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- PDB-5o8e: Mutant of class II CPD photolyase from Methanosarcina mazei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o8e
タイトルMutant of class II CPD photolyase from Methanosarcina mazei
要素Deoxyribodipyrimidine photolyase
キーワードLYASE / Photoreduction
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA photolyase class 2 / : / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily ...DNA photolyase class 2 / : / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei Go1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ignatz, E. / Geisselbrecht, Y. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: Photochem. Photobiol. / 年: 2018
タイトル: Nicotinamide Adenine Dinucleotides Arrest Photoreduction of Class II DNA Photolyases in FADH ̇ State.
著者: Ignatz, E. / Geisselbrecht, Y. / Kiontke, S. / Essen, L.O.
履歴
登録2017年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribodipyrimidine photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,06712
ポリマ－55,3291
非ポリマー1,73811
水9,422523
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.720, 69.720, 244.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Deoxyribodipyrimidine photolyase


分子量: 55328.793 Da / 分子数: 1 / 変異: M377T, W360F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei Go1 (古細菌) / 遺伝子: MM_0852 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PYK9, deoxyribodipyrimidine photo-lyase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5 M LITHIUM SULFATE, 7.5% (W/V) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.95 Å / Num. obs: 67494 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 21.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
REFMAC精密化
精密化解像度: 1.7→42.178 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 1000 1.48 %
Rwork0.1562 --
obs0.1567 67476 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.178 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3637 0 105 523 4265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083950
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0015382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6622351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.78960.23311460.19719305X-RAY DIFFRACTION100
1.7896-1.90180.20221420.17929324X-RAY DIFFRACTION100
1.9018-2.04860.16541500.15919359X-RAY DIFFRACTION100
2.0486-2.25470.21511390.14959411X-RAY DIFFRACTION100
2.2547-2.5810.1771390.14569473X-RAY DIFFRACTION100
2.581-3.25160.18611480.15449567X-RAY DIFFRACTION100
3.2516-42.19080.19291360.151610037X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.9901 Å / Origin y: 25.0036 Å / Origin z: 105.3759 Å
111213212223313233
T0.0665 Å2-0.006 Å2-0.0032 Å2-0.1155 Å2-0.0043 Å2--0.0937 Å2
L0.7112 °20.0212 °20.1091 °2-0.5578 °2-0.136 °2--1.6345 °2
S-0.0104 Å °0.0841 Å °0.0008 Å °-0.0403 Å °-0.0086 Å °0.0171 Å °-0.0589 Å °-0.0513 Å °0.0089 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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