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- PDB-5o6e: Structure of ScPif1 in complex with TTTGGGTT and ADP-AlF4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o6e
タイトルStructure of ScPif1 in complex with TTTGGGTT and ADP-AlF4
要素
  • ATP-dependent DNA helicase PIF1
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*T)-3')
キーワードHYDROLASE / Helicase SF1 ssDNA ATP analog
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase inhibitor activity / centromeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial genome maintenance / replication fork reversal / telomere maintenance via recombination / double-strand break repair via break-induced replication / telomeric DNA binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / nuclear replication fork ...telomerase inhibitor activity / centromeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial genome maintenance / replication fork reversal / telomere maintenance via recombination / double-strand break repair via break-induced replication / telomeric DNA binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / nuclear replication fork / chromosome organization / translesion synthesis / DNA helicase activity / telomere maintenance / replication fork / mitochondrial membrane / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication / mitochondrial inner membrane / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / : / DNA helicase Pif1, 2B domain / : / DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / DNA / ATP-dependent DNA helicase PIF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.345 Å
データ登録者Lu, K.Y. / Chen, W.F. / Rety, S. / Liu, N.N. / Xu, X.G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Insights into the structural and mechanistic basis of multifunctional S. cerevisiae Pif1p helicase.
著者: Lu, K.Y. / Chen, W.F. / Rety, S. / Liu, N.N. / Wu, W.Q. / Dai, Y.X. / Li, D. / Ma, H.Y. / Dou, S.X. / Xi, X.G.
履歴
登録2017年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase PIF1
B: ATP-dependent DNA helicase PIF1
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,70511
ポリマ－127,5614
非ポリマー1,1447
水00
1
A: ATP-dependent DNA helicase PIF1
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3706
ポリマ－63,7802
非ポリマー5904
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area25830 Å2
手法PISA
2
B: ATP-dependent DNA helicase PIF1
D: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3355
ポリマ－63,7802
非ポリマー5543
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.605, 150.605, 136.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1004-

CL

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase PIF1 / DNA repair and recombination helicase PIF1 / Petite integration frequency protein 1 / Telomere ...DNA repair and recombination helicase PIF1 / Petite integration frequency protein 1 / Telomere stability protein 1


分子量: 61645.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: PIF1, TST1, YML061C, YM9958.01C / プラスミド: PET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: P07271, DNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量: 2134.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
非ポリマー , 4種, 7分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl 0.2M Na2SO4 15% PEG5000-MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→65.214 Å / Num. obs: 25042 / % possible obs: 92.65 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 17.23
反射 シェル解像度: 3.34→3.46 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 2024 / CC1/2: 0.86 / % possible all: 78.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5O6B

5o6b


解像度: 3.345→65.214 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2565 1253 5.01 %5%
Rwork0.1784 ---
obs0.1822 24993 95.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.345→65.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8166 223 67 0 8456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39211636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9725286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3447-3.47860.36711240.3012169X-RAY DIFFRACTION81
3.4786-3.63690.30911510.23842732X-RAY DIFFRACTION100
3.6369-3.82860.28641320.21552297X-RAY DIFFRACTION84
3.8286-4.06850.26171250.19752576X-RAY DIFFRACTION94
4.0685-4.38250.23631530.15572730X-RAY DIFFRACTION100
4.3825-4.82340.21241350.13812762X-RAY DIFFRACTION100
4.8234-5.52110.23871380.16182775X-RAY DIFFRACTION100
5.5211-6.95470.27041640.19282772X-RAY DIFFRACTION100
6.9547-65.22620.24441310.16162927X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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