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- PDB-5oa4: Fe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase AsqJ_V72I mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oa4
タイトルFe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase AsqJ_V72I mutant in complex with 4-methoxycyclopeptin (1)
要素Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
キーワードOXIDOREDUCTASE / Antibiotics / Quinolone Biosynthesis / Molecular Engineering / Desaturase / Catalytic Mechanism / Mutagenesis / pi-stacking
機能・相同性
機能・相同性情報


(-)-cyclopenine synthase / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-58D / NICKEL (II) ION / Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Groll, M. / Braeuer, A. / Kaila, V.R.I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1035 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Catalytic mechanism and molecular engineering of quinolone biosynthesis in dioxygenase AsqJ.
著者: Mader, S.L. / Brauer, A. / Groll, M. / Kaila, V.R.I.
履歴
登録2017年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5205
ポリマ－33,9931
非ポリマー5274
水6,035335
1
A: Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
ヘテロ分子

A: Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,03910
ポリマ－67,9862
非ポリマー1,0538
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area7100 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area21580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.780, 120.910, 66.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-641-

HOH

21A-831-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ / 4'-methoxyviridicatin/aspoquinolone biosynthesis cluster protein asqJ / Aspoquinolone biosynthesis protein J


分子量: 33992.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: asqJ, AN9227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5AR53, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

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非ポリマー , 5種, 339分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-58D / (3S)-3-(4-methoxybenzyl)-4-methyl-3,4-dihydro-1H-1,4-benzodiazepine-2,5-dione / (3S)-3α-(4-メトキシベンジル)-4-メチル-2,3,4,5-テトラヒドロ-1H-1,4-ベンゾジアゼピン-2(以下略)


分子量: 310.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N2O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM TRIS/HCl, 1 M LiBr, 27% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 42587 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.539 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DAP

5dap


解像度: 1.55→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 3.338 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16804 2127 5 %RANDOM
Rwork0.13924 ---
obs0.14114 40403 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.508 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.21 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2228 0 33 335 2596
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0192321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.9873171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9333.0025146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.965291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.96123.73691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.28215390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0511516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1382.3461156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1362.3431154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4773.5151443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4783.5191444
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3242.6531165
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3192.6531165
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4643.8551727
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.86629.8172644
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.51329.0112573
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.38434539
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.9735199
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.55754625
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 156 -
Rwork0.269 2960 -
obs--99.46 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.7619 Å / Origin y: -18.3241 Å / Origin z: -12.9339 Å
111213212223313233
T0.0006 Å20.0008 Å20.0001 Å2-0.0068 Å20.001 Å2--0.0049 Å2
L0.076 °20.0042 °20.0222 °2-0.0289 °20.0015 °2--0.0065 °2
S-0.0054 Å °-0.003 Å °0.007 Å °-0.0014 Å °0.0035 Å °-0.0094 Å °-0.0017 Å °-0.0015 Å °0.0019 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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