsodium azidenatural abundance2
0.7 mMDSSnatural abundance2
200 uMRCD1-RST[U-13C; U-15N]3
200 uMDREB2A[U-13C; U-15N]3
0.2 mg/mLsodium azidenatural abundance3
0.7 mMDSSnatural abundance3
300 uMRCD1-RST[U-15N]4
900 uMDREB2Anatural abundance4
50 mg/mLC12E5natural abundance4
0.2 mg/mLsodium azidenatural abundance4
0.7 mMDSSnatural abundance4
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl mM / Label: Cond1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Varian INOVAVarianINOVA8001Room temperature probe
Varian INOVAVarianINOVA7502Room temperature probe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7503Cryo probe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6004Cryo probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski and MacArthurgeometry optimization
VNMRVariancollection
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8 / 詳細: EEFx
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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