PDB-5o7f: Structure of the inactive T.maritima PDE (TM1595) D80N D154N muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o7f

タイトル

Structure of the inactive T.maritima PDE (TM1595) D80N D154N mutant with GMP and Mn2+

要素

phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE / phosphodiesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleic acid binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Witte, G. / Drexler, D. / Mueller, M.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural and Biophysical Analysis of the Soluble DHH/DHHA1-Type Phosphodiesterase TM1595 from Thermotoga maritima.
著者: Drexler, D.J. / Muller, M. / Rojas-Cordova, C.A. / Bandera, A.M. / Witte, G.

履歴

登録	2017年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.3	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o7f.cif.gz	284.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o7f.ent.gz	229 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o7f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5o7f_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o7f_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5o7f_validation.xml.gz	30.5 KB	表示
CIF形式データ	5o7f_validation.cif.gz	45.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/5o7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/5o7f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o1uC 5o25C 5o4zC 5o58C 5o70C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o1u-d 4e6m-4 4e1e-1 2gl5-d 4fp1-d 5mg0-1 3t9p-d 2xz9-d 6r08-1 5qpf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: phosphodiesterase

B: phosphodiesterase

ヘテロ分子

77.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Molecular weight is confirmed by static light scattering (dimer), SAXS, SAXS curve is only compatible with the biological dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.900, 105.620, 134.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	phosphodiesterase 分子量: 37868.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 遺伝子: TM_1595 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1T1
#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% w/v PEG4000, 0.1M TRIS pH 8.5, 0.2M magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.2999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 120906 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique obs: 8954 / CC_1/2: 0.75 / R_rim(I) all: 1.305 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→46.375 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.19 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2055	1967	3.15 %
R_work	0.1649	-	-
obs	0.1662	62477	98.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5107	0	76	551	5734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.863	7220
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.6	4371
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	795
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	929

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8999-1.9475	0.3158	131	0.2582	4083	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9475-2.0001	0.2413	133	0.229	4154	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0001-2.059	0.243	136	0.2034	4170	X-RAY DIFFRACTION	96
2.059-2.1254	0.2324	137	0.1869	4210	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1254-2.2014	0.2095	138	0.1703	4218	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2014-2.2895	0.2065	139	0.1619	4292	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2895-2.3937	0.2204	142	0.1578	4350	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3937-2.5199	0.1929	141	0.1602	4349	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5199-2.6778	0.2196	142	0.1616	4329	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6778-2.8845	0.1895	144	0.1632	4377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8845-3.1747	0.2094	141	0.1629	4393	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1747-3.634	0.2058	145	0.1488	4439	X-RAY DIFFRACTION	100
3.634-4.5778	0.171	146	0.1407	4473	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5778-46.3891	0.212	152	0.1771	4673	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5614	-0.303	-0.0526	2.1866	0.5571	1.6048	0.0133	-0.2136	0.3753	0.3457	-0.1106	0.2515	-0.3249	-0.2036	-0.0012	0.3121	0.0147	0.0393	0.2941	-0.05	0.2957	22.493	78.8407	83.0642
2	1.6063	0.0364	-0.1425	1.1476	0.3286	1.1741	-0.0319	-0.1242	0.1093	0.1417	0.1275	-0.0337	-0.1651	0.1381	-0.0274	0.2807	-0.0253	-0.0027	0.2859	-0.0181	0.265	30.3016	77.6857	76.7367
3	0.8758	0.4263	-0.1901	1.9054	1.093	2.4611	0.0134	-0.3277	0.2627	0.1112	0.383	-0.3264	-0.1301	0.7936	-0.1204	0.3078	-0.0361	-0.0021	0.3465	-0.092	0.3484	36.6038	77.2738	76.0014
4	1.5872	0.1	-0.3932	1.3011	-0.2605	0.8547	0.0916	-0.4842	-0.0475	0.3936	-0.0783	-0.0543	0.0096	0.0512	-0.0267	0.3795	-0.0054	0.01	0.3577	-0.0112	0.2771	25.6847	71.9023	88.8226
5	1.3183	0.0903	-0.3593	1.2402	0.7953	1.7116	0.0245	0.0567	0.0172	-0.0491	-0.0339	0.1089	-0.0902	-0.0571	0.0055	0.232	0.0093	-0.0097	0.2655	0.0018	0.2471	18.7966	70.4241	70.0437
6	1.841	-0.0428	-0.131	1.0621	0.2475	1.7547	0.1135	-0.1052	-0.3513	0.032	-0.1602	-0.2396	0.3606	0.5038	-0.0454	0.3004	0.0249	-0.0203	0.4031	-0.0088	0.3279	38.0738	51.9866	70.5516
7	1.3893	0.1685	-0.476	0.9862	0.0392	1.2748	0.0862	-0.3697	-0.1469	0.2277	-0.1422	-0.1229	0.2468	0.2642	-0.0659	0.347	0.0177	-0.0445	0.4568	0.0723	0.3157	35.712	51.3901	76.2805
8	1.2135	-0.074	-0.0498	1.7849	0.6585	2.2119	-0.0533	-0.4567	-0.3229	0.2549	0.0566	0.02	0.0916	-0.0633	-0.0294	0.3764	-0.0228	0.0031	0.4093	0.0655	0.3005	25.6265	51.7169	84.4587
9	4.1377	0.4524	-0.3713	2.3009	0.2664	2.4652	0.2037	-1.0881	-0.3078	0.7873	-0.2491	-0.1631	0.6604	0.0308	-0.0594	0.5444	-0.0262	-0.0105	0.5076	0.2147	0.391	27.6898	42.2632	87.6622
10	1.9832	0.1431	0.3096	1.1515	0.1572	1.8443	0.0388	0.3411	-0.1637	-0.0734	-0.0517	0.0555	-0.0661	-0.0142	0.0418	0.2417	-0.0091	-0.004	0.2677	-0.0531	0.2557	9.1342	49.5289	41.6673
11	1.6309	-0.0159	0.6429	1.0849	0.4336	2.3563	-0.0301	0.1565	-0.1358	-0.0926	-0.0082	0.0233	0.0307	0.0683	0.0204	0.1884	-0.0181	0.0002	0.2178	-0.0121	0.2283	14.1103	53.5061	44.8955
12	2.6433	-0.2304	-0.8232	0.5379	0.3143	1.5805	-0.0475	0.115	-0.2894	-0.0752	0.0572	-0.0953	0.1317	0.1201	-0.0489	0.2693	0.0032	-0.0112	0.2415	-0.0557	0.268	35.663	48.9439	50.975
13	2.5244	-0.1471	-0.0762	4.5943	0.7627	2.6217	0.1204	0.4032	0.0242	-0.5091	0.0183	-0.4534	-0.3669	0.1663	-0.0997	0.3018	-0.0042	0.0305	0.4391	-0.0486	0.3202	45.491	55.5234	39.5511
14	0.5576	0.2065	-0.0558	0.0865	0.2738	1.0337	0.1847	0.1925	-0.1133	0.0659	0.3206	-0.1108	0.2302	0.1722	-0.0704	0.5018	0.0366	-0.0262	0.7271	-0.0163	0.5944	28.7021	55.1079	62.279

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 113 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 114 through 176 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 177 through 227 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 228 through 268 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 269 through 298 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 299 through 319 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid -1 through 53 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 54 through 176 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 177 through 298 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 299 through 318 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 1 through 2 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)