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- PDB-5o9k: Crystal structure of Murine Histmaine-Releasing Factor (HRF/TCTP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o9k
タイトルCrystal structure of Murine Histmaine-Releasing Factor (HRF/TCTP)
要素Translationally-controlled tumor protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin E / Allergy / Histamine Releasing Factor / TCTP / HRF / P23 / P21 / Fortilin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ectoderm development / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / stem cell population maintenance / cytoplasmic microtubule / transcription factor binding / multivesicular body / spindle pole / spermatogenesis / calcium ion binding / extracellular space ...negative regulation of ectoderm development / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / stem cell population maintenance / cytoplasmic microtubule / transcription factor binding / multivesicular body / spindle pole / spermatogenesis / calcium ion binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain signature 1. / Translationally controlled tumour protein, conserved site / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain signature 2. / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumour protein (TCTP) domain / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain profile. / Mss4/translationally controlled tumour-associated TCTP / Mss4-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Translationally-controlled tumor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.014 Å
データ登録者Dore, K.A. / Kashiwakura, J. / McDonnell, J.M. / Gould, H.J. / Kawakami, T. / Sutton, B.J. / Davies, A.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100090 英国
引用ジャーナル: Mol. Immunol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of murine and human Histamine-Releasing Factor (HRF/TCTP) and a model for HRF dimerisation in mast cell activation.
著者: Dore, K.A. / Kashiwakura, J.I. / McDonnell, J.M. / Gould, H.J. / Kawakami, T. / Sutton, B.J. / Davies, A.M.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translationally-controlled tumor protein
B: Translationally-controlled tumor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2053
ポリマ－41,1132
非ポリマー921
水00
1
A: Translationally-controlled tumor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5561
ポリマ－20,5561
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Translationally-controlled tumor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6482
ポリマ－20,5561
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.530, 99.850, 57.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Translationally-controlled tumor protein / TCTP / 21 kDa polypeptide / p21 / p23


分子量: 20556.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Murine histamine-releasing factor with C-terminal His-tag
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tpt1, Trt
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P63028
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.4, 23% (w/v) PEG 2000 MME and 0.01M nickel chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 A
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.01→57.06 Å / Num. obs: 3606 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.271 / Rpim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 4.01→4.63 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 1.892 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1200 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.554 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YZ1

1yz1


解像度: 4.014→57.059 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3416 156 4.99 %
Rwork0.2996 --
obs0.3017 3125 85.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.014→57.059 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2159 0 6 0 2165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0012206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3612987
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7321298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002386
LS精密化 シェル解像度: 4.0142→57.0647 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3416 156 -
Rwork0.2996 2969 -
obs--86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6211-0.0673-0.44620.39-0.0660.40320.5084-0.30390.37440.3852-0.1195-0.4788-0.00060.19190.89571.41370.7475-0.0279-0.29350.29710.633217.1172106.322787.6918
20.1951-0.35680.12940.6696-0.31870.5521-0.89930.2319-0.6641.1195-0.0179-0.2945-1.4115-0.9858-0.09761.73070.43530.02261.39750.31491.327618.834298.6418101.3533
30.148-0.05960.02480.05240.05070.1621-0.28640.61240.60330.2728-0.1502-0.0894-0.0663-0.1681-0.00381.8659-0.1686-0.36210.7380.07961.351422.217107.133192.0683
40.92520.24020.42540.82120.44640.9920.29250.1753-0.0866-0.4230.3073-0.6881-0.3802-0.51431.60520.00730.8623-0.1341.10240.41080.49825.2463116.6926129.6827
50.33040.06540.130.07530.05620.04910.62820.05230.0434-0.5265-0.3882-0.24840.0427-0.04480.12042.03921.3384-0.07172.67680.36681.090717.4821109.3568124.6769
60.0537-0.0150.04110.0699-0.12050.14230.7150.7499-0.0763-0.6351-0.6956-0.46490.07070.32850.00030.9487-0.07490.05782.21120.29531.1511-2.2052122.0463116.1021
70.1572-0.0936-0.03410.04250.00620.1084-0.2461-0.1875-0.5777-0.4395-0.10410.12670.52690.9699-01.11850.2372-0.03081.89460.2241.365910.2863116.4543120.7711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 78 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 79 through 146 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 170 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 32 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 84 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 85 through 127 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 128 through 170 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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