[日本語] English
万見
- PDB-5o7e: Crystal structure of the peptidase domain of collagenase H from C... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o7e
タイトルCrystal structure of the peptidase domain of collagenase H from Clostridium histolyticum in complex with N-aryl mercaptoacetamide-based inhibitor
要素ColH protein
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / GLUZINCIN / METALLOPROTEASE / collagenase
機能・相同性
機能・相同性情報


tripeptidase activity / microbial collagenase / collagen metabolic process / collagen binding / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Neutral Protease; domain 2 - #20 / Collagenase ColT, N-terminal domain / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 - #50 / Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 ...Neutral Protease; domain 2 - #20 / Collagenase ColT, N-terminal domain / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 - #50 / Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / PKD domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Neutral Protease; domain 2 / Glutaredoxin / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-(4-ethanoylphenyl)-2-sulfanyl-ethanamide / Collagenase ColH
類似検索 - 構成要素
生物種Hathewaya histolytica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Schoenauer, E. / Brandstetter, H.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundW_01213 オーストリア
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Discovery of a Potent Inhibitor Class with High Selectivity toward Clostridial Collagenases.
著者: Schonauer, E. / Kany, A.M. / Haupenthal, J. / Husecken, K. / Hoppe, I.J. / Voos, K. / Yahiaoui, S. / Elsasser, B. / Ducho, C. / Brandstetter, H. / Hartmann, R.W.
履歴
登録2017年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ColH protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1354
ポリマ－45,8201
非ポリマー3153
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.304, 79.677, 56.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ColH protein / Collagenase


分子量: 45819.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Non-aligned residues at N-terminus were not ordered in crystal. GT = position 1-2, remainder of tag after cleavage LDK ... PNEG = position 3 -394, sequence of peptidase domain of ColH, ...詳細: Non-aligned residues at N-terminus were not ordered in crystal. GT = position 1-2, remainder of tag after cleavage LDK ... PNEG = position 3 -394, sequence of peptidase domain of ColH, corresponding to L331-G721 of Uniprot entry Q46085
由来: (組換発現) Hathewaya histolytica (バクテリア)
遺伝子: colH / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21 (DE3) / 参照: UniProt: Q46085
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-9NB / ~{N}-(4-ethanoylphenyl)-2-sulfanyl-ethanamide


分子量: 209.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: polyethylene glycol methyl ether 2000, NaCl, MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月27日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→46.33 Å / Num. obs: 37834 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 1.6 % / Net I/σ(I): 8.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.3_1479精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4arf

4arf


解像度: 1.87→46.33 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 1905 5.04 %
Rwork0.1903 --
obs0.1922 37777 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→46.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3129 0 16 113 3258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8184354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.31187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.91680.34911480.29272577X-RAY DIFFRACTION100
1.9168-1.96860.29131380.25782577X-RAY DIFFRACTION100
1.9686-2.02650.23461080.21712537X-RAY DIFFRACTION100
2.0265-2.0920.22771430.21192551X-RAY DIFFRACTION100
2.092-2.16670.27551330.20722570X-RAY DIFFRACTION100
2.1667-2.25350.24661290.24222539X-RAY DIFFRACTION99
2.2535-2.3560.26991370.20852541X-RAY DIFFRACTION99
2.356-2.48020.25271520.19712552X-RAY DIFFRACTION100
2.4802-2.63560.21431360.20232551X-RAY DIFFRACTION100
2.6356-2.83910.26161390.2072563X-RAY DIFFRACTION100
2.8391-3.12470.23231570.20672527X-RAY DIFFRACTION100
3.1247-3.57670.22231240.2022578X-RAY DIFFRACTION99
3.5767-4.50570.20621110.14972598X-RAY DIFFRACTION99
4.5057-46.34370.15621500.13142611X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る