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- PDB-2go8: Crystal structure of YQJZ_BACSU FROM Bacillus subtilis. Northeast... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2go8
タイトルCrystal structure of YQJZ_BACSU FROM Bacillus subtilis. Northeast structural genomics TARGET SR435
要素Hypothetical protein yqjZ
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / SR435 / protein structure / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein YqjZ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Benach, J. / Su, M. / Jayaraman, S. / Fang, Y. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Cunningham, K. / Wang, D. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Benach, J. / Su, M. / Jayaraman, S. / Fang, Y. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Cunningham, K. / Wang, D. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of YQJZ_BACSU from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics TARGET SR435
著者: Benach, J. / Su, M. / Jayaraman, S. / Fang, Y. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Cunningham, K. / Wang, D. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2006年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yqjZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3241
ポリマ－14,3241
非ポリマー00
水2,450136
1
A: Hypothetical protein yqjZ

A: Hypothetical protein yqjZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6482
ポリマ－28,6482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area3530 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.076, 59.650, 73.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The second part of the biological assembly is generated by: -x, y, -z+1/2 and the translation (1 0 0)

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yqjZ


分子量: 14324.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yqjZ / プラスミド: pet21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: P54563
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG400, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9791, 0.9794, 0.9678
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97941
30.96781
Reflection

D res high: 2.1 Å / D res low: 20 Å

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2Num. obs% possible obs
8.1118.51067590.1051.041310096.9
8.22191046180.1031.021280396.9
8.1317.41062840.1091.061320097
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.152091199.710.0661.0288.4
4.15.1589699.810.0750.9648.7
3.594.186394.510.0860.9576.2
3.263.5989210010.0930.8958.7
3.033.2691610010.11.0729
2.853.0387410010.110.9778.9
2.712.8590310010.1371.18.9
2.592.7192110010.1660.8868.8
2.492.5988810010.1871.0578.9
2.42.4989910010.2071.0938.9
2.332.490910010.2471.0688.8
2.262.337298110.3081.1785.6
2.22.267327910.2991.2874.7
2.152.286410010.3121.138.4
2.12.1590310010.3531.1458.1
5.152088899.720.0661.0378.5
4.15.1588199.920.0730.9478.7
3.594.183794.920.0850.9416.6
3.263.5988999.420.0920.8588.3
3.033.2687110020.0981.0578.9
2.853.0386710020.1060.9058.9
2.712.8589410020.1321.0678.9
2.592.7187410020.1590.868.8
2.492.5989110020.1751.0079
2.42.4989810020.21.0828.9
2.332.486510020.231.0688.8
2.262.3377288.420.3231.1127.2
2.22.2661570.320.2841.1752.9
2.152.289499.920.3341.1938.1
2.12.1586710020.3181.1398.4
5.152092099.830.071.1718.3
4.15.1590110030.0750.9938.7
3.594.186894.330.0890.9986.2
3.263.5990210030.0930.8728.7
3.033.2689910030.1021.0898.8
2.853.0390910030.1110.9738.8
2.712.8589610030.1431.1348.8
2.592.7192710030.1730.9168.7
2.492.5990610030.1951.0558.7
2.42.4989010030.2151.1028.6
2.332.490810030.2631.0558.6
2.262.3373981.230.3371.2415.3
2.22.2674279.630.3511.2215.2
2.152.286210030.3391.148.3
2.12.1593110030.3961.1937.9
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 13100 / Num. obs: 13100 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Num. unique obs: 903 / Χ2: 1.145 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97915.09-8.01
13 wavelength20.97941.92-7.2
13 wavelength30.96783.29-4.94
Phasing dmFOM : 0.7 / FOM acentric: 0.68 / FOM centric: 0.79 / 反射: 3754 / Reflection acentric: 3137 / Reflection centric: 617
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.4-19.9271.391.091.8917811167
4.6-7.40.880.90.82530406124
3.7-4.60.850.860.84630518112
3.3-3.70.780.770.8662153289
2.8-3.30.580.590.481116972144
2.6-2.80.370.390.2567959881

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ADSCデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / FOM work R set: 0.834 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 874 8.7 %random
Rwork0.23 ---
all-8962 --
obs-8962 89.6 %-
溶媒の処理Bsol: 64.176 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 42.641 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.484 Å20 Å20 Å2
2--12.426 Å20 Å2
3---11.058 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数717 0 0 136 853
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.3-2.350.305510.272445496
2.35-2.40.251310.234430461
2.4-2.450.225590.215465524
2.45-2.510.245470.216484531
2.51-2.580.287500.229479529
2.58-2.660.299580.274493551
2.66-2.740.28500.247500550
2.74-2.840.278470.252520567
2.84-2.960.284520.237498550
2.96-3.090.367620.25519581
3.09-3.250.232770.189483560
3.25-3.450.208470.219524571
3.45-3.720.245350.224320355
3.72-4.090.315500.201403453
4.09-4.680.169490.183530579
4.68-5.870.251590.229516575
5.87-200.273500.313479529
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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