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- PDB-5o8q: Crystal structure of R. ruber ADH-A, mutant Y294F, W295A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o8q
タイトルCrystal structure of R. ruber ADH-A, mutant Y294F, W295A
要素Alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase mutant variant / NADH-dependent / Zn2+-dependent / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. M8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Dobritzsch, D. / Maurer, D. / Hamnevik, E. / Enugala, T.R. / Widersten, M.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: FEBS J. / : 2017
タイトル: Relaxation of nonproductive binding and increased rate of coenzyme release in an alcohol dehydrogenase increases turnover with a nonpreferred alcohol enantiomer.
著者: Hamnevik, E. / Enugala, T.R. / Maurer, D. / Ntuku, S. / Oliveira, A. / Dobritzsch, D. / Widersten, M.
履歴
登録2017年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase
B: Alcohol dehydrogenase
C: Alcohol dehydrogenase
D: Alcohol dehydrogenase
E: Alcohol dehydrogenase
F: Alcohol dehydrogenase
G: Alcohol dehydrogenase
H: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,10532
ポリマ-287,7518
非ポリマー6,35424
13,547752
1
A: Alcohol dehydrogenase
D: Alcohol dehydrogenase
E: Alcohol dehydrogenase
G: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,05316
ポリマ-143,8764
非ポリマー3,17712
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15350 Å2
ΔGint-263 kcal/mol
Surface area46140 Å2
手法PISA
2
B: Alcohol dehydrogenase
C: Alcohol dehydrogenase
F: Alcohol dehydrogenase
H: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,05316
ポリマ-143,8764
非ポリマー3,17712
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15390 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area46150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.689, 109.458, 256.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218H
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 345 / Label seq-ID: 1 - 345

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14AA
24EE
15AA
25FF
16AA
26GG
17AA
27HH
18BB
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210EE
111BB
211FF
112BB
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113BB
213HH
114CC
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115CC
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216FF
117CC
217GG
118CC
218HH
119DD
219EE
120DD
220FF
121DD
221GG
122DD
222HH
123EE
223FF
124EE
224GG
125EE
225HH
126FF
226GG
127FF
227HH
128GG
228HH

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
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24
25
26
27
28

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要素

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase


分子量: 35968.887 Da / 分子数: 8 / 変異: Y294F, W295A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: contains C-terminal His-tag / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. M8 (バクテリア) / 遺伝子: BKE56_025765 / プラスミド: pGT7ADHA-5H / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: A0A1Q8I6M1
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 752 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16% PAA, 20mM MgCl2, 0.1 m Tris pH8, 4mM NAD+, 10mM Acetophenone, 7 mg/ml ADH-A

