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- PDB-5o9h: Crystal structure of thermostabilised human C5a anaphylatoxin che... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o9h
タイトルCrystal structure of thermostabilised human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 (C5aR) in complex with NDT9513727
要素C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / 7TM / SIGNALLING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C5a signaling pathway / presynapse organization / regulation of tau-protein kinase activity / complement component C5a receptor activity / response to peptidoglycan / sensory perception of chemical stimulus / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of macrophage chemotaxis / amyloid-beta clearance ...complement component C5a signaling pathway / presynapse organization / regulation of tau-protein kinase activity / complement component C5a receptor activity / response to peptidoglycan / sensory perception of chemical stimulus / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of macrophage chemotaxis / amyloid-beta clearance / : / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cellular defense response / Peptide ligand-binding receptors / 好中球 / secretory granule membrane / Regulation of Complement cascade / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / astrocyte activation / microglial cell activation / mRNA transcription by RNA polymerase II / 認識 / positive regulation of angiogenesis / 走化性 / apical part of cell / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / 炎症 / 免疫応答 / Neutrophil degranulation / シグナル伝達 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / Formyl peptide receptor-related / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9P2 / クエン酸 / オレイン酸 / L(+)-TARTARIC ACID / C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Robertson, N. / Rappas, M. / Dore, A.S. / Brown, J. / Bottegoni, G. / Koglin, M. / Cansfield, J. / Jazayeri, A. / Cooke, R.M. / Marshall, F.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of the complement C5a receptor bound to the extra-helical antagonist NDT9513727.
著者: Robertson, N. / Rappas, M. / Dore, A.S. / Brown, J. / Bottegoni, G. / Koglin, M. / Cansfield, J. / Jazayeri, A. / Cooke, R.M. / Marshall, F.H.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_related_exp_data_set / Item: _entity_src_gen.host_org_common_name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
B: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,31340
ポリマ－71,4852
非ポリマー10,82838
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, CONCENTRATION DEPENDENT DYNAMIC EQUILIBRIUM OF MONOMER AND DIMER
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19400 Å2
ΔGint56 kcal/mol
Surface area28810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.093, 51.096, 118.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 / C5a anaphylatoxin chemotactic receptor / C5aR


分子量: 35742.426 Da / 分子数: 2
変異: S85A, I91A, I142A, N146R, A156L, F172A, R232A, A234E, L311E, S317E, N321E
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C5AR1, C5AR, C5R1 / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P21730

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非ポリマー , 5種, 109分子

#2: 化合物 ChemComp-9P2 / 1-(1,3-benzodioxol-5-yl)-~{N}-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-~{N}-[(3-butyl-2,5-diphenyl-imidazol-4-yl)methyl]methanamine


分子量: 573.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H35N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物...
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.51 % / 解説: ELONGATED PLATES
結晶化温度: 295.65 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 100mM tri-sodium citrate pH 5.5, 200mM Na/K tartrate, 35-45% (v/v) polyethylene glycol 400
PH範囲: 5.5 - 6.0 / Temp details: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: CONSTANT
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月6日
詳細: OXFORD DANFYSIK/SESO TWO STAGE DEMAGNIFICATION USING TWO K-B PAIRS OF BIMORPH TYPE MIRRORS
放射モノクロメーター: ACCEL FIXED EXIT DOUBLE CRYSTAL SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→34.6 Å / Num. obs: 26541 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.923 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.631 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DKL

4dkl


解像度: 2.7→19.894 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.76
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 1352 5.11 %RANDOM
Rwork0.2079 ---
obs0.2095 26440 99.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.894 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4662 0 616 71 5349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0357173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3261707
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004859
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.79630.32111260.26952487X-RAY DIFFRACTION100
2.7963-2.90790.30981370.25542485X-RAY DIFFRACTION100
2.9079-3.03980.31031450.25392496X-RAY DIFFRACTION100
3.0398-3.19950.27161320.23232525X-RAY DIFFRACTION100
3.1995-3.3990.25411350.21952492X-RAY DIFFRACTION100
3.399-3.660.26951400.20992496X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.02550.20661280.18922518X-RAY DIFFRACTION99
4.0255-4.60170.21561420.1762526X-RAY DIFFRACTION99
4.6017-5.77410.22121410.19362521X-RAY DIFFRACTION99
5.7741-19.89490.18481260.1982542X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0280.00160.00320.0345-0.04180.0139-0.09870.21880.11620.00290.20730.153-0.0618-0.129300.13130.0295-0.03750.48890.0450.254675.5756-10.278822.7269
20.0457-0.0382-0.01370.0547-0.03430.0157-0.0143-0.10190.32850.1948-0.16470.3033-0.1103-0.115300.09110.1292-0.06690.20970.07780.131583.0024-4.505425.8745
30.14510.0098-0.0590.0595-0.00510.0186-0.03640.0171-0.007-0.022-0.029-0.0042-0.02070.022700.118-0.01250.00880.07880.00570.111596.0239-7.196633.3198
4-0.0029-0.0057-0.0012-0.0016-0.00240.0019-0.1178-0.0101-0.0850.0207-0.0712-0.08360.01240.045400.4250.2037-0.01490.53230.08360.330989.7821-8.17450.8123
50.08410.10350.02990.02230.08610.0215-0.0947-0.1304-0.20670.04020.26550.26770.11640.126900.0932-0.1195-0.0937-0.009-0.08740.046793.6305-21.782626.9243
60.0217-0.01850.04230.0873-0.02460.0093-0.0085-0.0939-0.0141-0.14030.0280.0404-0.0629-0.2008-00.15980.0202-0.00670.25180.03820.242879.7402-12.425238.1172
70.14520.22060.0420.2312-0.05970.0634-0.0218-0.0027-0.0636-0.0060.0271-0.01740.08430.13100.06560.01560.01920.0651-0.02630.085122.3792-8.415329.5939
80.01040.00980.015-0.00380.00450.0071-0.0039-0.0440.073-0.13-0.05430.0740.0356-0.078100.56-0.0358-0.04340.3842-0.01360.2337118.3155-8.49961.7192
9-0.00370.01580.00240.0015-0.01760.00530.0590.1209-0.0376-0.04460.0257-0.05020.04250.0492-00.1204-0.0006-0.01780.1374-0.01560.0985108.09341.765714.6525
100.11950.0804-0.08350.18230.03740.01110.0238-0.04830.1099-0.0910.0059-0.0587-0.04470.0828-00.12220.0110.02460.06530.0140.0793120.42877.365430.4197
110.04150.01240.02030.12090.04310.0066-0.00380.0284-0.1941-0.06460.2627-0.03680.0433-0.0049-00.13630.0832-0.01240.1857-0.01730.2234131.5627-4.991738.1479
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 63 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 64 through 104 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 105 through 174 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 175 through 195 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 196 through 281 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 282 through 330 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 31 through 173 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 174 through 190 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 191 through 211 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 212 through 281 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 282 through 331 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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