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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o7w | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the 4-FLUORO RSL lectin in complex with Lewis x tetrasaccharide | |||||||||
要素 | Putative fucose-binding lectin protein | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / fluorinated tryptophan / lewis X / CARBOHYDRATE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Ralstonia solanacearum (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Varrot, A. | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018 タイトル: Effect of Noncanonical Amino Acids on Protein-Carbohydrate Interactions: Structure, Dynamics, and Carbohydrate Affinity of a Lectin Engineered with Fluorinated Tryptophan Analogs. 著者: Tobola, F. / Lelimousin, M. / Varrot, A. / Gillon, E. / Darnhofer, B. / Blixt, O. / Birner-Gruenberger, R. / Imberty, A. / Wiltschi, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o7w.cif.gz | 105.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o7w.ent.gz | 81.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5o7w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5o7w_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5o7w_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5o7w_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5o7w_validation.cif.gz | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/5o7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/5o7w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 9859.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALL TRYTOPHANE ARE 4-FLUORINATED 由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア) 遺伝子: CMR15_11270 / プラスミド: pQE80L-RSL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BWEC47 / 参照: UniProt: D8NA05, UniProt: A0A0S4TLR1*PLUS |
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-糖 , 3種, 3分子
#2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose |
#4: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose |
-非ポリマー , 3種, 291分子
#5: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#6: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.47 % / 解説: BIPYRAMIDAL |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus 1-9: 60mM divalent, 100 mM buffer pH 7.5, 20% peg550MME and 10M peg20K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.93221 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93221 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→19.9 Å / Num. obs: 40182 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. unique obs: 1980 / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.074 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5o7V 解像度: 1.35→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.303 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 6.173 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.35→19.9 Å
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拘束条件 |
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