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- PDB-5o6r: Structure of beta-phosphoglucomutase D10N mutant in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o6r
タイトルStructure of beta-phosphoglucomutase D10N mutant in complex with glucose-1-phosphate and aluminium tetrafluoride
要素Beta-phosphoglucomutase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / phosphoryl transfer / catalysis / near attack complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / 1-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / Beta-phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Bowler, M.W.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: van der Waals Contact between Nucleophile and Transferring Phosphorus Is Insufficient To Achieve Enzyme Transition-State Architecture
著者: Johnson, L.A. / Robertson, A.J. / Baxter, N.J. / Trevitt, C.R. / Bisson, C. / Jin, Y. / Wood, H.P. / Hounslow, A.M. / Cliff, M.J. / Blackburn, G.M. / Bowler, M.W. / Waltho, J.P.
履歴
登録2017年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6505
ポリマ－24,2391
非ポリマー4124
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area430 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.300, 54.900, 107.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-phosphoglucomutase / Beta-PGM


分子量: 24238.609 Da / 分子数: 1 / 変異: D10N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)
遺伝子: pgmB, LL0429, L0001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P71447, beta-phosphoglucomutase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 糖 ChemComp-XGP / 1-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / 1-O-phosphono-beta-D-glucose / 1-O-phosphono-D-glucose / 1-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス1-りん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Glcp1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
解説: Large plate crystals with approximate dimensions 0.5 mm x 0.1 mm x 0.1 mm
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 19-21 % PEG 3350 and 50 mM Mg acetate / PH範囲: 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月27日
放射モノクロメーター: C001 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→53.78 Å / Num. obs: 43148 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 11.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.36→1.44 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Num. unique obs: 16940 / Rpim(I) all: 0.077 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1o08

1o08


解像度: 1.36→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.274 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14898 2183 5.1 %RANDOM
Rwork0.11473 ---
obs0.11652 40948 91.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.314 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.36→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1680 0 23 379 2082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191742
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7411.9892364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01233868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4745221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.57625.65876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.01515305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.782157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2870.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8891.04875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8351.038874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1341.5691093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1421.5711094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5781.276867
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5811.279863
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8851.8251264
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.69315.042093
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.69215.0392094
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.0633403
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.9695240
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.12653508
LS精密化 シェル解像度: 1.362→1.397 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.163 162 -
Rwork0.105 2851 -
obs--87.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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