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- PDB-5o9f: Crystal structure of R. ruber ADH-A, mutant Y294F, W295A, Y54F, F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o9f
タイトルCrystal structure of R. ruber ADH-A, mutant Y294F, W295A, Y54F, F43S, H39Y
要素Alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase mutant variant / NADH-dependent / Zn2+-dependent / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2~{S})-2-methylpentanedioic acid / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. M8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Dobritzsch, D. / Maurer, D. / Hamnevik, E. / Enugala, T.R. / Widersten, M.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Relaxation of nonproductive binding and increased rate of coenzyme release in an alcohol dehydrogenase increases turnover with a nonpreferred alcohol enantiomer.
著者: Hamnevik, E. / Enugala, T.R. / Maurer, D. / Ntuku, S. / Oliveira, A. / Dobritzsch, D. / Widersten, M.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase
B: Alcohol dehydrogenase
C: Alcohol dehydrogenase
D: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,35119
ポリマ－143,7354
非ポリマー3,61515
水29,0401612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15200 Å2
ΔGint-254 kcal/mol
Surface area45170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.842, 105.293, 109.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA1 - 3461 - 346
21THRTHRBB1 - 3461 - 346
12VALVALAA1 - 3441 - 344
22VALVALCC1 - 3441 - 344
13THRTHRAA1 - 3461 - 346
23THRTHRDD1 - 3461 - 346
14VALVALBB1 - 3441 - 344
24VALVALCC1 - 3441 - 344
15THRTHRBB1 - 3461 - 346
25THRTHRDD1 - 3461 - 346
16VALVALCC1 - 3441 - 344
26VALVALDD1 - 3441 - 344

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase


分子量: 35933.820 Da / 分子数: 4 / 変異: Y294F, W295A, Y54F, F43S, H39Y / 由来タイプ: 組換発現
詳細: contains four mutations compared to wildtype enzyme C-terminally his-tagged
由来: (組換発現) Rhodococcus sp. M8 (バクテリア) / 遺伝子: BKE56_025765 / プラスミド: pGT7ADHA-5H / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: A0A1Q8I6M1
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-9ON / (2~{S})-2-methylpentanedioic acid / (2S)-2-メチルペンタン二酸


分子量: 146.141 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% PAA5100, 0.1 M Tris pH 8, 4 mM NAD+, 1 mM MgCl2, 7.5 mg/ml ADH-A

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→29.53 Å / Num. obs: 177639 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.64→1.66 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6166 / CC1/2: 0.66 / Rpim(I) all: 0.393 / % possible all: 68.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3jv7

3jv7


解像度: 1.64→29.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.309 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18556 8693 4.9 %RANDOM
Rwork0.16793 ---
obs0.16881 168316 97.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.418 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å2-0 Å20.35 Å2
2--0.68 Å2-0 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.64→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9859 0 214 1612 11685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01910319
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.99414122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94322409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.74551395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.64322.789355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.31151439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4461574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022055
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5941.4675542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5941.4675541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9842.1996925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9842.1996926
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8931.5994777
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8931.64778
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4212.3567188
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.35520.69711780
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.35620.69511780
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A206540.05
12B206540.05
21A204040.05
22C204040.05
31A205840.05
32D205840.05
41B203240.04
42C203240.04
51B205700.04
52D205700.04
61C203400.05
62D203400.05
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.682 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 493 -
Rwork0.3 9939 -
obs--77.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.70770.26520.13060.94080.21061.3240.0005-0.03190.10150.0571-0.0136-0.045-0.15010.0590.01310.0312-0.0146-0.00990.0104-0.00110.024290.243812.5268249.5581
20.6766-0.1543-0.05680.8330.20271.1741-0.01880.0336-0.1376-0.0473-0.0121-0.04150.14740.03130.0310.02670.00490.01430.0034-0.00470.036387.6023-28.6619241.8932
34.51241.8212-0.83724.8907-1.70431.57250.0158-0.68320.15910.76590.11840.3789-0.1008-0.1434-0.13420.44560.00790.05530.58960.02980.184256.8908-3.0517285.4926
41.3818-0.48940.84924.2533-1.43752.8204-0.1324-0.63980.05580.37940.152-0.2704-0.2943-0.1978-0.01960.29040.09360.08860.463-0.03930.224260.4563-1.7728276.292
55.1457-1.0201-0.37752.28270.26392.2216-0.1786-0.7122-0.18290.43990.12060.1905-0.2018-0.14290.0580.15840.03580.02820.14290.0090.025269.3646-1.4594270.3602
61.2090.00770.97142.2901-0.03212.7982-0.1455-0.25640.15130.36680.17990.153-0.2672-0.2402-0.03440.08980.05370.01260.093-0.00470.047660.9355-3.2834259.9474
71.69970.0933-0.14231.7309-0.05690.9268-0.0043-0.0564-0.1625-0.07530.03430.23320.1022-0.1699-0.030.0144-0.0225-0.01440.05380.01990.051358.7701-18.9842254.5083
81.35730.2819-0.45370.9671-0.93423.8590.04-0.3414-0.00970.21210.1550.2385-0.0051-0.3018-0.1950.23820.01460.1050.39490.00650.294147.2935-8.8412270.8092
91.0664-0.43270.09441.10130.2750.97820.05180.3423-0.086-0.3122-0.05840.09710.0441-0.04860.00660.1169-0.027-0.02860.1323-0.01450.030763.682-8.6577219.1958
104.70521.04690.03334.11390.09381.95040.0155-0.0320.30430.0882-0.08470.1961-0.2093-0.16790.06920.03340.03520.00530.07120.03140.073953.612712.4828235.9552
111.1468-0.00560.34161.27040.22491.0203-0.0090.20240.0945-0.20950.00170.1958-0.0657-0.08690.00730.03560.0034-0.03130.06550.02720.041761.81023.2473227.0758
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 346
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 346
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 26
4X-RAY DIFFRACTION4C27 - 80
5X-RAY DIFFRACTION5C81 - 128
6X-RAY DIFFRACTION6C129 - 175
7X-RAY DIFFRACTION7C176 - 311
8X-RAY DIFFRACTION8C312 - 346
9X-RAY DIFFRACTION9D1 - 197
10X-RAY DIFFRACTION10D198 - 238
11X-RAY DIFFRACTION11D239 - 346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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