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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o7v | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the 5F-tryptophan RSL lectin in complex with Lewis x tetrasaccharide | |||||||||
要素 | Fucose-binding lectin protein | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / fluorinated tryptophan / lewis X / CARBOHYDRATE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Ralstonia solanacearum (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å | |||||||||
データ登録者 | Varrot, A. | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018 タイトル: Effect of Noncanonical Amino Acids on Protein-Carbohydrate Interactions: Structure, Dynamics, and Carbohydrate Affinity of a Lectin Engineered with Fluorinated Tryptophan Analogs. 著者: Tobola, F. / Lelimousin, M. / Varrot, A. / Gillon, E. / Darnhofer, B. / Blixt, O. / Birner-Gruenberger, R. / Imberty, A. / Wiltschi, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o7v.cif.gz | 103 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o7v.ent.gz | 80.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5o7v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5o7v_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5o7v_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5o7v_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5o7v_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/5o7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/5o7v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 9875.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALL TRYPTOPHAN ARE FLUOTINATED 由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア) 遺伝子: rsl, AC251_07010, PSS4_v1_1400013, RD1301_v1_990006, RUN1744_v1_350100, RUN1985_v1_290257, TD1301_v1_2180005, TF3108_v1_330100, TO10_v1_150243 プラスミド: pQE80L-RSL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BWEC47 / 参照: UniProt: A0A0S4VQ74, UniProt: A0A0S4TLR1*PLUS |
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-糖 , 3種, 4分子
#2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / Lewis X antigen / beta anomer | |
-非ポリマー , 4種, 159分子
#5: 化合物 | ChemComp-EOH / | ||
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#6: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#7: 化合物 | ChemComp-NA / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % / 解説: losange |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: Midas 1-30: 40% 5/4 PO/OH 100 mM Mes pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.93221 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93221 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.28→45.92 Å / Num. obs: 46835 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/av σ(I): 9.5 / Net I/σ(I): 21.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.28→1.3 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 2300 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.192 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2BT9 解像度: 1.28→45.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 1.111 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.353 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.28→45.92 Å
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拘束条件 |
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