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- PDB-5o6h: Human NMT1 in complex with myristoyl-CoA and inhibitor IMP-917 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o6h
タイトルHuman NMT1 in complex with myristoyl-CoA and inhibitor IMP-917
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / Myristoyl / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


myristoyltransferase activity / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / Late Phase of HIV Life Cycle / cellular ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane ...myristoyltransferase activity / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / Late Phase of HIV Life Cycle / cellular ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / in utero embryonic development / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9M2 / TETRADECANOYL-COA / PHOSPHATE ION / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust087792 英国
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2018
タイトル: Fragment-derived inhibitors of human N-myristoyltransferase block capsid assembly and replication of the common cold virus.
著者: Mousnier, A. / Bell, A.S. / Swieboda, D.P. / Morales-Sanfrutos, J. / Perez-Dorado, I. / Brannigan, J.A. / Newman, J. / Ritzefeld, M. / Hutton, J.A. / Guedan, A. / Asfor, A.S. / Robinson, S.W. ...著者: Mousnier, A. / Bell, A.S. / Swieboda, D.P. / Morales-Sanfrutos, J. / Perez-Dorado, I. / Brannigan, J.A. / Newman, J. / Ritzefeld, M. / Hutton, J.A. / Guedan, A. / Asfor, A.S. / Robinson, S.W. / Hopkins-Navratilova, I. / Wilkinson, A.J. / Johnston, S.L. / Leatherbarrow, R.J. / Tuthill, T.J. / Solari, R. / Tate, E.W.
履歴
登録2017年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,86820
ポリマ－90,9072
非ポリマー3,96218
水18,3391018
1
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3329
ポリマ－45,4531
非ポリマー1,8798
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,53611
ポリマ－45,4531
非ポリマー2,08310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.138, 178.852, 58.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1 / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 1 / Type I N-myristoyltransferase / Peptide N- ...Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 1 / Type I N-myristoyltransferase / Peptide N-myristoyltransferase 1


分子量: 45453.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMT1, NMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pRareS
参照: UniProt: P30419, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 1036分子

#2: 化合物 ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-9M2 / 1-[5-[4-fluoranyl-2-[2-(1,3,5-trimethylpyrazol-4-yl)ethoxy]phenyl]-2~{H}-indazol-3-yl]-~{N},~{N}-dimethyl-methanamine


分子量: 421.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28FN5O
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1018 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.4M Sodium phosphate buffer, 17.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→89 Å / Num. obs: 206823 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 9.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.29→1.31 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.651 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 9516 / CC1/2: 0.697 / Rpim(I) all: 0.595 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4c2y

4c2y


解像度: 1.29→55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.965 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19348 10300 5 %RANDOM
Rwork0.16384 ---
obs0.16533 195765 98.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.134 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7 Å20 Å2-0 Å2
2---0.57 Å2-0 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.29→55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6272 0 252 1018 7542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0197038
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4981.9989647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4375859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.51823.934333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05151219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7941543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.21032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0215353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6851.3643164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4832.0513977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8231.6433874
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.26920.01911007
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.29→1.323 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 714 -
Rwork0.264 13037 -
obs--89.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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