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→29.74 Å / Num. obs: 144348 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5774 / CC1/2: 0.763 / Rpim(I) all: 0.285 / % possible all: 80.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3jv7
解像度: 2.22→29.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 11.201 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.191 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21576 7306 5.1 %RANDOM
Rwork0.19351 ---
obs0.19463 136802 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.583 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.13 Å20 Å20 Å2
2--0.39 Å2-0 Å2
3----2.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.22→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19705 0 368 752 20825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01920525
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0219351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9928073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.945344548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65952760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.72322.769715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.63152858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.85715146
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.23303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02123346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.641.96211049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.641.96211048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.132.94113800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.132.94113801
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6822.0999476
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6822.0999477
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1643.10814272
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.41623.72420720
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.37323.57420613
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A195880.05
12B195880.05
21A195280.04
22C195280.04
31A195520.05
32D195520.05
41A195220.05
42E195220.05
51A196100.04
52F196100.04
61A195580.05
62G195580.05
71A193620.06
72H193620.06
81B195600.04
82C195600.04
91B196140.04
92D196140.04
101B194700.05
102E194700.05
111B195500.05
112F195500.05
121B195240.05
122G195240.05
131B194680.05
132H194680.05
141C195660.05
142D195660.05
151C196400.04
152E196400.04
161C196200.04
162F196200.04
171C196420.04
172G196420.04
181C194780.06
182H194780.06
191D195440.04
192E195440.04
201D196320.04
202F196320.04
211D196320.04
212G196320.04
221D195240.05
222H195240.05
231E195780.04
232F195780.04
241E196600.04
242G196600.04
251E194120.05
252H194120.05
261F196380.04
262G196380.04
271F194700.05
272H194700.05
281G194440.05
282H194440.05
LS精密化 シェル解像度: 2.217→2.274 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 536 -
Rwork0.266 9100 -
obs--91.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7837-1.40080.50283.6978-0.86053.11770.19780.2954-0.0703-0.2853-0.2388-0.30030.34590.49620.0410.2073-0.0513-0.03070.2053-0.03340.22796.8688182.675887.4373
21.73620.79090.28932.7984-0.70251.2133-0.0292-0.08580.01430.0576-0.0107-0.195-0.03870.19860.03990.0367-0.00720.01270.0679-0.03370.0894-8.6469170.111190.547
31.41630.53610.76463.63180.81281.38540.087-0.1512-0.09610.4289-0.0342-0.24860.09460.2093-0.05280.0759-0.0105-0.00240.10890.01920.0536-6.3887162.941491.8205
44.5439-0.4893-0.10912.4507-0.51622.15650.09170.1178-0.07-0.256-0.1374-0.3369-0.06050.46630.04570.2224-0.1089-0.07240.2403-0.02750.21915.579182.567828.4197
51.11850.50380.29312.4853-0.60241.903-0.0997-0.04690.07320.10120.0237-0.159-0.09880.27850.0760.01880.0023-0.02070.0617-0.01080.0792-10.1064169.672329.0522
60.86660.04580.33892.61670.69312.0134-0.0315-0.1218-0.03170.3205-0.0048-0.13210.09050.28360.03630.04240.012-0.00750.0940.03050.0578-8.0124162.561630.7748
73.4462-0.91681.03522.6282-0.44934.3536-0.0634-0.24130.3543-0.09690.02140.1282-1.3255-0.2080.0420.7136-0.1210.02360.1910.0450.2799-18.3863198.751-2.477
82.010.29340.63971.00460.10272.6326-0.05170.13840.176-0.1863-0.0099-0.0501-0.45940.0160.06150.12040.01410.00540.02360.0250.0694-26.0544179.8962-1.6113
93.11870.4836-1.10321.0898-0.54322.6571-0.00520.38110.1283-0.15680.05090.0726-0.3431-0.2789-0.04570.14710.0481-0.03120.06590.00330.0242-33.4365179.8135-2.972
104.0938-1.9247-0.55744.421.26592.7870.1310.23950.124-0.3693-0.26690.3267-0.2111-0.52040.13590.1217-0.02120.00110.18720.02540.173-56.728151.868296.0546
110.72640.2939-0.2782.46110.37441.1493-0.0133-0.0977-0.05260.0717-0.04290.1973-0.0671-0.22050.05620.01370.0259-0.0040.08340.00850.0896-41.2391164.602493.9007
120.95950.1932-0.5991.8822-0.63852.07880.0484-0.09050.08160.2444-0.04730.1581-0.272-0.1838-0.00120.06720.0351-0.01810.0734-0.04520.0941-43.4441171.84993.9932
133.3467-1.7532-1.01843.39270.75653.58140.0502-0.3332-0.12720.06950.163-0.1440.73170.417-0.21330.31850.0075-0.12010.1184-0.02830.229-32.0276129.284369.9594
141.88460.5498-0.43521.88250.07011.7585-0.00460.0708-0.1554-0.25240.0108-0.01530.21420.1229-0.00620.09780.0234-0.04280.0173-0.00530.0719-24.8351147.886166.4163
153.02821.13271.15852.01160.70542.02060.0360.4131-0.124-0.28620.0979-0.18220.17050.2905-0.13390.14240.04440.02060.0732-0.01690.0254-17.4383147.776465.1107
163.5403-0.8822-0.06483.36710.55523.06930.20640.36280.3004-0.3795-0.14280.2103-0.2585-0.5176-0.06360.1669-0.01550.06060.2240.0680.198-58.4516151.510326.4065
170.83250.5164-0.33152.80440.25051.2655-0.03630.0141-0.0210.1066-0.00360.1751-0.0017-0.23520.03990.01620.01140.00570.06240.01630.0582-42.7177164.247326.7907
181.01060.5062-0.49183.1916-1.11221.80460.0701-0.04180.120.3845-0.03030.2838-0.2212-0.2486-0.03980.06540.02780.01680.0732-0.0360.0533-44.8977171.448826.39
195.0266-2.30461.89194.44340.17613.5555-0.1234-0.53180.7397-0.4110.0672-0.1452-1.1531-0.19010.05630.8402-0.03890.09930.23130.07370.4222-22.1989199.467560.8206
202.73350.71920.8871.54490.69082.8086-0.00950.15640.2786-0.4559-0.079-0.0338-0.62390.04420.08850.27280.05190.0170.03270.0170.0839-28.2602181.199163.3477
212.56070.0574-0.95081.3739-0.02032.88960.06550.33140.0966-0.4183-0.07070.1552-0.512-0.36990.00520.32980.1256-0.0820.0913-0.01090.0567-38.169180.148462.8207
222.4701-1.422-1.35174.4583-0.87923.24890.1736-0.2611-0.4136-0.3074-0.236-0.25191.05130.47960.06240.8403-0.0024-0.07070.3515-0.06840.3776-29.679128.2815.1258
233.07440.6723-1.16551.4181-0.26372.7465-0.11980.12-0.3188-0.1985-0.00650.0150.62240.12650.12630.18510.0518-0.0140.0462-0.0120.0673-22.3202147.00512.634
243.81090.43071.04211.51950.53362.70770.0150.476-0.403-0.19820.1032-0.10330.44230.3402-0.11820.17950.06790.03710.1065-0.02160.077-14.4011146.99132.6937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2A83 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3A232 - 345
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 82
5X-RAY DIFFRACTION5B83 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6B232 - 345
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 82
8X-RAY DIFFRACTION8C83 - 231
9X-RAY DIFFRACTION9C232 - 345
10X-RAY DIFFRACTION10D1 - 82
11X-RAY DIFFRACTION11D83 - 231
12X-RAY DIFFRACTION12D232 - 345
13X-RAY DIFFRACTION13E1 - 82
14X-RAY DIFFRACTION14E83 - 231
15X-RAY DIFFRACTION15E232 - 345
16X-RAY DIFFRACTION16F1 - 82
17X-RAY DIFFRACTION17F83 - 231
18X-RAY DIFFRACTION18F232 - 345
19X-RAY DIFFRACTION19G1 - 82
20X-RAY DIFFRACTION20G83 - 221
21X-RAY DIFFRACTION21G222 - 345
22X-RAY DIFFRACTION22H1 - 79
23X-RAY DIFFRACTION23H80 - 231
24X-RAY DIFFRACTION24H232 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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