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- PDB-5o6f: NMR structure of cold shock protein A from Corynebacterium pseudo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o6f
タイトルNMR structure of cold shock protein A from Corynebacterium pseudotuberculosis
要素Cold-shock protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / cold shock protein / beta-barrel / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cold-shock protein / Cold-shock protein
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium pseudotuberculosis (ヒツジ偽結核菌)
手法溶液NMR / semi-autometed noe assignment, simulated annealing
データ登録者Caruso, I.P. / Panwalkar, V. / Coronado, M.A. / Dingley, A.J. / Cornelio, M.L. / Willbold, D. / Arni, R.K. / Eberle, R.J.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structure and interaction of Corynebacterium pseudotuberculosis cold shock protein A with Y-box single-stranded DNA fragment.
著者: Caruso, I.P. / Panwalkar, V. / Coronado, M.A. / Dingley, A.J. / Cornelio, M.L. / Willbold, D. / Arni, R.K. / Eberle, R.J.
履歴
登録2017年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cold-shock protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1301
ポリマ－9,1301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer, native gel electrophoresis, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5860 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cold-shock protein


分子量: 9129.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium pseudotuberculosis (ヒツジ偽結核菌)
遺伝子: cspA, Cp29156_0227, CpMEX31_0248 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L6CY17, UniProt: D9QDZ8*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic23D 1H-13C NOESY
121anisotropic23D 1H-15N NOESY
131anisotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
141anisotropic13D HNCA
151anisotropic13D HNCO
161anisotropic13D CC(CO)NH
171anisotropic13D H(CCO)NH
181anisotropic13D (H)CCH-COSY
191anisotropic12D 1H-15N HSQC
1101anisotropic12D 1H-13C HSQC
1111anisotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1121anisotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Cold shock protein A, 50 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 1 mM DSS, 93% H2O/7% D2O
詳細: 50 mM potassium phosphate, 50 mM NaCl, 0.1% (w/v) NaN3, 1 mM DSS, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Corynebacterium pseudotuberculosis cold shock protein A, 93% H2O/7% D2O
Label: [13C,15N]Cp-CspA / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMCold shock protein A[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.1 %sodium azidenatural abundance1
1 mMDSSnatural abundance1
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: [13C,15N]Cp-CspA / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisVranken, Boucher, Stevens, Fogh, Pajon, Llinas, Ulrich, Markley, Ionides, Laueデータ解析
ARIA2.3.1Rieping, Habeck, Bardiaux, Bernard, Malliavin, Nilgesstructure calculation
CNS1.21Brunger精密化
精密化手法: semi-autometed noe assignment, simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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